| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | 884033 = | 160 (0.440) | 256 (0.940) +CCCAACCACCGATTTGTGCGCAACCGCCGATTTGTGTC |
139/224 | 0.6 | 68.3% | intergenic (+81/+252) | RPPX_03845/RPPX_03850 | FAD‑binding protein/general secretion pathway protein GspN |
| ? | CP009974 | = 884084 | 159 (0.440) | intergenic (+132/+201) | RPPX_03845/RPPX_03850 | FAD‑binding protein/general secretion pathway protein GspN | |||||
Only 100 of 780 total aligned reads displayed.
AGGGGTGCCGGAAGACGCGCTAAAGGCTGCAGCCTACTGGCGGGCCAACGGGACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCAAGCAACGCGCCGCCTGCTTCGC > CP009974/883883‑884183 | ggggTGCCGGAAGACGCGCTAAAGGCTGCAGCCTACTGGCGGGCCAACGGGACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGaca < 1:3523958/151‑1 (MQ=255) attcgcgggcaagcccgctcctacactgatcggggatggacacaactcggcggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggcac < 1:5074858‑M1/3‑1 (MQ=255) ttcgcgggcaagcccgctcctacactgatcggggatggacacaactcggcggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggcaca > 1:2401652‑M1/148‑151 (MQ=255) tcgcgggcaagcccgctcctacactgatcggggatggacacaactcggcggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggcacaa < 1:5581088‑M1/5‑1 (MQ=255) cgcgggcaagcccgctcctacagtgatcggggatggacacaactcggccgttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggcacaaa > 2:3673250‑M1/146‑151 (MQ=255) gggcaagcccgctcctacactgatcggggatggacacaactcggcggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggcacaaatcg > 1:1454989‑M1/143‑151 (MQ=255) ggAAGACGCGCTAAAGGCTGCAGCCTACTGGCGGGCCAACGGGACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCgg < 1:7181693/151‑1 (MQ=255) aaGACGCGCTAAAGGCTGCAGCCTACTGGCGGGCCAACGGGACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCggtg > 1:5312934/1‑151 (MQ=255) aaGACGCGCTAAAGGCTGCAGCCTACTGGCGGGCCAACGGGACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCggtg > 2:6565299/1‑151 (MQ=255) agcccgctcctacactgatcggggatggacacaactcggcggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggcacaaatcggtggt < 2:2070336‑M1/14‑1 (MQ=255) aCGCGCTAAAGGCTGCAGCCTACTGGCGGGCCAACGGGACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGtt > 1:4861485/1‑151 (MQ=255) cccgctcctacactgatcggggatggacacaactcggcggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggcacaaatcggtggttg > 1:1005176‑M1/136‑151 (MQ=255) aaaGGCTGCAGCCTACTGGCGGGCCAACGGGACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGAcaca > 2:4376509/1‑151 (MQ=255) ctacgctgatgggggatggacacaactcggcggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACaa > 2:6293273‑M1/129‑151 (MQ=255) tacactgatcggggatggacacaactcggcggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACaaa < 2:5274210‑M1/24‑1 (MQ=255) ggCTGCAGCCTACTGGCGGGCCAACGGGACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAAt < 2:3839218/151‑1 (MQ=255) ggCTGCAGCCTACTGGCGGGCCAACGGGACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAAt < 2:109220/151‑1 (MQ=255) cTGCAGCCTACTGGCGGGCCAACGGGACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATcg > 1:7040460/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |