| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | NZ_CP034943 | = 171201 | 499 (1.630) | intergenic (+18/‑167) | rrf/EO946_RS01005 | 5S ribosomal RNA/16S ribosomal RNA | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 564 total aligned reads displayed.
ATTTGTTTGGTGGCGATAGCGAAGAGGTCACACCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTTATAAAATCGCACA > NZ_CP034943/171063‑171340 | ttgtttgGTGGCGATAGCGAAGAGGTCACACCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAAttt > 2:3717863‑M2/1‑137 (MQ=255) tttgGTGGCGATAGCGAAGAGGTCACACCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAATTTaaa > 1:101394/1‑140 (MQ=38) tggtggCGATAGCGAAGAGGTCACACCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAATTTaaaaa > 2:2103513/1‑140 (MQ=40) gATAGCTAAGACGTCACACCCGTTCCCTTTCCGAACTAGGAAGTTAAGATGTTGAGCGCCTATGGTAGTCGGGTGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAATTTAAAAAAgttgtt < 2:5114905/140‑1 (MQ=14) gATAGCGAAGAGGTCACACCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTGATTTAAAAAAgttgtt < 2:2520590/140‑1 (MQ=255) gCGAAGAGGTCACACCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGGGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACt < 2:1579105/140‑1 (MQ=255) agGTCACACCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTgag > 2:2337391/1‑140 (MQ=255) gTCACACCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGaa > 1:4006018/1‑140 (MQ=255) gTCACACCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGaa > 1:2588428/1‑140 (MQ=255) tCACACCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCGCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAag < 2:110802/140‑1 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1:1505174/140‑1 (MQ=17) acacCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTATGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAagca < 2:2653834/140‑1 (MQ=255) acacCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAATTTAAAACAGTTGTTGACTTTTGAGAagca < 1:1863357/140‑1 (MQ=255) acacCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAagca < 1:4937901/140‑1 (MQ=255) acacCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAagca < 2:541154/140‑1 (MQ=255) acacCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAagca > 1:584137/1‑140 (MQ=255) acacCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAagca < 2:690930/140‑1 (MQ=255) acacCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAagca < 2:825868/140‑1 (MQ=255) acacCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGAGGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCGGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACAGTAGTGTAATTTAAACAAGTTGTTGACTTTTGAGAagca > 2:215158/1‑140 (MQ=255) cccGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCg < 1:4421198/140‑1 (MQ=255) cccGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCg < 1:2078750/140‑1 (MQ=255) ttCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGt > 2:865906/1‑140 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1:1479421/1‑140 (MQ=255) cgccAAGCAATTGCACATTAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGtt > 1:1076724/1‑140 (MQ=255) aaTTGCACATTAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTATTAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAtt < 2:1968666/140‑1 (MQ=255) ttGCACATTAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAtttt > 1:4312755/1‑140 (MQ=255) ttGCACATTAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAtttt > 2:777669/1‑140 (MQ=255) gCACATTAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAtttttt > 2:4667357/1‑140 (MQ=255) cacaTTAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTta < 2:1314711/140‑1 (MQ=255) tAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTTACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTTATaaaa > 1:3510923/1‑140 (MQ=255) tAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTTATaaaa < 2:4211509/140‑1 (MQ=255) tAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTTATaaaa > 2:399651/1‑140 (MQ=255) gtgtAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTTATAAAATc > 2:4112937/1‑140 (MQ=40) tgtAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAATCGTACCTGTTAATTCATTTTTTATAAAATCg > 2:1059089/1‑140 (MQ=255) tAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTTATAAAATCGca < 1:772713/140‑1 (MQ=37) tAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTTATAAAATCGca < 1:2975365/140‑1 (MQ=37) aTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTTATAAAATCGcaca < 1:3337489/140‑1 (MQ=35) aTTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTTATAAAATCGcaca < 2:2455169/140‑1 (MQ=35) | ATTTGTTTGGTGGCGATAGCGAAGAGGTCACACCCGTTCCCATGCCGAACACGGAAGTTAAGCTCTTCAGCGCCGATGGTAGTCGGGGGTTTCCCCCTGTGAGAGTAGGACGCCGCCAAGCAATTGCACATTAGTGTAATTTAAAAAAGTTGTTGACTTTTGAGAAGCAGCGTTGTATACTAATAAAGTTGCTTTAACAAAGCGAACAAACGAAATGATCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTTATAAAATCGCACA > NZ_CP034943/171063‑171340 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |