| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP009974 | = 3844204 | 266 (0.980) | 95 (0.600) +ATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAA |
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| ? | CP009974 | 3844237 = | 266 (0.980) | intergenic (+34/‑9) | RPPX_17125/RPPX_17130 | tRNA‑Ala/tRNA‑Glu | |||||
Only 100 of 438 total aligned reads displayed.
CGCCCCGTCCACAGCGATGAACGAAAACGAAGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTT‑TGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACGTTTACCCGCGTTTTGCGGGACTTTAAAGGCT > CP009974/3844054‑3844354 | ccccGTCCACAGCGATGAACGAAAACGAAGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAtt < 1:3445619/151‑1 (MQ=255) gTCCCCAGCGGTGGCCGAAAACGAAGCGGCGGGCTCGCAGCCAGGGATGGAGGTGAAAGCTAAATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTT‑TGc < 1:402966/151‑1 (MQ=21) caGCGATGAACGAAAACGAAGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcgcag > 2:1432983‑M1/1‑140 (MQ=255) aacgaaaacgaaGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTT‑TGCCGCGGTTCGCGtt < 2:3601258/151‑1 (MQ=255) aacgaaaacgaaGCGCCAGGCACCCAGACAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaag < 1:978713‑M1/151‑20 (MQ=255) cgaaaacgaaGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcgtagcagccaaggc > 1:2313140‑M1/1‑130 (MQ=255) cgaaaacgaaGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTT‑TGCCGCGGTTcgcg < 1:4124182/147‑1 (MQ=255) gaaaacgaaGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggct < 2:2065163‑M1/151‑23 (MQ=255) aGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagca < 1:3788445‑M1/151‑31 (MQ=255) aCCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTT‑TGc < 1:4655303/117‑1 (MQ=255) cccAGCCAGGGATTCAGTTCAGAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAttt‑t < 2:1184064/114‑1 (MQ=255) agcGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaac > 1:320718‑M1/1‑103 (MQ=255) aTTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggt > 2:327812‑M1/1‑99 (MQ=255) aTTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggt < 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aGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaa < 2:3806191‑M1/151‑64 (MQ=255) aCATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaag < 2:2352363‑M1/151‑68 (MQ=255) tgtttcGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTC‑TGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCt < 2:4733478/132‑1 (MQ=17) aatccGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTT‑TGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTg > 2:41952/5‑140 (MQ=255) aTTGTGGGGCTATAGCTAAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaggaggt < 2:4476842‑M1/151‑70 (MQ=255) tttcGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTC‑TGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACAcc > 1:898932/4‑151 (MQ=21) tttcGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTC‑TGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACAcc > 1:5284624/4‑151 (MQ=21) ggggCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggttcgtc < 1:4821772‑M1/151‑75 (MQ=255) gggCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTC‑TGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGCCACCGcccc > 2:2924153/1‑150 (MQ=21) ggCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTT‑TGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGaa > 1:285793/1‑110 (MQ=255) 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taGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggttcgtccccttcg < 2:300395‑M1/151‑82 (MQ=255) cTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTC‑TGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCAcggcg < 2:4903912/151‑1 (MQ=21) tCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTC‑TGccag > 2:5148354/1‑73 (MQ=18) tCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggttcgtccccttcgtcta < 1:2928666‑M1/151‑86 (MQ=255) cTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggttcgtccccttcgtctagtgg < 1:1738358‑M1/151‑90 (MQ=255) cTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTT‑TGCCACGGTTCGCGTTAGTGGCTCTGCACGAAGGTTACGTCCGCTTGATCTAGGGGCCTGGAAGACGGCTCGATCTCGGCGGTagc > 2:3511945/1‑149 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agCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTC‑TGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGtt > 1:3545226/1‑151 (MQ=21) cgcCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTC‑TGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCg > 1:4494033/1‑151 (MQ=21) cgcCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTT‑TGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCg < 1:2519911/151‑1 (MQ=255) gcCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTC‑TGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCg < 2:1536396/123‑1 (MQ=21) gcCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTC‑TGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGa < 2:3545226/151‑1 (MQ=21) gcCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTT‑TGCCGCGGTTCGCGt < 1:3507109/70‑1 (MQ=255) 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caTTT‑TGCCGCGGTGCGCGCTGGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAC‑TTTTCCTGCGTTTTGCAGGGCTTTaaaaggc < 2:5107795/150‑5 (MQ=18) aaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggttcgtccccttcgtctagtggcctaggacaccgccctttcacggaggaaacaggggttcgcttcccctaggcgacacaaga > 2:4659584‑M1/1‑2 (MQ=255) | CGCCCCGTCCACAGCGATGAACGAAAACGAAGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTT‑TGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACGTTTACCCGCGTTTTGCGGGACTTTAAAGGCT > CP009974/3844054‑3844354 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |