New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NZ_CP034943 | 607349 = | 340 (1.110) | 14 (0.050) | 8/248 | 9.4 | 5.1% | coding (192/1125 nt) | EO946_RS03185 | collagen‑like protein |
? | NZ_CP034943 | = 607627 | 209 (0.740) | coding (470/1125 nt) | EO946_RS03185 | collagen‑like protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCCGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NZ_CP034943/607496‑607349 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggtccggctTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCGGTAGCT < NZ_CP034943/607627‑607490 GGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCCGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTG < 1:3207758/140‑1 TAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGGTGGTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCCGTGGCTCCCGGCGCTCCGGGTGGT > 2:2840307/1‑140 AGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCCGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTC > 1:3174487/1‑140 AGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGGTGGTCCGGCTGGTCCGGCATCCCCGGGAGCTCCCGTGGCGCCCGTCGCTCCGGGTGGTC > 2:272661/1‑140 TCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCCGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGa < 2:364942/140‑2 TCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCCGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGG < 1:913231/140‑1 TCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCCGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGG < 2:3897509/140‑1 TCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCCGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGG < 2:3174487/140‑1 TCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGGTGGTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCCGTGGCTCCCGGCGCTCCGGGTGGTCCGG > 2:1090031/1‑140 TCCTGACGCTCCGGGCGCTCCTGTGGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCCGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGG < 2:1464263/140‑1 TCCGGTCGCTCCTGTCGCGCCTGTCGCTCCGGCTGGGCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCGGTCGCGCCTGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGGAGCTCCCGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGG < 2:1465319/140‑1 CCTGTCGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCCGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGC > 1:139818/1‑140 CCTGTCGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCCGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGC < 1:756400/140‑1 CCTGTCGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCCGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGC < 1:2924972/140‑1 CCTGTCGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTAGCTACGGTTGGTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCCGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGC > 1:3318727/1‑140 CTGTCGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGGTGGTCCGGCTTCTCCGGGTTCCCCGGTGGCTCCCGTGGCTCCCGTGGCTCCGGATGGTCCGGCT > 2:2620436/1‑140 CCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCCGTGGCTCCCGTCGCTCCGGGTGGTCCGGCTTCTCCGGCATCACCGGTCGCTCCact > 1:3114080/1‑137 TCCCGTGGCTCCTGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCACCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCG > 1:3382249/1‑140 CCGTGGCTCCTGTCGCTCCGGGTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCCGTATCCCCTGTGGCTCCCGTGGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCGCCTGTCGCTgagaga > 1:4247968/1‑134 GTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGC > 2:891754/1‑140 CTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCGTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCGGTCGCGCCGGCGGCTCCc > 2:4163273/1‑139 TCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAG < 1:891754/140‑1 CCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAG > 2:515246/1‑70 CCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAG > 1:1664103/1‑70 CCCGTCGCTCCGGGTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAG < 1:515246/70‑1 CGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCG > 2:673579/1‑122 GTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTT < 1:633877/58‑1 GTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTT > 2:633877/1‑58 GTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGC > 1:185651/1‑56 GTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGC < 2:185651/56‑1 TGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGC < 1:2537200/45‑1 TGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGC < 1:1678923/45‑1 TGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGC > 2:2537200/1‑45 GTCCGGCTTGCCCGGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGCTCCGGCTGCCCCCGTTGCGCCTGTGGCTCCCGTCGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCG < 2:2096876/140‑1 GTCCGGCTTCCCCGGTAGCGCCTGTCGCTCCGGCAGGTCCGGCGTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCG < 2:402087/140‑1 GTCCCGCGTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTGCGGATCGTGCTGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCGGTGGCCCCGCTTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCG < 2:4535633/140‑1 TCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCGCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCGCCGG > 1:2798808/1‑140 TCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCCCCGGCTGGTCCGGCTGCCCCGGTCGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCGGGTCCTGCTTCGCCGG > 1:1933584/1‑140 CCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCCGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCGGT < 1:2115529/140‑1 CCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCCCCGGGTGGTCCGGCTTCGCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCGGT > 2:2924972/1‑140 CCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCGGT < 2:3382249/140‑1 CCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCGTCCCCCGTAGCCCCTGTGGCTCAAGTGGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCGTCCCCGGT < 1:4670029/140‑1 CCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGCCTTCCCCCGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCGGT < 2:2032476/140‑1 CCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGATGCTCCGGCTTCCCCAGTAGCGCCTGTGGCTCCCGTGGCCCCGTCTGGTACGGCTGCCACGGGAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGGTGGTCCAGCTGCGCCGGT > 2:756400/1‑140 CCGGCTTCCCCGGTAGCTCCGGTCGCTCCGGCAGGTCCGTCTTCCCCAGCAGCCCCGGGGGCTCCGGTCGCGCGGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCGGT < 2:2168340/140‑1 CCGGCTTCCCCGGGAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGGAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCGCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCGCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCGGT < 2:1262549/140‑1 CCGGCGTCCCCGGGAGCTCCTGCCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCGGT < 2:453161/140‑1 CGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCGGTA < 1:4267369/140‑1 GGCTTCCCCGGTTGCTCCTGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTTCCCCCGTAGCCCCTGTCGCTCCTGTGGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTTGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCTGCTTCCCCGGTAG < 2:4695332/140‑1 GGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCGGTAG < 2:123025/140‑1 GGCTGCCCCGGTCGCTCCCGTCGCTCCCCCCGGTCCTGCTTCCCCTGTAGCGCCTGTGGCTCCCGTCGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTCGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCGGTAG < 2:962591/140‑1 GCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCGCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTAGCTCCCGTCGCTCCAGGTGGTCCGGCTTCACCGGTAGC > 1:2798359/1‑140 GCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCGCCGGTAGGTCCGGTCGCTCCCGTGGCTCCAGGTGGTCCAGCTTCGCCGGGAGC > 1:2793292/1‑140 CTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCCCCGGGTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGGTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCCGCTGGTCCACCGTCGCCGCTAGCT > 2:4619626/1‑140 CTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCGGTAGCT > 1:4267350/1‑140 CTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTA < 2:150089/47‑1 CTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTA < 2:149767/47‑1 CTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTC < 1:2444298/40‑1 CTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTC > 2:2444298/1‑40 GGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCTGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCCGTGGCTCCCGTCGCTCCGGTTGGTCCGGCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NZ_CP034943/607496‑607349 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggtccggctTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCAGTAGCCCCTGTGGCTCCCGTGGCCCCGGCTGGTCCGGCTTCCCCGGTAGCTCCTGTCGCTCCCGTCGCTCCAGCTGGTCCAGCTTCCCCGGTAGCT < NZ_CP034943/607627‑607490 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |