| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | CP009974 | 1154854 = | 273 (1.000) | 185 (0.950) +GTGAGGGTGGTGCCATCAGGATCGATGGCCAGATTGCTCGGGC |
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| ? | CP009974 | 1155783 = | 1 (0.000) | coding (2483/2580 nt) | RPPX_05115 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
TCGCGGCGAGCCCGGCTGGGATACGTTGCCGGCGGCATCCACCAGACGCACATCGAGTGCTTCACCATTGGCCTGGGCAGGCGACAGGGTGAGGCTGAACAGGCCGTCGGCATTGATCACCAGCTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCGACCAATCTGG > CP009974/1155634‑1155932 | gtcgagggtgacggtgaagctgccgtcggggcctgccaccacactgccaatcagcgtgccgttggcgtcatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTg > 1:2777421‑M2/150‑151 (MQ=255) gagggtgacggtgaagctgccgtcggggcctgccaccacactgccaatcagcgtgccgttggcgtcatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCg < 2:714404‑M2/5‑1 (MQ=255) gagggtgacggtgaagctgccgtcggggcctgccaccacactgccaatcagcgtgccgttggcgtcatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCg < 2:3430511‑M2/5‑1 (MQ=255) agggtgacggtgaagctgccgtcggggcctgccaccacactgccaatcagcgtgccgttggcgtcatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccattaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCgg > 2:3109897‑M2/146‑151 (MQ=255) gggtgacggtgaagctgccgtcggggcctgccaccacactgccaatcagcgtgccgttggcgtcatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCggg > 1:4256921‑M2/145‑151 (MQ=255) ggtgacggtgaagctgccgtcggggcctgccaccacactgccaatcagcgtgccgttggcgtcatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGgc > 1:1586172‑M2/144‑151 (MQ=255) tgacggtgaagctgccgtcggggcctgccaccacactgccaatcagcgtgccgttggcgtcatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggcggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGgcgc > 2:4190226‑M2/142‑151 (MQ=255) cggtgaagctgccgtcggggcctgccaccacactgccaatcagcgtgccgttggcgtcatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCggt > 1:1958791‑M2/139‑151 (MQ=255) cggtgaagctgccgtcggggcctgccaccacactgccaatcagcgtgccgttggcgtcatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCggt < 2:34155‑M2/13‑1 (MQ=255) gtggaggtgccgtcggggcctgccaccacactgccaatcagcgtgccgttggcgtcatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCggtgg < 2:2059290‑M2/15‑1 (MQ=255) gggagctgccggcggggccggccacgacactgccaatcagcgtggcgttggcggcgtgcacttcaacaggactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccatcaggatcggtggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCggtggt < 1:5165594‑M2/16‑1 (MQ=255) aagctgccgtcggggcctgccaccacactgccaatcagcgtgccgttggcgtcatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCa < 2:1798338‑M2/18‑1 (MQ=255) ctgccgtcggggcctgccagcacactgccaatcagcgtgccgttggcgtaatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATg < 1:5080534‑M2/21‑1 (MQ=255) ctgccgtcggggcctgccaccacactgccaatcagcgtgccgttggcgtcatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATg > 2:1752135‑M2/131‑151 (MQ=255) tgccgtcggggcctgccaccacactgccaatcagcgtgccgttggcgtcatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATgg < 1:2967974‑M2/22‑1 (MQ=255) ggccgtcggggcctgccaccacactgccaatcagggtgccgttggcgtcatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATgg < 2:1534881‑M2/22‑1 (MQ=255) cgtcggggcctgccaccacactgccaatcagcgtgccgttggcgtcatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTAc > 1:2097468‑M2/127‑151 (MQ=255) gtcggggcctgccaccacactgccaatcagcgtgccgttggcgtcatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTAcg > 1:125708‑M2/126‑151 (MQ=255) 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ccacactgccaatcagcgtgccgttggcgtcatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGACGTACTCGGTAGc > 1:5223505‑M2/112‑151 (MQ=255) cactgccaatcagcgtgccgttggcgtcatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCAc > 1:3268130‑M2/109‑151 (MQ=255) cactgccaatcagcgtgccgttggcgtcatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCAc < 1:402312‑M2/43‑1 (MQ=255) actgccaatcagcgtgccgttggcgtcatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCAcc < 1:1752135‑M2/44‑1 (MQ=255) actgccaatcagcgtgccgttggcgtcatgcacttcaacacgactgccagccggcgcggtaccggtgagggtggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCAcc > 2:4607483‑M2/108‑151 (MQ=255) 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tggtgccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCCGGCTGAGCGGCCGGGGCGAgatc > 2:1621483‑M2/37‑151 (MQ=255) gccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAgatcgatc < 2:4875466‑M2/119‑1 (MQ=255) cccatcaggatcgatggcgagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAgatcgatc < 1:4325218‑M2/119‑1 (MQ=255) ccatcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCa < 1:1691215‑M2/120‑1 (MQ=255) tcaggatcgatggcgagattgctggggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGa < 2:4036146‑M2/123‑1 (MQ=255) tcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGa > 1:3507279‑M2/29‑151 (MQ=255) gcaggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGa < 1:3900791‑M2/123‑1 (MQ=255) ggatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCCACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAAgg > 2:3187922‑M2/26‑151 (MQ=255) gatcgatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAAGGt > 1:770983‑M2/25‑151 (MQ=255) gatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAAGGGGCCg > 2:849029‑M2/21‑151 (MQ=255) gatggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAACGTGCCg > 2:4703426‑M2/21‑151 (MQ=255) gagggccggattgctcgggcTGTTGTGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATAGATCAGGAAGGTGCCg < 2:2310045‑M2/131‑1 (MQ=255) tggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAAGGTGCCGtt < 2:5333938‑M2/133‑1 (MQ=255) tggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAAGGTGCCGtt < 1:1204955‑M2/133‑1 (MQ=255) tggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAAGGTGCCGtt > 2:4447647‑M2/19‑151 (MQ=255) tggccagagtggtggggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTGGGTAGCCACCGAAGCATTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACGAGGGTCAACGGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAAGGTGCCGtt < 2:3502208‑M2/133‑1 (MQ=255) ggccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGCACTCGGTAGCCACCGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAAGGTGCCGTTg < 2:3865157‑M2/134‑1 (MQ=255) ccagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGc < 1:5339391‑M2/136‑1 (MQ=255) cagattgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCa < 1:4447647‑M2/137‑1 (MQ=255) attgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCg < 1:412150‑M2/140‑1 (MQ=255) tgctcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCGAc > 1:3458033‑M2/10‑151 (MQ=255) ctcgggcTGTGGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCGACCa < 2:3921954‑M2/144‑1 (MQ=255) tcgggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCGa < 2:4317127‑M2/141‑1 (MQ=255) gggcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGCGATCGACCAGGAAGGTGCCGTTGGCaccgactacac > 2:1083395‑M2/5‑146 (MQ=255) gcTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACGCGGGAGCCACCGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGGCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACcgaccacaccc < 2:5095090‑M2/149‑6 (MQ=255) cTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCAccgaccacacccg < 1:1090693‑M2/150‑7 (MQ=255) cTGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTACCGCCTGGGTCGGGCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCTTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGAGCGATCGGGAAGGGGCCGTTGGCAccgaccacacccg > 2:5160938‑M2/2‑145 (MQ=255) | TCGCGGCGAGCCCGGCTGGGATACGTTGCCGGCGGCATCCACCAGACGCACATCGAGTGCTTCACCATTGGCCTGGGCAGGCGACAGGGTGAGGCTGAACAGGCCGTCGGCATTGATCACCAGCTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTACCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCGACCAATCTGG > CP009974/1155634‑1155932 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |