| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 1485085 | 55 (0.920) | 39 (1.050) +GTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCC |
35/170 | NT | 69.7% | intergenic (‑115/‑74) | gapC/cybB | pseudogene, GAP dehydrogenase; glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase (second fragment)/cytochrome b561 |
| ? | CP009273 | = 1857027 | 0 (0.000) | intergenic (‑341/‑1) | msrB/gapA | methionine sulfoxide reductase B/glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase A | |||||
CAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATATGACTATCAAAGTAGGTATCAACGGTTTTGGCCGTATCGGTCGCATTGTTTTCCGTGCTGCTCAGAAACGTTCTGACATCGAGATCGTTGCAATCAACGACCTGTTAGACGCTGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCAC > CP009273/1856878‑1857176 | cAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAatat > 2:253611/1‑150 (MQ=255) aaGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATg < 2:929061‑M2/149‑2 (MQ=255) ggCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaa > 2:583368‑M2/1‑136 (MQ=255) ggCGAGTCAGTAGCGTAATGCTTAGACACAGGCTTGATTTGTCGCAATGATCGACACTATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGATTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaa < 2:60730‑M2/149‑14 (MQ=255) cGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaac > 2:860208‑M2/1‑134 (MQ=255) agtcGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccat < 1:781901‑M2/149‑22 (MQ=255) agtcGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccat < 1:357042‑M2/149‑22 (MQ=255) gcgTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccatcata < 2:852753‑M2/149‑26 (MQ=255) cgTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccatcataca < 1:102419‑M2/150‑28 (MQ=255) cgTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccatcataca < 1:686129‑M2/150‑28 (MQ=255) gTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccatcatacac > 1:59261‑M2/1‑122 (MQ=255) tAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccatcatacac < 2:41762‑M2/149‑29 (MQ=255) aaTGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccatcatacact < 1:1008325‑M2/149‑30 (MQ=255) gCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaat < 1:429810‑M2/150‑34 (MQ=255) aGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcag < 1:575993‑M2/149‑37 (MQ=255) aGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcag < 1:726820‑M2/149‑37 (MQ=255) aGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatca > 1:193825‑M2/1‑113 (MQ=255) cacaGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaag < 2:649987‑M2/150‑41 (MQ=255) 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tGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcac < 2:345788‑M2/150‑54 (MQ=255) tCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaatttggcagcatcacc > 1:236498‑M2/1‑95 (MQ=255) cGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccc < 2:430383‑M2/150‑57 (MQ=255) gCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccc > 2:1008325‑M2/1‑93 (MQ=255) gCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcacccc > 2:897268‑M2/1‑93 (MQ=255) cAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccccgt > 2:871771‑M2/1‑92 (MQ=255) aaTGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccccgtt < 1:328494‑M2/150‑60 (MQ=255) aTGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccccgttt < 2:530583‑M2/150‑61 (MQ=255) tGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccccgtttt < 1:138009‑M2/150‑62 (MQ=255) aTTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccccgttttca > 2:522175‑M2/1‑87 (MQ=255) 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tggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccccgttttcagtacgttacgtttcactgtgagaatggagattgcccatcccgccatcctggtctaagcctggaaaggatcaattttcatccgaacg < 2:937065‑M2/150‑150 (MQ=255) | CAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAATATATGACTATCAAAGTAGGTATCAACGGTTTTGGCCGTATCGGTCGCATTGTTTTCCGTGCTGCTCAGAAACGTTCTGACATCGAGATCGTTGCAATCAACGACCTGTTAGACGCTGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCAC > CP009273/1856878‑1857176 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |