| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BA000036 | 1114357 = | NA (NA) | 74 (0.790) | 62/594 | 0.8 | 97.4% | intergenic (+35/‑129) | Cgl1065/Cgl1066 | Permeases of the major facilitator superfamily/Transposase |
| ? | BA000036 | = 1413173 | 2 (0.020) | intergenic (‑257/+392) | Cgl1352/codon recognized:TTG | Hypothetical membrane protein/tRNA‑Leu | |||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GCAGTCCATCGCTGTTGGTGTAGTAGACAAAACCGAATTCGGTACGGCCTTCTCCACTTTGTTCCTGTTTGTGGACTTAGGTTTTGGCTTTGGACCTATTATCCTGGGAGCAGTTTCTGCGGCAATTGGTTTCGGACCTATGTATGCAGCACTGGCAGGTGTGGGTGTGATTGCCGGAATCTTCTACCTGTTCACACACGCTCGCACCGATCGAGCTAAGAATGGCTTTGTTAAACACCCAGAGCCTGTCGCTTTAGTTAGCTAGTTCTTTCAGCTTTCCCTCCCGATCAGCGTAAACCGGCCCTTCCGGTTTTGGGGTACATCACAGAACCTGGGCTAGCGGTGTAGACCCGAAAATAAACGAGCCTTTTGTCAGGGTTAAGGTTTAGGTATCTAAGCTAACCAAACACCAACAAAAGGCTCTACCCATGAAGTCTACCGGCAACATCATCGCTGACACCATCTGCCGCACTGCGGAACTAGGACTCACCATCACCGGCGCTTCCGATGCAGGTGATTACACCCTGATCGAAGCAGACGCACTCGACTACACCTCCACCTGCCCAGAATGCTCCCAACCTGGGGTGTTTCGTCA > BA000036/1114058‑1114652 | gccgtCCCTCGCTGTTGTTGTCGTAGACAAACCCGTTTTCGGTACGGCCTTCTCCACTTTTTTCCTGTTTGTGGACTTAGGCTTTGGCTTTGGACCTGTTCTCCTGGGAGCAGTTTCTGCGGCAATTGGTTTCGGACCTATGTATGCACCACTGGCAGGTGTGTGTGTGATTGCCGGAATCTTCTCCCTGTTCTCACACGCTCGCACCGATCGAGCTAAGGCTGGCTTTGTTAACCACCCAGAGCCTGTCGCTTTAGTTCGCTAGTTCTTTCAGCTTTCCCTCCCGATCAGCGTAGACCg < 2:135981/297‑1 (MQ=255) 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tGTTGGTGTAGTAGACAAAACCGAATTCGGTACGGCCTTCTCCACTTTGTTCCTGTTTGTGGACTTAGGTTTTGGCTTTGGACCTCTTATCCTGGGAGCCGTTTCTGCGGCAATTGGTTTCGGACCTATGTATGCAGCACTGGCAGGTGTGGGTGTGATTGCCGGAATCTTCTACCTGTTCACACACGCTCGCACCGATCGAGCTAAGAATGGCTTTGTTAAACACCCAGAGCCTGTCGCTTTCGTTAGCTAGTTCTTTCAGCTTTCCCTCCCGCTCAGCGTAAACCGGCCCTTCCGGtt > 1:291937/1‑300 (MQ=255) tGTTGGTGTAGTAGACAAAACCGAATTCGGTACGGCCTTCTCCACTTTGTTCCTGTTTGTGGACTTAGGTTTTGGCTTTGGACCTATTATCCTGGGAGCAGTTTCTGCGGCAATTGGTTTCGGACCTATGTATGCAGCACTGGCAGGTGTGGGTGTGATTGCCGGAATCTTCTACCTGTTCACACACGCTCGCACCGATCGAGCTAAGAATGGCTTTGTTAAACACCCAGAGCCTGTCGCTTTAGTTAGCTAGTTCTTTCAGCTTTCCCTCCCGATCAGCGTAAACCGGCCCTTCCGGtt > 2:457662/1‑300 (MQ=255) tGGTGTAGTAGACAAAACCGAATTCGGTACGGCCTTCTCCACTTTGTTCCTGTTTGTGGACTTAGGTTTTGGCTTTGGACCTATTATCCTGGGAGCAGTTTCTGCGGCAATTGGTTTCGGACCTATGTATGCAGCACTGGCAGGTGTGGGTGTGATTGCCGGAATCTTCTACCTGTTCACACACGCTCGCACCGATCGAGCTAAGAATGGCTTTGTTAAACACCCAGAGCCTGTCGCTTTAGTTAGCTAGTTCTTTCAGCTTTCCCTCCCGATCAGCGTAAACCGGCCCTTCCGGTTTTg > 1:379415/1‑300 (MQ=255) 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aTCCGCGTAAACCGGCCCTTCCGGTTTTGGGGTACATCACAGAACCTGGGCTAGCGGTGTAGACCCGAAAATAAACGAGCCTTTTGTCAGGGTTAAGGTTTAGGTATCTAAGCTAACCAAACACCAACAAAAGGCTCTACCCATGAAGTCTACCGGCAACATCATCGCTGACACCATCTGCCGCACTGCGGAGCTAGGACTCACCATCACCGGCGCTTCCGATGCAGGTGATTACACCCTGATCGAAGCAGACGCACTCGACTACACCTCCACCTGCCCAGAATGCTCCCAACCTGGGgt < 2:379415/300‑1 (MQ=18) aGCGTAAACCGGCCCTTCCGGTTTTGGGGTACATCACAGAACCTGGGCTAGCGGTGTAGACCCGAAAATAAACGAGCCTTTTGTCAGGGTTAAGGTTTAGGTATCTAAGCTAACAAAACACCAACAAAAGGCTCTACCCATGAAGTCTACCGGCAACATCATCGCTGACACCATCTGCCGCACTGCGGAACTAGGACTCACCATCACCGGCGCTTCCGATGCAGGTGATTACACCCTGATCGAAGCAGACGCACTCGACTACACCTCCACCTGCCCAGAATGCTCCCAACCTGGGGTGtt > 2:221798/1‑300 (MQ=18) aaCCGGCCCTTCCGGTTTTGGGGTACATCACAGAACCTGGGCTAGCGGTGTAGACCCGAAAATAAACGAGCCTTTTGTCAGGGTTAAGGTTTAGGTATCTAAGCTAACCAAACACCAACAAAAGGCTCTACCCATGAAGTCTACCGGCAACATCATCGCTGACACCATCTGCCGCACTGCGGAACTAGGACTCACCATCACCGGCGCTTCCGATGCAGGTGATTACACCCTGATCGAAGCAGACGCACTCGACTACACCTCCACCTGCCCAGAATGCTCCCAACCTGGGGTGTTTCGtca > 1:112703/1‑300 (MQ=31) | GCAGTCCATCGCTGTTGGTGTAGTAGACAAAACCGAATTCGGTACGGCCTTCTCCACTTTGTTCCTGTTTGTGGACTTAGGTTTTGGCTTTGGACCTATTATCCTGGGAGCAGTTTCTGCGGCAATTGGTTTCGGACCTATGTATGCAGCACTGGCAGGTGTGGGTGTGATTGCCGGAATCTTCTACCTGTTCACACACGCTCGCACCGATCGAGCTAAGAATGGCTTTGTTAAACACCCAGAGCCTGTCGCTTTAGTTAGCTAGTTCTTTCAGCTTTCCCTCCCGATCAGCGTAAACCGGCCCTTCCGGTTTTGGGGTACATCACAGAACCTGGGCTAGCGGTGTAGACCCGAAAATAAACGAGCCTTTTGTCAGGGTTAAGGTTTAGGTATCTAAGCTAACCAAACACCAACAAAAGGCTCTACCCATGAAGTCTACCGGCAACATCATCGCTGACACCATCTGCCGCACTGCGGAACTAGGACTCACCATCACCGGCGCTTCCGATGCAGGTGATTACACCCTGATCGAAGCAGACGCACTCGACTACACCTCCACCTGCCCAGAATGCTCCCAACCTGGGGTGTTTCGTCA > BA000036/1114058‑1114652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |