| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BA000036 | 1114358 = | NA (NA) | 100 (1.090) | 84/592 | 0.1 | 100% | intergenic (+36/‑128) | Cgl1065/Cgl1066 | Permeases of the major facilitator superfamily/Transposase |
| ? | BA000036 | = 1693264 | 0 (0.000) | coding (655/660 nt) | Cgl1598 | Pentose‑5‑phosphate‑3‑epimerase | |||||
CATCGCTGTTGGTGTAGTAGACAAAACCGAATTCGGTACGGCCTTCTCCACTTTGTTCCTGTTTGTGGACTTAGGTTTTGGCTTTGGACCTATTATCCTGGGAGCAGTTTCTGCGGCAATTGGTTTCGGACCTATGTATGCAGCACTGGCAGGTGTGGGTGTGATTGCCGGAATCTTCTACCTGTTCACACACGCTCGCACCGATCGAGCTAAGAATGGCTTTGTTAAACACCCAGAGCCTGTCGCTTTAGTTAGCTAGTTCTTTCAGCTTTCCCTCCCGATCAGCGTAAACCGGCCCTTCCGGTTTTGGGGTACATCACAGAACCTGGGCTAGCGGTGTAGACCCGAAAATAAACGAGCCTTTTGTCAGGGTTAAGGTTTAGGTATCTAAGCTAACCAAACACCAACAAAAGGCTCTACCCATGAAGTCTACCGGCAACATCATCGCTGACACCATCTGCCGCACTGCGGAACTAGGACTCACCATCACCGGCGCTTCCGATGCAGGTGATTACACCCTGATCGAAGCAGACGCACTCGACTACACCTCCACCTGCCCAGAATGCTCCCAACCTGGGGTGTTTCGT > BA000036/1114064‑1114650 | cATCGCTGTTGGTGTAGTAGACAAAACCGAATTCGGTACGGCCTTCTCCACTTTGTTCCTGTTTGTGGACTTAGGTTTTGGCTTTGGACCTATTATCCTGGGAGCAGTTTCTGCGGCAATTGGTTTCGGACCTATGTATGCAGCACTGGCAGGTGTGGGTGTGATTGCCGGAATCTTCTACCTGTTCACACACGCTCGCACCGATCGAGCTAAGAATGGCTTTGTTAAACACCCAGAGCCTGTCGCTTTAGTTAGCTAGTTCTTTCAGCTTTCCCTCCCGATCAGCGTAAACCGGCCCtt < 2:378545/300‑1 (MQ=255)cATCGCTGTTGGTGTAGTAGACAAAACCGAATTCGGTACGGCCTTCTCCACTTTGTTCCTGTTTGTGGACTTAGGTTTTGGCTTTGGACCTATTATCCTGGGAGCAGTTTCTGCGGCAATTGGTTTCGGACCTATGTATGCAGCACTGGCAGGTGTGGGTGTGATTGCCGGAATCTTCTACCTGTTCACACACGCTCGCACCGATCGAGCTAAGAATGGCTTTGTTAAACACCCAGAGCCTGTCGCTTTAGTTAGCTAGTTCTTTCAGCTTTCCCTCCCGATCAGCGTAAACCGGCCCtt < 1:121384/300‑1 (MQ=255)cATCGCTGTTGGTGTAGTAGACAAAACCGAATTCGGTACGGCCTGCTCCACTTTGTTCCTGTTTGTGGACTTAGGTTTTGGCTTTGGACCTATTATCCTGGGAGCAGTTGCTGCGGCAATTGGTTTCGGACCTATGTATGCAGCACTGGCAGGTGTGGGTGTGATTGCCGGAATCTTCTACCTGTTCACACACGCTCGCACCGATCGAGCTAAGAATGGCTTTGTTAAACACCCAGAGCCTGTCGCTTTAGTTAGCTAGTTCTTTCAGCTTTCCCTCCCGATCAGCGTAAACCGGCCCtt < 1:112808/300‑1 (MQ=255) ttGGTGTAGTAGACAAAACCGAATTCGGTACGGCTTTCTCCACTTTGTTCCTGTTTGTGGACTTAGGTTTTGGCTTTGGACCTATTATCCTGGGAGCAGTTTCTGCGGCAATTGGTTTCGGACCTATGTATGCAGCACTGGCAGGTGTGGGTGTGATTGCCGGAATCTTCTACCTGTTCACACACGCTCGCACCGATCGAGCTAAGAATGGCTTTGTTAAACACCCAGAGCCTGTCGCTTTAGTTAGCTAGTTCTTTCAGCTTTCCCTCCCGATCAGCGTAAACCGGCCCTTCCGGtttt < 2:390095/300‑1 (MQ=255) 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gtgTAATCCGGCCCTTCAGGTGTTGGAGTACAGCACAGAACCTGGTCTAGCGGTGTAGACCCGAAAATAATCGAGCCTTTTGTCAGGGTTAAGGTTTAGGTATCTAAGCTAACCAAACACCAACAAAAGGCTCTACCCATGAAGTCTACCGGCAACATCATCGCTGACACCATCTGCCGCACTGCGGAACTAGGACTCACCATCACCGGCGCTTCCGATGCAGGTGATTACACCCTGATCGAAGCAGACGCACTCGACTACACCTCCACCTGCCCAGAATGCTCCCAACCTGGGGTGttt < 2:149909/298‑1 (MQ=9) gCGAAAACCGGCCCATCCGTTTTTGGGGTACATCAGAGAACCTGGGCTAGCGGTGTAGACCCGAAAAGAAACGAGCCTTGTGTCAGGGTAAAGGTTTAGGTATCTAAGCTAACCAAACACCAACAAAAGGCTCTACACATGAAGTCTACCGGCAACATCATCGCTGACACCATCTGACGCACTGCGGAACTAGGACTCACCATCACCGGCGCTTCCGATGCAGGTGATTACACCCTGATCGAAGCAGACGCACTCGACTACACCTCCACCTGCCCAGAATGCTCCCAACCTGGGGTGttt < 2:149922/300‑1 (MQ=255) cGTAAACCGGCCCGTCCGGTTTTGGGATCCATCACAGAACCTGTGCTAGCGGTGTAGACCCGAAAGTAAACGAGCCTTTTGTCAGGGTTCAGGTTTAGGTATCTAAGCTAACCAAACACCAACAAAAGGCTCTACCCATGAAGTCTACCGGCAACATCATCGCTGACACCATCTGCCGCGCTGCGGAGCTAGGACTCACCATCACCGGCGCTTCCGATGCAGGTGATTACACCCTGATCGAAGCAGACGCACTCGACTACACCTCCACCTGCCCAGAATGCTCCCAACCTGGGGTGTTTc < 2:491657/300‑1 (MQ=255) aaaCCGGCCCTTCCGGTTTTGGGGTACATCACAGAACCTGGGCTAGCGGTGTAGACCCGAAAATAAACGAGCCTTTTGTCAGGGTTAAGGTTTAGGTATCTAAGCTAACCAAACACCAACAAAAGGCTCTACCCATGAAGTCTACCGGCAACATCATCGCTGACACCATCTGCCGCACTGCGGAACTAGGACTCACCATCACCGGCGCTTCCGATGCAGGTGATTACACCCTGATCGAAGCAGACGCACTCGACTACACCTCCACCTGCCCAGAATGCTCCCAACCTGGGGTGTTTCGt > 1:290923/1‑299 (MQ=31) | CATCGCTGTTGGTGTAGTAGACAAAACCGAATTCGGTACGGCCTTCTCCACTTTGTTCCTGTTTGTGGACTTAGGTTTTGGCTTTGGACCTATTATCCTGGGAGCAGTTTCTGCGGCAATTGGTTTCGGACCTATGTATGCAGCACTGGCAGGTGTGGGTGTGATTGCCGGAATCTTCTACCTGTTCACACACGCTCGCACCGATCGAGCTAAGAATGGCTTTGTTAAACACCCAGAGCCTGTCGCTTTAGTTAGCTAGTTCTTTCAGCTTTCCCTCCCGATCAGCGTAAACCGGCCCTTCCGGTTTTGGGGTACATCACAGAACCTGGGCTAGCGGTGTAGACCCGAAAATAAACGAGCCTTTTGTCAGGGTTAAGGTTTAGGTATCTAAGCTAACCAAACACCAACAAAAGGCTCTACCCATGAAGTCTACCGGCAACATCATCGCTGACACCATCTGCCGCACTGCGGAACTAGGACTCACCATCACCGGCGCTTCCGATGCAGGTGATTACACCCTGATCGAAGCAGACGCACTCGACTACACCTCCACCTGCCCAGAATGCTCCCAACCTGGGGTGTTTCGT > BA000036/1114064‑1114650 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |