| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | 1896077 = | 3053 (11.210) | 561 (2.310) +CGCGAAAGTGGATGTC |
108/268 | 2.7 | 28.0% | intergenic (‑3855/‑4742) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
| ? | CP009974 | = 1898007 | 187 (0.690) | intergenic (‑5785/‑2812) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 2434 total aligned reads displayed.
CACACCTTTGAGAACCTGGAACTGGGTGGTGCTGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTAGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTT > CP009974/1897859‑1898156 | ccgtcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttattggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCggtga > 2:2407359‑M2/94‑149 (MQ=255) tcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACtt > 1:1117132‑M2/97‑151 (MQ=255) tcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgccttcggtgACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACtt > 2:5405586‑M2/97‑151 (MQ=255) tcggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgccttcggtgACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACtt > 2:4085676‑M2/97‑151 (MQ=255) cggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgacggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTCGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTg > 1:54745‑M2/90‑151 (MQ=255) cggtcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccatctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcaccgcctTCGGTCACCGACGGGGTCGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTGACTTg < 2:3995493‑M2/62‑1 (MQ=255) tcagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAAc > 2:1755286‑M2/93‑151 (MQ=255) cagcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaagccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcaccgccttcggtgACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAAcc > 1:844267‑M2/92‑151 (MQ=255) cagcttgaagtaaagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcaccgccttcggtgCCCGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCATCGAGGGTGtcggtgacatccact < 1:31807‑M2/60‑8 (MQ=255) agcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcaggccgtctttgttggtcagcgtgacggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTCGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCg < 2:3205333‑M2/67‑1 (MQ=255) agcttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtgagtgatctcgccgccttcggtgACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCg < 1:939885‑M2/61‑1 (MQ=255) cttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgccttcggtgACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGaa > 1:3957873‑M2/89‑151 (MQ=255) ttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccatctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcaccgcctTCGGTCACCGACGGGGTCGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTGACTTGAACCGAag > 1:1004971‑M2/82‑151 (MQ=255) ttgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccatctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcaccgcctTCGGTCACCGACGGGGTCGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTGACTTGAACCGAag > 2:4226736‑M2/82‑151 (MQ=255) tgaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccatctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcaccgcctTCGGTCACCGACGGGGTCGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTGACTTGAACCGAagc > 2:1943463‑M2/81‑151 (MQ=255) gaagtacagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgccttcggtgACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGaagcc < 2:3605343‑M2/66‑2 (MQ=255) aagtacagcgcctagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAagcag < 1:2217061‑M2/73‑1 (MQ=255) acagctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGcacc > 2:268842‑M2/81‑151 (MQ=255) agctccgagtggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGcaccac < 2:4816153‑M2/73‑1 (MQ=255) tggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgacagacggagtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGTTGGCGGTCATTTGAACCGAAGCGGCACCACCCCGCTCCa < 2:5138428‑M1/67‑1 (MQ=255) ggttgttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAg > 2:682‑M1/84‑151 (MQ=255) gttgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacgtggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTATCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTtc < 1:2882772‑M1/72‑1 (MQ=255) ttgggcggcaggccgtgtgtggtggtcagggggggggtgtaagtgatctcgccgccgtcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTtct > 2:2321514‑M1/79‑151 (MQ=255) tgatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTtctc < 1:2642945‑M1/74‑1 (MQ=255) gatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCa < 1:1813312‑M1/75‑1 (MQ=255) gatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCa > 2:789807‑M1/77‑151 (MQ=255) gatcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCa > 2:5304095‑M1/77‑151 (MQ=255) tcggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCaaa > 1:1372406‑M1/75‑151 (MQ=255) ggcagaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAgg > 1:4435843‑M1/73‑151 (MQ=255) cggtccggctttgttggtcagcgtggtggggtaggtgagctcgccgcctTAGGTCACCGGAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTGACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGgtg < 2:5216292‑M2/102‑1 (MQ=255) agaccgtctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGgtgt > 1:4997274‑M1/70‑151 (MQ=255) accgtctttgttggtgagggtgatggtgtaagtgatctcgccgcgtgcggtgaacgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGa > 2:1667762‑M1/68‑151 (MQ=255) gtctttgttggtcagggtgatggtgtacgtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCg > 2:2102389‑M1/65‑151 (MQ=255) tctttgttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGt > 1:5193765‑M1/64‑151 (MQ=255) ttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCta > 1:3047695‑M2/40‑151 (MQ=255) ttgttggtcagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGCTCCAGGCTCCCAAAGGTCTGACCGCCta > 2:1353059‑M2/40‑151 (MQ=255) ttggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTatat < 1:4326277‑M1/94‑1 (MQ=255) ggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATcc < 1:204074‑M1/96‑1 (MQ=255) ggtcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATcc > 1:1914504‑M1/56‑151 (MQ=255) tcagggtgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCcac > 1:3675337‑M1/54‑151 (MQ=255) cagcgtgatggtgtaggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCcaca < 2:389531‑M2/120‑1 (MQ=255) gggtgatggtgtaagtgatctcgccgccgtcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGc > 2:2211375‑M1/51‑151 (MQ=255) tgatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGa > 2:3823218‑M1/48‑151 (MQ=255) gatggtgtaagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGAc > 1:2426013‑M1/47‑151 (MQ=255) taggtgatctcgccgcctTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGATCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGc > 2:4565496‑M2/19‑151 (MQ=255) aagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGcc > 1:4139661‑M1/39‑151 (MQ=255) aagtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGcc > 2:151436‑M1/39‑151 (MQ=255) gtgatctcgccgccttcggtgaccgacggggtggcgGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCa > 1:3128866‑M1/37‑151 (MQ=255) 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tGGCCACGACTTCATCGAGGGTGTCGGTgacatccactttcgcggcaccgcccaactcgaggttctcgaacgcagcaccagtggcgtcaaccgccgagttgatgcccagactgatctggcccgcatcctggtagacgtcatcgccctgtgc < 1:5365454‑M2/151‑124 (MQ=255) CACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCACCGCCCTgtgcggcc < 2:2006869‑M1/151‑4 (MQ=255) aCGACTTCATCGAGGGTGTCGGTgacatccactttcgcggcaccgcccaactcgaggttctcgaacgcagcaccagtggcgtcaaccgccgagttgatgcccagactgatctggcccgcatcctggtagacgt > 2:3097850‑M2/1‑23 (MQ=255) gACTTCATCGAGGGTGTCGGTgacatccactttcgcggcaccgcccaactcgaggttctcgaacgcagcaccagtggcgtcaaccgccgagttgatgcccagactgatctggcccgcatcctggtagacgtcatcgccctgtgcgtcgtgg > 2:1123796‑M2/1‑21 (MQ=255) TCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGACGCATCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGTCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGgtgt > 2:4671639‑M1/1‑151 (MQ=255) TCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGgtgt > 2:2475702‑M1/1‑151 (MQ=255) catcgagGGTGTCGGTgacatccactttcgcggcaccgcccaactcgaggtgctcgaacgcagcaccagtggcgtcaaccgccgagttgatgcccagactgatctggcccgcatcctggtagacgtcatcgccctgtgcgtcgtgggtgta > 1:1751114‑M2/3‑16 (MQ=255) CGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTa > 2:3713249‑M1/1‑151 (MQ=255) gtcgAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCGCCCAGTTCCAGGTTCTCGAAGGTGTGACCGTCTACATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCAGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCGTGGgggtgg > 1:2979667/1‑149 (MQ=11) gtcgAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTAc < 2:1849386/151‑1 (MQ=33) atcgaGGGTGTCGGTgacatccactttcgcggcaccgcccaactcgaggttctcgaacgcagcaccagtggcgtcaaccgccgagttgatgcccagactgatctggcccgcatcctggtagacgtcatcgccctgtgcgtcgtgggtgtac > 2:3001019‑M2/2‑15 (MQ=255) cgAGGGTGTCGGTgacatccactttcgcggcaccgcccaactcgaggttctcgaacgcagcaccagtggcgtcaaccgccgagttgatgcccagactgatctggcccgcatcctggtagacgtcatcgccctgtgcgtcgtgggtgtacgg < 1:1544005‑M2/151‑139 (MQ=255) cgAGGGTGTCGGTgacatccactttcgcggcaccgcccaactcgaggttctcgaacgcagcaccagtggcgtcaaccgccgagttgatgcccagactgatctggcccgcatcctggtagacgtcatcgccctgtgcgtcgtgggtgtacgg > 1:1637148‑M2/1‑13 (MQ=255) aGGGTGTCGGTgacatccactttcgcggcaccgcccaactcgaggttctcgaacgcagcaccagtggcgtcaaccgccgagttgatgcccagactgatctggcccgcatcctggtagacgtcatcgccctgtgcgtcgtgggtgtacggcg < 2:3425148‑M2/151‑141 (MQ=255) aGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTCAAAGGTGTGACCGTCTATATCCACAGCGGACGTGATGCCCAGACTGATCTGGCCTGCGTCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGgcg > 2:1257679/1‑151 (MQ=31) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |