| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | CP009273 | 4,303,167 | Δ450 bp | 100% | coding (1‑450/450 nt) | rpiB → | ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | CP009273 | 4303167 | 4303616 | 450 | 80 [0] | [0] 80 | rpiB | ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 4303166 | 0 (0.000) | 76 (0.940) | 65/270 | NT | 100% | intergenic (‑358/‑1) | alsR/rpiB | d‑allose‑inducible als operon transcriptional repressor; autorepressor; repressor of rpiR/ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase |
| ? | CP009273 | 4303617 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑68) | rpiB/yjdP | ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase/putative periplasmic protein | |||||
TGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAATGAAAAAGATTGCATTTGGCTGTGATCATGTCGGTTTCATTTTAAAACATGAAATAGTGGCACATTTAGTTGAGCGTGGCGTTGAAGTGATTGATAAAGGAACCTGGTCGTCAGAGCGTACTGATTATCCACATTACGCCAGTCA > CP009273/4303021‑4303312 | tGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgatt > 1:1428777‑M1/1‑146 (MQ=255) gtCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatc > 2:1268979‑M1/1‑141 (MQ=255) cTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccac > 1:1057756‑M1/1‑139 (MQ=255) ttAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccacta > 2:1272129‑M1/1‑137 (MQ=255) ttAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccacta > 1:1446352‑M1/1‑137 (MQ=255) ttAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccacta > 1:683199‑M1/1‑137 (MQ=255) tAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactac > 1:1286332‑M1/1‑136 (MQ=255) tAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccact < 2:1352430‑M1/148‑13 (MQ=255) cGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttg < 2:887299‑M1/150‑18 (MQ=255) tATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcat > 1:299099‑M1/1‑130 (MQ=255) ttGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcat < 1:390419‑M1/148‑21 (MQ=255) gcgcTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatgga < 1:648294‑M1/149‑24 (MQ=255) cgcTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggat < 2:380366‑M1/149‑25 (MQ=255) gcTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatga < 1:503061‑M1/150‑27 (MQ=255) gcTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatga < 1:275463‑M1/150‑27 (MQ=255) cTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgag < 1:489555‑M1/150‑28 (MQ=255) gTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagt > 1:1316920‑M1/1‑121 (MQ=255) aTGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgat > 2:1241895‑M1/1‑116 (MQ=255) 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aGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtgtctttt < 2:683199‑M1/150‑57 (MQ=255) aGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgaggatagagtttctttt > 2:19563‑M1/1‑94 (MQ=255) aGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgag > 2:461341‑M1/1‑90 (MQ=255) aGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgag < 2:887676‑M1/150‑61 (MQ=255) ggCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgagg > 1:485595‑M1/1‑89 (MQ=255) 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gtgtTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttggctaatgaaacgctttcc < 1:1034780‑M1/150‑83 (MQ=255) tgtTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttggctaatgaaacgctttccg > 1:269995‑M1/1‑67 (MQ=255) gtTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttggctaatgaaacgctttccgc > 1:29164‑M1/1‑66 (MQ=255) tttAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttggctaatgaaacgctttccgcta < 2:1271958‑M1/149‑87 (MQ=255) ttAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttggctaatgaaacgctttccgctat < 2:1012809‑M1/149‑88 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |