New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009974 | = 1897294 | NA (NA) | 1076 (4.090) | 231/290 | 0.0 | 98.6% | intergenic (‑5072/‑3525) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
? | CP009974 | 1897952 = | 16 (0.060) | intergenic (‑5730/‑2867) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
AGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACGACGACGGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGCGGCGAGATCACCTACACCATCACGCTGACCAACAAAGACGGCCTGCCGATCAACAACCACTCGGAGCTGTACTTCAAGCTGACCGACGGCACCACCGTCGTCGTGGCAGCCAACAGCACCACCGGTTCG > CP009974/1897156‑1897438 | aGTCGCCGAGCCCGTGGTGCTGTTCGCTGCCACGACGACGGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGac > 1:4141982/1‑150 (MQ=11) aGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACGACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGac < 2:648234/151‑2 (MQ=255) aGTCGCCGAACCGGTGGTGCTGTTGGCTGCCACGACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTACAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGac > 1:4334641/1‑150 (MQ=11) aGTCGCCGAACCCGTGGTGCTGTTGGCCGCCACGACGACAGTGGTGCCGTCGGTCAGCTTGAAGTAAAGCTCCGAGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTGACCGac > 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |