| Predicted mutation | ||||||
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| MC JC | CP009974 | 5,273,059 | Δ2,603 bp | RPPX_23450–[RPPX_23460] | RPPX_23450, RPPX_23455, [RPPX_23460] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | * | ÷ | CP009974 | 5273059–5275655 | 5275661 | 7–2603 | 207 [1] | [0] 208 | RPPX_23450–[RPPX_23460] | RPPX_23450,RPPX_23455,[RPPX_23460] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | = 5273058 | 1 (0.000) | 196 (0.760) | 136/286 | 1.2 | 99.8% | intergenic (‑275/+106) | RPPX_23445/RPPX_23450 | transporter/ATPase AAA |
| ? | CP009974 | 5275662 = | 0 (0.000) | coding (38/1266 nt) | RPPX_23460 | GntR family transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
CGATGAAACGGGACGGAACGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009974/5272903‑5273058‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcctatgAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGTGGATCTCGCGCCAGTCTCTTGAC > CP009974/5275662‑5275810 CGATGAAACGGGACGGAACGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGC > 1:3908710/1‑151CGATGAAACGGGACGGAACGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGC < 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GCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCT < 1:1632188/151‑1 CGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTG > 2:3419416/1‑151 TATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCCGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAG < 1:2469661/151‑1 TATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAG > 2:3056120/1‑151 TATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAG > 2:1564544/1‑151 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< 1:3401747/151‑1 AATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCT > 1:421913/1‑151 ATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTG > 2:3366635/1‑151 CCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGC > 1:1175248/1‑151 TCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCG > 2:2181724/1‑151 CGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCT > 1:1556167/1‑151 tcGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTACGTGCGATGGCTCCGACCATGCAAGTGCCGGCTTCTCCGCTGCTTAAGGCCTAGGAACGGTTGATGACTGAGGGTGTACTCAACTGTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTA > 2:2835153/3‑151 AGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTAC > 2:2664818/1‑151 GCCGCTCGAACCTGCGCACCAGGCGCAACAATTCCCTCCGTGCGTGCGACGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGCGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACG < 2:4683814/151‑1 CTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTA > 1:3048080/1‑151 CGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCG < 2:221996/151‑1 GAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACTATCCAGGTGTCGGTGTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAGAGGTGGATGGCTGAGGGTGTCCTGCACTGTCGTCCTGGCTCCGCCTTTTACGTTGCGGG 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CCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGA > 2:1339014/1‑151 CATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAA < 2:1235329/151‑1 ATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCACCTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAG < 2:4967775/151‑1 TGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGT > 1:2659432/1‑151 GCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTG < 2:3137702/151‑1 GGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGAC > 1:3375080/1‑151 GGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGAC < 1:2792148/151‑1 TCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGT > 1:583697/1‑151 TCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGT < 2:2559489/151‑1 GTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCTTTGT < 2:4477122/151‑1 GTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGT > 1:2309560/1‑151 TTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGTG > 1:2060181/1‑151 CTACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGTGGAT > 1:4625925/1‑151 TACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGTGGATt > 2:663546/1‑150 ACGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGTGGATCT > 2:4375808/1‑151 CGGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGTGGATCTC < 1:1285558/151‑1 CGGGGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTCCGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGTGGATCTC < 2:1334158/151‑1 GGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGTGGATCTCG > 1:878621/1‑151 GGTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGTGGATCTCG > 2:639543/1‑151 GTGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGCTGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGCGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGTGGATCTCGC < 2:191803/151‑1 TGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGACCTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGTGGATCTCGCG < 1:157184/151‑1 TGCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGTGGATCTCGCG < 1:301326/151‑1 GCTTGAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGTGGATCTCGCGC > 1:546382/1‑151 GAGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGTGGATCTCGCGCCAGT > 1:4700671/1‑151 AGGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGTGGATCTCGCGCCAGTC < 1:732299/151‑1 GGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGTGGATCTCGCGCCAGTCT < 2:3890562/151‑1 GGCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGTGGATCTCGCGCCAGTCT > 1:1876581/1‑151 GCCTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGTGGATCTCGCGCCAGTCTC < 1:5260417/151‑1 CTATGAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGTGGATCTCGCGCCAGTCTCTT < 2:878621/151‑1 CGATGAAACGGGACGGAACGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009974/5272903‑5273058‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcctatgAAAGGTTGATGGCTGAGGGTGTACTCAACTCTCGTCCTGGCTCCGGCTTTTACGTAGCCGGGCCAGTGGCGCCCTTGGTACTCACCGAACTCGGCCCAAGGCTTGATCGTGAAGTGGACCCGTTGTGGATCTCGCGCCAGTCTCTTGAC > CP009974/5275662‑5275810 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |