| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | 884033 = | 115 (0.420) | 185 (0.910) +CCCAACCACCGATTTGTGCGCAACCGCCGATTTGTGTC |
119/224 | 0.4 | 68.2% | intergenic (+81/+252) | RPPX_03845/RPPX_03850 | FAD‑binding protein/general secretion pathway protein GspN |
| ? | CP009974 | = 884084 | 116 (0.430) | intergenic (+132/+201) | RPPX_03845/RPPX_03850 | FAD‑binding protein/general secretion pathway protein GspN | |||||
Only 100 of 541 total aligned reads displayed.
GACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCAAGCAACGCGCCGCCTGCTTCGCGGGTATGCACCATTGATACGACCAAGCGCTTCAGCCCCGAGCACCTCAGAA > CP009974/883934‑884234 | gcggttggacacgaatcggtggttggacacagatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTg > 2:142498‑M1/100‑151 (MQ=255) ggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTgcg < 1:1876530‑M1/54‑1 (MQ=255) gttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGCGGTTgcgc < 2:865168‑M1/55‑1 (MQ=255) tacgccacgaatcggtgggtggacgcgactcggcggttgggcacgagtcggcggttggacacaaatcggcggttgagcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCgca > 2:1667769‑M1/96‑151 (MQ=255) tggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAAACGGTGGTTGCgcac < 1:2847645‑M1/57‑1 (MQ=255) gacgacgaGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGTGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCgcacaa > 2:4145488/1‑151 (MQ=255) cgacgaGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaat < 1:1896735‑M2/151‑10 (MQ=255) acagatcggtggtgggacacaaatcggcggtggggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCgcacaaatc > 1:5151431‑M1/90‑151 (MQ=255) acaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCgcacaaatc < 2:1836650‑M1/62‑1 (MQ=255) acgaGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcg > 2:1611307‑M2/1‑140 (MQ=255) atcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCgcacaaatcggtg > 2:5157139‑M1/86‑151 (MQ=255) aGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcg > 1:3272448‑M2/1‑137 (MQ=255) gcggggggtggacacagctcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacagatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCgcacaaatcggtgg > 2:5349047‑M1/85‑151 (MQ=255) gtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGGCACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGCggtggcgcacaaatcggcggctg < 2:3968825‑M1/70‑7 (MQ=255) tCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggttgc < 1:3942958‑M2/151‑20 (MQ=255) tCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggttgc < 1:623474‑M2/151‑20 (MQ=255) tCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggctgc < 1:3379606‑M2/151‑20 (MQ=255) gttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGATGGGCACAAATCGGTGGAtgcgcacaaatcggtggttgcgc < 2:5066641‑M1/73‑4 (MQ=255) 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2:4846059/1‑151 (MQ=255) aaaTCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttgcgcacaaatcggtggttgggcacaaatcgg < 1:2361023‑M2/151‑121 (MQ=255) aaaTCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttgcgcacaaatcggtggttgggcacaaatcgg > 1:1638707‑M2/1‑31 (MQ=255) aaTCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttgcgcacaaatcggtggttgggcacaaatcggt < 1:4169230‑M2/151‑122 (MQ=255) cggcggTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCAAGCAACGCGCCGCCTGCTTCGCGGGTATGCACCATTGATACGACCaa < 2:2360403/151‑1 (MQ=255) ggcggTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCAAGCAACGCGCCGCCTGCTTCGCGGGTATGCACCATTGATACGACCAAg > 1:4725833/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |