| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | = 1901506 | 3 (0.010) | 339 (1.310) | 171/286 | 0.1 | 99.6% | coding (409/426 nt) | RPPX_08485 | hypothetical protein |
| ? | CP009974 | 1904110 = | 0 (0.000) | intergenic (+113/‑1737) | RPPX_08495/RPPX_08505 | ATPase AAA/hemolysin secretion protein D | |||||
Only 100 of 360 total aligned reads displayed.
GGACGCAGAAATTGACGACGCCAGCCAACCCGGACTAACAATGCCACCCCTGCGTCGCTGCGCTCCGACTGCCTGTCCGAATGAGCGTGGAACAGGTGTCCGGATCAGCGTGGGCTGAGTGTCCGAATGGCGTGGAATCCGCATTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGCCGCGCC > CP009974/1903960‑1904260 | tgctgctgctcaaggagggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgc < 1:478373‑M2/1‑1 (MQ=255) gctgctgctcaaggagggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgcg > 1:460012‑M2/150‑151 (MQ=255) tgctgctcaaggagggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgcgca > 2:2621625‑M2/148‑151 (MQ=255) tgctcaaggggggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgcgcagcc < 2:1457586‑M2/7‑1 (MQ=255) ctcaaggagggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgcgcagccgc > 2:5415265‑M2/143‑151 (MQ=255) ctcaaggagggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgcgcagccgc < 1:1412520‑M2/9‑1 (MQ=255) tcaaggagggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgcgcagccgca < 1:3340080‑M2/10‑1 (MQ=255) agggagggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgcgcagccgcagc < 2:5416470‑M2/12‑1 (MQ=255) aaggggggccgcagggccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgcgcagccgcagc < 2:1298614‑M2/12‑1 (MQ=255) aaggagggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgcgcagccgcagc > 1:2965977‑M2/140‑151 (MQ=255) gagggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGcaca > 1:4337664‑M2/137‑151 (MQ=255) ggccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGt < 1:4362339‑M2/18‑1 (MQ=255) ccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTc < 1:1781277‑M2/20‑1 (MQ=255) ccgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTc < 1:5129261‑M2/20‑1 (MQ=255) cgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCg > 1:2626573‑M2/131‑151 (MQ=255) cgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCg > 2:1169092‑M2/131‑151 (MQ=255) cgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCg < 2:4826808‑M2/21‑1 (MQ=255) cgcagcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCg > 2:4908839‑M2/131‑151 (MQ=255) gcgccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGt > 2:1409967‑M2/127‑151 (MQ=255) gccgtcctgcttggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCa < 2:2810932‑M2/27‑1 (MQ=255) gccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCa > 1:1940832‑M2/125‑151 (MQ=255) ccgtcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCaa < 2:1400765‑M2/28‑1 (MQ=255) tcctgctcggctgggagaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAaccc > 2:2409712‑M2/121‑150 (MQ=255) 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agaacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATccc > 2:3741101‑M2/106‑151 (MQ=255) aacgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCAc > 1:5163227‑M2/104‑151 (MQ=255) acgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACg < 1:1111565‑M2/49‑1 (MQ=255) acgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACg > 1:3394277‑M2/103‑151 (MQ=255) acgatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACg > 1:3403622‑M2/103‑151 (MQ=255) gatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAg < 1:1966731‑M2/51‑1 (MQ=255) gatgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAg > 1:4428696‑M2/101‑151 (MQ=255) atgacaccgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGc < 1:4073585‑M2/52‑1 (MQ=255) accgcgcacctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGt < 1:640762‑M2/57‑1 (MQ=255) cgcgcgcctgctactcagcgagagcgacggtggcgaggtgcatgtcagccgcgaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCg < 1:1566917‑M2/59‑1 (MQ=255) 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gaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATcg < 1:3593068‑M2/111‑1 (MQ=255) gaagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGGCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCACGTGGTTGTATATCGACGCCATcg > 2:4086841‑M2/41‑151 (MQ=255) aagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATcgc > 1:3169004‑M2/40‑151 (MQ=255) aagcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATcgc < 2:3677533‑M2/112‑1 (MQ=255) agcactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATcgcc < 1:224605‑M2/113‑1 (MQ=255) cactgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGCGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGCCGCCACcgccgc > 2:3537843‑M2/37‑151 (MQ=255) ctgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCa < 2:2566627‑M2/117‑1 (MQ=255) tgctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAg > 1:4452962‑M2/34‑151 (MQ=255) gctaagcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGc < 2:3432812‑M2/119‑1 (MQ=255) agcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGcctcg > 2:5058911‑M2/29‑149 (MQ=255) agcgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTgg < 2:3633633‑M2/123‑1 (MQ=255) cgactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTg < 2:2440162‑M2/125‑1 (MQ=255) gactacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGa > 1:2754362‑M2/26‑151 (MQ=255) actacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGAt > 2:3282178‑M2/25‑151 (MQ=255) tacagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCa < 1:4944032‑M2/129‑1 (MQ=255) cagcggccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAGGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAAc < 2:2393742‑M2/131‑1 (MQ=255) ccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGGCGTCCTCCTACCTCGACACCCTGCTGCGCAGCAACTGGTTGTATATCGACGCCATGGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATc < 2:4735508‑M2/137‑1 (MQ=255) ccgcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATc < 2:898451‑M2/137‑1 (MQ=255) gcgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGc > 2:168805‑M2/13‑151 (MQ=255) cgtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGcc > 1:874547‑M2/12‑151 (MQ=255) gtgttcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCt < 2:1799780‑M2/141‑1 (MQ=255) tcttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGc > 1:4809209‑M2/7‑151 (MQ=255) cttcgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGcc < 1:2467869‑M2/146‑1 (MQ=255) cgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGCcgcg < 2:2832002‑M2/149‑1 (MQ=255) cgCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGACcgcg > 2:4046725‑M2/3‑151 (MQ=255) gCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCGGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGgccgctc > 2:2784860‑M2/2‑149 (MQ=255) cgcagccgcagcACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGgccgcgcc < 2:3928191/151‑1 (MQ=255) | GGACGCAGAAATTGACGACGCCAGCCAACCCGGACTAACAATGCCACCCCTGCGTCGCTGCGCTCCGACTGCCTGTCCGAATGAGCGTGGAACAGGTGTCCGGATCAGCGTGGGCTGAGTGTCCGAATGGCGTGGAATCCGCATTCTTCGCGCAGCCGCAGCACAAGTTCGATGTCAACCATGGCAACCTCATCCCACGAGCGAAGTCGTGGTTCCGCGACACCCTGCTGCGCAGCAAGTGGTTGTATATCGACGCCATCGCCGCCAGCCTGGTGATCAACCTGATCGCCTTGGCCGCGCC > CP009974/1903960‑1904260 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |