| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP034943 | = 2838370 | 261 (0.830) | 4 (0.010) | 4/252 | NT | 1.5% | intergenic (+55/+226) | rpsD/tyrS | 30S ribosomal protein S4/tyrosine‑‑tRNA ligase |
| ? | NZ_CP034943 | 2838378 = | 256 (0.810) | intergenic (+63/+218) | rpsD/tyrS | 30S ribosomal protein S4/tyrosine‑‑tRNA ligase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
ACTTTCACTCGTCTTCCTGAGCGTTCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTATCTCGCGCCTGCTGTTCCCAATAATCCCGCTGCAGCCTTTCTTTTGCAATCGTAAACATGAGATTCACGGTGAGCGCTCCTTTCTGTTAAAAGGTGGTGATTGATCGTGT > NZ_CP034943/2838235‑2838507 | aCTTTCACTCGTCTTCCTGAGCGTTCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAACACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCtt < 2:4065559/140‑1 (MQ=255) cTTTCACTCGTCTTCCTGAGCGTTCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCttt > 2:1257516/1‑140 (MQ=255) cTTTCACTCGTCTTCCTGAGCGTTCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCttt > 1:3524008/1‑140 (MQ=255) cACTCGTCTTCCTGAGCGTTCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTAcc < 2:1029876/140‑1 (MQ=255) cGTCTTCCTGAGCGTTCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCtt > 2:1870832/1‑140 (MQ=255) gTCTTCCTGAGCGTTCTGAACTTGCTCCTGAAATTAACGAAGCGCTTATCTTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTg < 2:2980149/140‑1 (MQ=255) gTCTTCCTGAGCGTTCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTg < 2:791586/140‑1 (MQ=255) cTTCCTGAGCGTTCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCt > 1:3264107/1‑140 (MQ=255) ccTGAGCGTTCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAACACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGc < 1:662642/140‑1 (MQ=255) ccTGAGCGTTCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGc < 1:244459/140‑1 (MQ=255) ccTGAGCGTTCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGc < 1:3963483/140‑1 (MQ=255) ccTGAGCGTTCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGc < 1:3994666/140‑1 (MQ=255) ccTGAGCGTTCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGc < 2:3236072/140‑1 (MQ=255) ccTGAGCGTTCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTGATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGc < 2:3341532/140‑1 (MQ=255) gAGCGTTCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGc > 1:1321104/1‑137 (MQ=255) gAGCGTTCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCaa > 2:2858130/1‑140 (MQ=255) aGCGTTCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAac > 1:657648/1‑140 (MQ=255) cGTTCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAacac > 1:5064869/1‑140 (MQ=255) cGTTCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAacac > 1:2017581/1‑140 (MQ=255) ttCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGc > 1:2551634/1‑132 (MQ=255) ttCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGc < 2:2551634/132‑1 (MQ=255) ttCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTa > 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tGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTAtct < 2:1648161/140‑1 (MQ=255) tGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTAtct > 1:1716385/1‑140 (MQ=255) gAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTAtctc < 1:4279327/140‑1 (MQ=255) gAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTAtctc < 1:773809/140‑1 (MQ=255) aaCTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAacacctgtctc < 1:1527519/140‑8 (MQ=255) gCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTCTGCGGTCGGGGTTTGTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTATCTCGCGCct > 2:3542344/1‑140 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2:5176042/140‑1 (MQ=255) ccGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTATCTCGCGCCTGCTGTTCCCAATAATCCCGCTGCAGCCTTTCTTTTGCAATCGTAAACATGAGAGTCACGGTGAgcg < 2:2372424/140‑1 (MQ=255) ccGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTATCTCGCGCCTGCTGTTCCCAATAATCCCGCTGCAGCCTGTCTTTTGCAATCGTAAACATGAGATTCACGGTGAgcg < 1:406273/140‑1 (MQ=255) ccGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTGTACCTCTTGCTGGCCAACACTATCTCGCGCCTGCTGTTCCCAATAATCCCGCTGCAGCCTTTCTTTTGCAATCGTAAACATGAGATTCACGGTGAgcg < 2:4666244/140‑1 (MQ=255) aTGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTATCTCGCGCCTGCTGTTCCCAATAATCCCGCTGCAGCCTTTCTTTTGCAATCGTAAACATGAGATTCACGGTGAGCGCTCCt > 2:4141410/1‑140 (MQ=255) aTGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTATCTCGCGCCTGCTGTTCCCAATAATCCCGCTGCAGCCTTTCTTTTGCAATCGTAAACATGAGATTCACGGTGAGCGCTCCt > 2:4586740/1‑140 (MQ=255) aTGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTATCTCGCGCCTGCTGTTCCCAATAATCCCGCTGCAGCCTTTCTTTTGCAATCGTAAACATGAGATTCACGGTGAGCGCTCCt > 1:300448/1‑140 (MQ=255) gCGGTCGTGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTATCTCGCGCCTGCTGTTCCCAATAATCCCGCTGCAGCCTTTCTTTTGCAATCGTAAACATGAGATTCACGGTGAGCGCTCCttt < 1:226890/140‑1 (MQ=255) gCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTCTCTCGCGCCTGCTGTTCCCAATAATCCCGCTGCAGCCTTTCTTTTGCAATCGTAAACATGAGATTCACGGTGAGCGCTCCttt < 2:983595/140‑1 (MQ=255) gCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTATCTCGCGCCTGCTGTTCCCAATAATCCCGCTGCAGCCTTTCTTTTGCAATCGTAAACATGAGATTCACGGTGAGCGCTCCttt < 2:3110575/140‑1 (MQ=255) ggggTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTATCTCGCGCCTGCTGTTCCCAATAATCCCGCTGCAGCCTTTCTTTTGCAATCGTAAACATGAGATTCACGGTGAGCGCTCCTTTCTGTTa < 1:3888204/140‑1 (MQ=255) gggTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTATCTCGCGCCTGCTGTTCCCAATAATCCCGCTGCCGCCTTTCTGTTGCAATCGTAAACATGAGATTCACGGTGAGCGCTCCTGTCTGTTaa > 2:1795170/1‑140 (MQ=255) ttttttATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTATCTCGCGCCTGCTGTTCCCAATAATCCCGCTGCAGCCTTTCTTTTGCAATCGTAAACATGAGATTCACGGTGAGCGCTCCTTTCTGTTAAAAgg < 2:2523115/140‑1 (MQ=255) tttttATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTATCTCGCGCCTGCTGTTCCCAATAATCCCGCTGCAGCCTTTCTTTTGCAATCGTAAACATGAGATTCACGGTGAGCGCTCCTTTCTGTTAAAAggt > 1:3197073/1‑140 (MQ=255) tttttATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTATCTCGCGCCTGCTGTTCCCAATAATCCCGCTGCAGCCTTTCTTTTGCAATCGTAAACATGAGATTCACGGTGAGCGCTCCTTTCTGTTAAAAggt > 1:2810011/1‑140 (MQ=255) aTCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTATCTCGCGCCTGCTGTTCCCAATAATCCCGCTGCAGCCTTTCTTTTGCAATCGTAAACATGAGATTCACGGTGAGCGCTCCTTTCTGTTAAAAGGTGGtga < 1:4766899/140‑1 (MQ=255) aTCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTATCTCGCGCCTGCTGTTCCCAATAATCCCGCTGCAGCCTTTCTTTTGCAATCGTAAACATGAGATTCACGGTGAGCGCTCCTTTCTGTTAAAAGGTGGtga < 2:1393556/140‑1 (MQ=255) tGTTTCGTCTTTTAACTCTTGCTGGCCAACACTATCTCGCGCCTGCTGATCCCAATAAAACCGCTGAAGCCTTTCTATTGCAATCGTAAACATCAGATTCACGGTGAGCGCACCTAACTGTTAAAATGTGGTTATTTATc > 2:4759218/1‑140 (MQ=255) | ACTTTCACTCGTCTTCCTGAGCGTTCTGAACTTGCTCCGGAAATTAACGAAGCGCTTATCGTTGAGTTCTACTCTCGTTAATCGTTTTAAAAACCCCTGCCGCTATGCGGTCGGGGTTTTTTTATCGTCTGTTTCGTCTTTTACCTCTTGCTGGCCAACACTATCTCGCGCCTGCTGTTCCCAATAATCCCGCTGCAGCCTTTCTTTTGCAATCGTAAACATGAGATTCACGGTGAGCGCTCCTTTCTGTTAAAAGGTGGTGATTGATCGTGT > NZ_CP034943/2838235‑2838507 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |