| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | 884033 = | 160 (0.440) | 256 (0.940) +CCCAACCACCGATTTGTGCGCAACCGCCGATTTGTGTC |
139/224 | 0.6 | 68.3% | intergenic (+81/+252) | RPPX_03845/RPPX_03850 | FAD‑binding protein/general secretion pathway protein GspN |
| ? | CP009974 | = 884084 | 159 (0.440) | intergenic (+132/+201) | RPPX_03845/RPPX_03850 | FAD‑binding protein/general secretion pathway protein GspN | |||||
Only 100 of 742 total aligned reads displayed.
GACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCAAGCAACGCGCCGCCTGCTTCGCGGGTATGCACCATTGATACGACCAAGCGCTTCAGCCCCGAGCACCTCAGAA > CP009974/883934‑884234 | gACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTg < 1:3217147/151‑1 (MQ=255) aCTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGg > 2:4072837‑M2/1‑150 (MQ=255) tggacacagatcggtggttgggcacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCgcac > 2:5814157‑M1/95‑151 (MQ=255) cgacgacgaGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacaca > 1:7177434‑M2/1‑145 (MQ=255) gacgacgaGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaa < 2:718181‑M2/151‑8 (MQ=255) gacgacgaGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaa > 1:527604‑M2/1‑144 (MQ=255) gacgacgaGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaa > 1:2767452‑M2/1‑144 (MQ=255) cgacgaGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaat > 1:2525332‑M2/1‑142 (MQ=255) caaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCgcacaaatcg > 1:3186557‑M1/89‑151 (MQ=255) acgaGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcg > 2:4663124‑M2/1‑140 (MQ=255) aGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcg < 2:6901323‑M2/151‑15 (MQ=255) gATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggtt > 1:2385112‑M2/1‑134 (MQ=255) gTGATTGACTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCGACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggttgcgc > 1:577934‑M2/1‑130 (MQ=255) ctgacggcctgatCGGCCGTATTCGCGGGCACGCCCGCTCCTACACTGATCGAGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACAAGAGTCGGTGGTTGAACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggttgcgc > 2:1784171‑M2/7‑130 (MQ=255) gATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggttgcgcac < 1:3742396‑M2/151‑24 (MQ=255) aTTGCCTGAGCTGCCGTATGCGCGGGCGAGCCCGCTCCGACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggttgcgcaca > 1:5197367‑M2/1‑127 (MQ=255) ttGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggttgcgcacaa < 2:2739597‑M2/151‑26 (MQ=255) tGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggttgcgcacaaa < 1:5957273‑M2/151‑27 (MQ=255) 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gtgggcacaaatcggtggtgggacacagagcggcgcttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCGCAcaaatcggtggttgggcacaaatcggtggttgggca > 2:4352428‑M1/60‑151 (MQ=255) gcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAgg > 1:1618365‑M1/56‑151 (MQ=255) aatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAGGCCGtt < 1:4581231‑M1/101‑1 (MQ=255) atcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAGGCCGTTg < 1:5431290‑M1/102‑1 (MQ=255) tcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAGGCCGTTGt < 1:1795217‑M1/103‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |