| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | 1896077 = | 3053 (11.210) | 561 (2.310) +CGCGAAAGTGGATGTC |
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| ? | CP009974 | = 1898007 | 187 (0.690) | intergenic (‑5785/‑2812) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 3844 total aligned reads displayed.
AAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGA > CP009974/1895927‑1896227 | gTCAATGCGCTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCCGCAc < 2:3128585/151‑1 (MQ=255) aCTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAAc > 2:514521/1‑151 (MQ=14) tgGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGa < 1:2492548/151‑1 (MQ=18) gttgATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGCGGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGGGGTGTCGGTTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTtc > 2:707424/1‑151 (MQ=18) ttgATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAACTGCAGGTtct > 2:2758734/1‑151 (MQ=18) tcgATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTtct > 2:4120062/3‑151 (MQ=21) tgATCGGCAGACCATCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTCACCGACGGGGTCGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTGACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAATTCCAGGTtctc > 1:4993096/1‑151 (MQ=2) tCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGaa > 1:2610410/1‑151 (MQ=18) gCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGc < 2:1988449/151‑1 (MQ=21) agaccGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAg < 2:2178082/148‑1 (MQ=25) accGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAgcg > 1:181530/2‑151 (MQ=255) cTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTCACCGACGGGGTCGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTGACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAATTCCAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGt < 1:1725223/151‑1 (MQ=9) ttgttgGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTCACCGACGGGGTCGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTGACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAATTCCAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTgg > 1:5062386/1‑151 (MQ=12) tgttgGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGc > 1:2215251/1‑151 (MQ=17) tgGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGGTGACATCCACTTTCGCGGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTc < 2:887934/151‑1 (MQ=2) ggTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTcc < 1:3464469/151‑1 (MQ=25) ggTCAGCGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTCACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTCGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTct < 2:1174288/151‑2 (MQ=12) gtaaGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTcta > 2:1724304/4‑149 (MQ=9) 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tcgagagtgtCGGTGACTTGGACCGAAGCGTTGCCGCCCAATTCCAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACg < 2:2658663/145‑1 (MQ=12) tcgGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAAGGTCGCACCAGTGGCGTCCACTGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACg > 2:3998830/1‑151 (MQ=9) gggtgTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGgcgc < 1:1112884/150‑1 (MQ=12) gtgtcggtgacatccactttcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGgcgcgc > 1:902103‑M1/25‑151 (MQ=255) tgtCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAAGGTCGCACCAGTGGCGTCTACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCACt > 1:4398127/1‑151 (MQ=255) 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cTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGcc > 1:1441616/1‑151 (MQ=16) cGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTg < 1:13296/151‑1 (MQ=25) gAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGCCTTGa > 2:3044540/1‑151 (MQ=255) tcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGAt > 2:1899822‑M1/6‑151 (MQ=255) cgcggCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGACCTGGCCCGCATCCGGGTTGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTGCGGCGCGCTGGTGTCGCCAGCCttgttg > 2:807957/5‑151 (MQ=18) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |