| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | BA000036 | = 1828008 | 0 (0.000) | intergenic (‑1071/+1677) | Cgl1734/Cgl1735 | Transposase/Hypothetical protein | |||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
GGAGTGCATTTTCCTTTTCAAGTTGGCGGATCCGTTCAGCTTCGGACAGCGCGGTGGCCGTGTTAGCGCCATGTGGAGTTGAGTTGGCCCCGTATTTAGTAATCCAGTTTTTAAGGGTCATTCGGTTGATTCCGAGATCATTGGCGATCTTCTGGATCGAGGTGCCGGCGGAGTTCTCGTAGAGCGCGACAGCGTCGCGCTTGAACTCCTCTGTGTAGGTCTTGCGTGGCATGGTGGCAGATTACCTTTCCCAGCATCATGCTTGTTTCAAGGTGTCCACCATCCGGGGGTCAGGTCCAGCTTCAGCTTTTGAACTTCTCCACATTGGATGACATCAACTAAGCGAGTGCGGACATACTGCAGAAACAAATGGTTTCCTCACTTCCTTCTATGAAATCCAGCTAGGTGCAGCCTCTGAGCTCCCTACTAGAAAATCGCGCATAAGTTCCAGTACACCGATCACGAATGGCGTTGCTTGACATCCTCCCCGCCCTCGACGTGCGGGGCTGGCGCGTATACCGAGAGGTCACTTCTGCATCAACAACGCAAAATACTGGATAACCACCAACATCAATGCCTGTATTAATAGTGCTGA > BA000036/1826706‑1827300 | ggagTGCATTTTCCTTTTCAAGTTGGCGGATCCGTTCAGCTTCGGACAGCGCGGTGGCCGTGTTAGCGCCATGTGGAGTTGAGTTGGCCCCGTATTTAGTAATCCAGTTTTTAAGGGTCATTCGGTTGATTCCGAGATCATTGGCGATCTTCTGGATCGAGGTGCCGGCGGAGTTCTCGTAGAGCGCGACAGCGTCGCGCTTGAACTCCTCTGTGTAGGTCTTGCGTGGCATGGTGGCAGATTACCTTTCCCAGCATCATGCTTGTTTCAAGGTGTCCACCATCCGGGGGTCAGGTCcag < 1:220664/300‑1 (MQ=255) 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cAAGTTGGCGGATCCGTTCAGCTTCGGACAGCGCGGTGGCCGTGTTAGCGCCATGTGGAGTTGAGTTGGCCCCGTATTTAGTAATCCAGTTTTTAAGGGTCATTCGGTTGATTCCGAGATCATTGGCGATCTTCTGGATCGAGGTGCCGGCGGAGTTCTCGTAGAGCGCGACAGCGTCGCGCTTGAACTCCTCTGTGTAGGTCTTGCGTGGCATGGTGGCAGATTACCTTTCCCAGCATCATGCTTGTTTCAAGGTGTCCACCATCCGGGGGTCAGGTCCAGCTTCAGCTTTTGACCTtc > 2:402436/1‑300 (MQ=255) gTTGGCGGATCCGTTCAGCTTCGGACAGCGCGGTGGCCGTGTTAGCGCCATGTGGAGTTGAGTTGGCCCCGTATTTAGTAATCCAGTTTTTAAGGGTCATTCGGTTGATTCCGAGATCATTGGCGATCTTCTGGATCGAGGTGCCGGCGGAGTTCTCGTAGAGCGCGACAGCGTCGCGCTTGAACTCCTCTGTGTAGGTCTTGCGTGGCATGGTGTCAGATTACCTTGCCCAGCATCATGCTTGTTTCCAGGTGTCCACCATCCGGGGGTCAGGTCCgttccttacttgcattttaacag > 2:251509‑M1/1‑277 (MQ=255) ttGGCGGATCCGTTCAGCTTCGGACAGCGCGGTGGCCGTGTTAGCGCCATGTGGAGTTGAGTTGGCCCCGTATTTAGTAATCCAGTTTTTAAGGGTCATTCGGTTGATTCCGAGATCATTGGCGATCTTCTGGATCGAGGTGCCGGCGGAGTTCTCGTAGAGCGCGACAGCGTCGCGCTTGAACTCCTCTGTGTAGGTCTTGCGTGGCATGGTGGCAGATTACCTTTCCCAGCATCATGCTTGTTTCAAGGTGTCCACCATCCGGGGGTCAGGTCCgttctttaatagccttttaaaagc > 1:555276‑M1/1‑276 (MQ=255) 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tCCGGGGGTCAGGTCCgttctttaatagccttttaaaagccagtaacaaggcaattcaattgacacttaatagccttttaaaagtcactgaatgcgttggcttttaaaaggcttttaggtcactattaaaggtcgattaaatatttattcataatgcgatagataaaggctttttaaggatcaattcaatcgttagttaatcgaccttttaatatgcagcagagtgagttgtttcaaaggctcaatataattgttatgtaattgaccattaagagccaatagagtactgccgtttcaaag < 2:172154‑M1/300‑285 (MQ=255) aGGTCCgttctataatagcctgtgaaaaggcagtaacaaggcaattcaattgacacttaatagccttttaaaagtcactgaatgagttggcttttaaaaggcttttaggtaactagtaaaggtcgattaaatatttattcataatgcgatagataaaggctttttaaggatcaattcaatcgttggttaatcggccttttaatatgcagaagagtgagtggtttcaaaggctcaatataattgttatgtaattgaccattaagagccaatagagtactgccgtttcaaagtcactaaagg < 1:244037‑M1/300‑295 (MQ=255) tCCgttctttaatagccttttaaaagccagtaacaaggcaattcaattgacacttaatagccttttaaaagtcactgaatgcgttggcttttaaaaggcttttaggtcactattaaaggtcgattaaatatttattcataatgcgatagataaaggctttttaaggatcaattcaatcgttagttaatcgaccttttaatatgcagcagagtgagttgtttcaaaggctcaatataattgttatgtaattgaccattaagagccaatagagtactgccgtttcaaagtcactaaaggttc > 2:278943‑M1/1‑3 (MQ=255) | GGAGTGCATTTTCCTTTTCAAGTTGGCGGATCCGTTCAGCTTCGGACAGCGCGGTGGCCGTGTTAGCGCCATGTGGAGTTGAGTTGGCCCCGTATTTAGTAATCCAGTTTTTAAGGGTCATTCGGTTGATTCCGAGATCATTGGCGATCTTCTGGATCGAGGTGCCGGCGGAGTTCTCGTAGAGCGCGACAGCGTCGCGCTTGAACTCCTCTGTGTAGGTCTTGCGTGGCATGGTGGCAGATTACCTTTCCCAGCATCATGCTTGTTTCAAGGTGTCCACCATCCGGGGGTCAGGTCCAGCTTCAGCTTTTGAACTTCTCCACATTGGATGACATCAACTAAGCGAGTGCGGACATACTGCAGAAACAAATGGTTTCCTCACTTCCTTCTATGAAATCCAGCTAGGTGCAGCCTCTGAGCTCCCTACTAGAAAATCGCGCATAAGTTCCAGTACACCGATCACGAATGGCGTTGCTTGACATCCTCCCCGCCCTCGACGTGCGGGGCTGGCGCGTATACCGAGAGGTCACTTCTGCATCAACAACGCAAAATACTGGATAACCACCAACATCAATGCCTGTATTAATAGTGCTGA > BA000036/1826706‑1827300 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |