| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP009974 | = 1901506 | 3 (0.010) | 339 (1.310) | 171/286 | 0.1 | 99.6% | coding (409/426 nt) | RPPX_08485 | hypothetical protein |
| ? | CP009974 | 1904110 = | 0 (0.000) | intergenic (+113/‑1737) | RPPX_08495/RPPX_08505 | ATPase AAA/hemolysin secretion protein D | |||||
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
ATGCTGCTGCTCAAGGAGGGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGTGCGGATTCCACGCTGACTCGGACACCCATTCCACGCGCATCCGGACAGTGATTCCACGCTGATCCGGACACTCATTCCACGAGCATCCGGACACCGACTCCACGGTCATCCGGACACTTTTCTGGCAGGCAGCCACGCAGGATTTATTC > CP009974/1901356‑1901656 | tgctCAAGGAGGGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagcc < 2:2435640‑M1/151‑8 (MQ=255) ctCAAGGAGGGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgc < 1:1412520‑M1/151‑10 (MQ=255) cAAGGAGGGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcag > 1:2649862‑M1/1‑140 (MQ=255) agggagggcCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagc < 2:5416470‑M1/149‑13 (MQ=255) gaggGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcaca < 1:4845144‑M1/151‑16 (MQ=255) aggGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaa > 1:3677772‑M1/1‑135 (MQ=255) ggCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagt < 2:2021096‑M1/151‑19 (MQ=255) ccGCAGGGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttc < 1:4249220‑M1/151‑21 (MQ=255) ccGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttc < 1:1781277‑M1/151‑21 (MQ=255) cGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcg > 2:4908839‑M1/1‑130 (MQ=255) cGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcg > 1:2626546‑M1/1‑130 (MQ=255) cGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcg > 1:2440162‑M1/1‑130 (MQ=255) cGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcg < 2:4826808‑M1/151‑22 (MQ=255) aGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatg > 2:258380‑M1/1‑127 (MQ=255) gcgcCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgt > 2:1409626‑M1/1‑126 (MQ=255) gcgcCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgt > 1:4361541‑M1/1‑126 (MQ=255) gcCGTCCTGCTTGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtca < 2:2810932‑M1/151‑28 (MQ=255) gcCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtca > 1:1940832‑M1/1‑124 (MQ=255) cGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaac < 2:1452109‑M1/151‑30 (MQ=255) tCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaccca > 2:2406754‑M1/1‑120 (MQ=255) tCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaacca > 1:5168175‑M1/1‑120 (MQ=255) ccTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcccaagttcgatgtcaaccat > 2:3520638‑M1/1‑119 (MQ=255) ccTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccat > 1:802229‑M1/1‑119 (MQ=255) tGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatgg < 1:890530‑M1/151‑35 (MQ=255) tGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatgg > 2:1529963‑M1/1‑117 (MQ=255) gCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggc < 2:2282048‑M1/151‑36 (MQ=255) gCTCGCCTGGGAGAACGATGACGCCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGCGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggc < 1:3396076‑M1/151‑36 (MQ=255) cTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggca > 2:1705348‑M1/1‑115 (MQ=255) 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cTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctc < 1:2943891‑M1/151‑42 (MQ=255) ggAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatc < 2:3018462‑M1/151‑45 (MQ=255) ggAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatc > 1:942566‑M1/1‑107 (MQ=255) gagaGCGATGACACGGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcc < 2:2531460‑M1/151‑46 (MQ=255) gagaACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcc < 1:5140692‑M1/151‑46 (MQ=255) agaACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatccc < 2:732048‑M1/151‑47 (MQ=255) aCGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacg > 1:5394702‑M1/1‑102 (MQ=255) aCGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacg < 1:1111565‑M1/151‑50 (MQ=255) gATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgag < 1:1966731‑M1/151‑52 (MQ=255) gACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcga < 2:5371843‑M1/151‑55 (MQ=255) 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gCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcgaagtcgtggttccgcgacaccctgctgcgcagcaagtggttgtatatcgacgc < 1:2146273‑M1/151‑107 (MQ=255) cgcgAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcgaagtcgtggttccgcgacaccctgctgcgcagcaagtggttgtatatcgacgcca < 1:3469543‑M1/151‑109 (MQ=255) gAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcgaagtcgtggttccgcgacaccctgctgcgcagcaagtggttgtatatcgacgccatcg < 2:1324632‑M1/151‑112 (MQ=255) gAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcgaagtcgtggttccgcgacaccctgctgcgcagcaagtggttgtatatcgacgccatcg < 1:3593068‑M1/151‑112 (MQ=255) aaGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcgaagtcgtggttccgcgacaccctgctgcgcagcaagtggttgtatatcgacgccatcgc > 1:3169004‑M1/1‑39 (MQ=255) aaGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcgaagtcgtggttccgcgacaccctgctgcgcagcaagtggttgtatatcgacgccatcgc < 2:3677533‑M1/151‑113 (MQ=255) aGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcgaagtcgtggttccgcgacaccctgctgcgcagcaagtggttgtatatcgacgccatcgcc < 1:224605‑M1/151‑114 (MQ=255) gCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcgaagtcgtggttccgcgacaccctgctgcgcagcaagtggttgtatatcgacgccatcgccgccagc < 2:3432812‑M1/151‑120 (MQ=255) aGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcgaagtcgtggttccgcgacaccctgctgcgcagcaagtggttgtatatcgacgccatcgccgccagcctgg < 2:3633633‑M1/151‑124 (MQ=255) aGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcgaagtcgtggttccgcgacaccctgctgcgcagcaagtggttgtatatcgacgccatcgccgccagcctgg > 2:4718826‑M1/1‑28 (MQ=255) aGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcgaagtcgtggttccgcgacaccctgctgcgcagcaagtggttgtatatcgacgccatcgccgccagcctcg > 2:5058911‑M1/1‑28 (MQ=255) gCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcgaagtcgtggttccgcgacaccctgctgcgcagcaagtggttgtatatcgacgccatcgccgccagcctggt < 1:4489237‑M1/151‑125 (MQ=255) gACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcgaagtcgtggttccgcgacaccctgctgcgcagcaagtggttgtatatcgacgccatcgccgccagcctggtga > 2:4071839‑M1/1‑25 (MQ=255) cTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcgaagtcgtggttccgcgacaccctgctgcgcagcaagtggttgtatatcgacgccatcgccgccagcctggtgatc > 2:1069054‑M1/1‑23 (MQ=255) ccGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcgaagtcgtggttccgcgacaccctgctgcgcagcaagtggttgtatatcgacgccatcgccgccagcctggtgatcaacctgatc < 2:1783533‑M1/151‑138 (MQ=255) ccGCGTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcgaagtcgtggttccgcgacaccctgctgcgcagcaagtggttgtatatcgacgccatcgccgccagcctggtgatcaacctgatc < 2:898451‑M1/151‑138 (MQ=255) cgcgTGTTCTTCGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcgaagtcgtggttccgcgacaccctgctgcgcagcaagtggttgtatatcgacgccatcgccgccagcctggtgatcaacctgaccg > 2:2924629‑M1/1‑13 (MQ=255) cttcGcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcgaagtcgtggttccgcgacaccctgctgcgcagcaagtggttgtatatcgacgccatcgccgccagcctggtgatcaacctgatcgccttggcc > 1:4926342‑M1/1‑5 (MQ=255) acGTGCGGATTCCACGCTGACTCGGACACCCATTCCACGCGCATCCGGACAGTGATTCCACGCTGATCCGGACACTCATTCCACGAGCATCCGGACACCGACTCCACGGTCATCCGGACACTTTTCTGGCAGGCAGCCACGCAGGATTTAt < 2:2225040/150‑1 (MQ=11) cgcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcgaagtcgtggttccgcgacaccctgctgcgcagcaagtggttgtatatcgacgccatcgccgccagcctggtgatcaacctgatcgccttggccgcg < 2:2832002‑M1/151‑150 (MQ=255) cgcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcgaagtcgtggttccgcgacaccctgctgcgcagcaagtggttgtatatcgacgccatcgccgccagcctggtgatcaacctgatcgccttgaccgcg > 2:4046725‑M1/1‑2 (MQ=255) gcgcagccgcagcacaagttcgatgtcaaccatggcaacctcatcccacgagcgaagtcgtggttccgcgacaccctgctgcgcagcaagtggttgtatatcgacgccatcgcggccagcctggtgatcaacctgatcgccttggccgctc > 2:2784860‑M1/1‑1 (MQ=255) | ATGCTGCTGCTCAAGGAGGGCCGCAGCGCCGTCCTGCTCGGCTGGGAGAACGATGACACCGCGCGCCTGCTACTCAGCGAGAGCGACGGTGGCGAGGTGCATGTCAGCCGCGAAGCACTGCTAAGCGACTACAGCGGCCGCGTGTTCTTCGTGCGGATTCCACGCTGACTCGGACACCCATTCCACGCGCATCCGGACAGTGATTCCACGCTGATCCGGACACTCATTCCACGAGCATCCGGACACCGACTCCACGGTCATCCGGACACTTTTCTGGCAGGCAGCCACGCAGGATTTATTC > CP009974/1901356‑1901656 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |