| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | = 1156906 | 0 (0.000) | 274 (1.310) +TTGTGCGGGATTCAGTTCGATGCTGAAGCTGCCATCGGCGTTGGCAATGGCACTGCCAATCAA |
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| ? | CP009974 | = 1160812 | 343 (0.940) | intergenic (+4335/‑10948) | RPPX_05120/RPPX_05130 | hypothetical protein/channel protein TolC | |||||
Only 100 of 622 total aligned reads displayed.
CGGCAACGCCTCTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGCAGCCGTGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAATGGCGAGTTGCTGGACGTTGTGGCGATCGACAACAACGGCACCTCGTCGTTGCCGGTGCAGGTCGCCGCACCAGACATCACC > CP009974/1160662‑1160962 | aggCAACGCCTCTGAAGTGCTGAACTACGACGAGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTCGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATAAGCGGTTCTGCACCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTCCATGATGCCAACGGCACg < 2:3556674/150‑1 (MQ=255) cGCCTCTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGTGCGATTTTGTTGACGCCGCGGACGGCGGGATCTACACCGGTTCCCCTCCCGCCGGTAGCCGCGTCGAAGTGCACGATGCCAACGGCACGCTGGTc < 2:4759362/151‑1 (MQ=255) ccTCTGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCgg > 1:3980430/1‑151 (MQ=255) tGAAGTGCTGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGc < 1:810246/151‑1 (MQ=255) cgAAGTCCTGACCTACGACGTGCCACGAGTAGTCACCCCGACCAGCCCAAGAGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTGGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGc < 1:5455752/150‑1 (MQ=255) tGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCgtggt > 1:7109840/1‑151 (MQ=255) tGACCTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGCTCTGCTCCCGCTGGTAGCCGCGCGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGCAGCATCgtggt > 2:3720815/1‑151 (MQ=255) cTACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTggtgggt > 2:6834066/1‑151 (MQ=255) cTACGACCGGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGGCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTggtgggt < 2:6199908/151‑1 (MQ=255) tACGACGTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTggtgggtg > 1:1750806/1‑151 (MQ=255) acgacgTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGc < 1:992892/151‑1 (MQ=255) ggcgTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCGCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGGATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCg < 1:5562818/149‑1 (MQ=255) acgTGCCACTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGa > 1:2200950/1‑151 (MQ=255) cTGGTGGTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCt < 2:2786092/151‑1 (MQ=255) tggtggTCACCCCGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCtt > 1:1402930/1‑151 (MQ=255) cACCCCGGCCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCgtg < 2:820477/151‑1 (MQ=255) cgccGACGAGGCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCgtggt < 2:4449847/149‑1 (MQ=255) ccccGACCAGCCCGAGCGAACTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCgtggt < 2:1823727/151‑1 (MQ=255) 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gacatGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATGAGCGGTTCTGCTGCTGCTGGTAGTCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAgg < 2:641511/147‑1 (MQ=255) atctgGCCATCGATGCTGATGGCCCCACCCTCACCGGTACCGCGCCTGCTGGCAGCCGTGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGttgattggcagtgccattgccaacgccgatggcagcttcagcatcgaactgaatcccgcacaagc > 1:6335421‑M2/3‑86 (MQ=255) aaCTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGCTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCCTCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGc > 2:4550949/1‑151 (MQ=255) aCTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGcc > 1:5940370/1‑151 (MQ=255) cTGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCa > 2:2540970/1‑151 (MQ=255) tGGTCGTCGCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCaa < 1:1629375/151‑1 (MQ=255) gggcgtcgCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGGTCTGCTCCTGCTGGTCGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAAt < 2:2745696/148‑1 (MQ=255) tcgtcgCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAATgg < 1:4199186/151‑1 (MQ=255) cgtcgCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAATGGc < 1:3265692/151‑1 (MQ=255) gtcgCCGCCGATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAATGGCg > 1:5303586/1‑151 (MQ=255) gccgATGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAATGGCGAGTTGc > 1:2067819/1‑151 (MQ=255) ccgATGCGAGCAGCATCCGCGGTCCTGCCCCGGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAATGGCGAGTTGCt < 2:5803792/151‑1 (MQ=255) tgaTGGCACCACCCTCACCGGTACCGCGCCTGCTGGCAGCCGTGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGttgattggcagtgccattgccaacgccgatggcagcttcagcatcgaactgaatcccgcacaagccaacggcgaactgctg < 1:4500584‑M2/150‑82 (MQ=255) tGGCAGCAGCATCAGCGGTTCTGCTCCTGCTGGTAGCCGCGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGCTGGTCGGTAGCATCGTGGTGGGTGCCGAGGGCACCTTCACCGTGGTGCTTACACCGGCCCAGGCCAATGGCGAGTTGCTGGAc < 1:3426792/151‑1 (MQ=255) tGGCACCACCCTCACCGGTACCGCGCCTGCTGGCAGCCGTGTGGAAGTGCATGATGCCAACGGCACGttgattggcagtgccattgccaacgccgatggcagcttcagcatcgaactgaatcccgcacaagccaacggcgaactgctggac > 1:4970682‑M2/1‑67 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |