| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP009974 | = 3844204 | 266 (0.980) | 95 (0.600) +ATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAA |
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| ? | CP009974 | 3844237 = | 266 (0.980) | intergenic (+34/‑9) | RPPX_17125/RPPX_17130 | tRNA‑Ala/tRNA‑Glu | |||||
Only 100 of 386 total aligned reads displayed.
CCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACGTTTACCCGCGTTTTGCGGGACTTT‑AAAGGCTCATTCGCTTATTGAATGGGCCTTTTGTTTTTTC > CP009974/3844088‑3844387 | cattgtggggctatagctcagctgggagagcgcctgcatggcatgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAgg < 1:4490817‑M2/5‑1 (MQ=255) tgtggggctatagctcagctgggagagcgcctgcatggcatgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGgttc < 2:3515854‑M2/8‑2 (MQ=255) ggggctatagctcagctgggagagcgcctgcatggcatgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGaaggttcgtc < 1:4821772‑M2/11‑5 (MQ=255) gccagcGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTcc > 1:3043749/1‑151 (MQ=255) ttCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACg > 1:4311983/1‑131 (MQ=255) tcagctgggagagcgcctgcatggcatgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTa < 1:2928666‑M2/22‑1 (MQ=255) cagctgggagagcgcctgcatggcatgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAg > 1:4376767‑M2/129‑151 (MQ=255) cagctgggagagcgcctgcatggcatgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAg < 1:2801265‑M2/23‑1 (MQ=255) ctgggagagcgcctgcatggcatgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTgg < 1:1738358‑M2/26‑1 (MQ=255) tCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTAc > 2:1544077/1‑133 (MQ=255) gggagagcgcctgcatggcatgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGcc > 2:865795‑M2/124‑151 (MQ=255) gggagagcgcctgcatggcatgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGcc < 1:2125274‑M2/28‑1 (MQ=255) tgtttcGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCt < 2:4733478/132‑1 (MQ=17) aatccGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTg > 2:41952/5‑140 (MQ=255) ttcGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCg > 2:4577465/3‑151 (MQ=21) tccGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCg < 1:1469840/149‑1 (MQ=255) ccGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGc > 1:3575376/2‑151 (MQ=255) gggCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGCCACCGcccc > 2:2924153/1‑150 (MQ=21) 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gCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTGCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTaa < 1:2993949/151‑1 (MQ=37) gCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTaa < 1:4944504/151‑1 (MQ=255) tcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACa < 1:5241831‑M2/57‑1 (MQ=255) tGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACa < 2:3575376/151‑1 (MQ=255) gggATAGCGCCAGAATGGAATGAAGAAGGTAAGCGGTTCGATCCCGCTTAGTTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAg < 1:1957865/151‑1 (MQ=37) agcggttcgatcccgcttagctccgccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAgg > 2:1810313‑M2/93‑151 (MQ=255) agcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAgg < 1:533593‑M2/59‑1 (MQ=255) ggAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAgg > 2:3143445/1‑151 (MQ=25) gcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAggg < 1:1840612‑M2/60‑1 (MQ=255) gagaGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAggg > 1:2660014/1‑151 (MQ=21) gagaGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAggg > 2:1682435/1‑151 (MQ=25) agagCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAgggg < 1:2229201/151‑1 (MQ=21) agagCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAgggg < 2:3043749/151‑1 (MQ=255) gagCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGGCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATATTGCCGCGGTTCGCGTGAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAggggg > 2:776330/1‑150 (MQ=255) agCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGtt > 1:1125237/1‑151 (MQ=21) 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ttCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACGTTTAcccc > 2:1336046/1‑150 (MQ=17) tCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACGTTTACCcgc > 1:2535005/1‑151 (MQ=17) gcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCagttttacacaagcg < 2:4427455‑M2/98‑8 (MQ=255) gATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACGTTTACCCGCGt > 2:2427328/1‑151 (MQ=17) tcgcGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCCCGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAC‑TTTTCCTGCGtttt < 2:5083319/148‑1 (MQ=25) 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CCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACGTTTACCCGCGTTTTGCGGGACTTT‑AAAGGCTCATTCGCTTATTGAATGGGCCTTTTGTTTTTTC > CP009974/3844088‑3844387 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |