| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | CP009974 | 1155488 = | 293 (1.110) | 314 (1.350) +AGGGTCCAGGGTGATGG |
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Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
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GGCCAAGGCCAGGTCCGTCGGTTGCTCGGGCGGCAGCAGGTCAGCCGAGGTGACCGAGCCCGGTTGCGATACGTTGCCAGCGGCGTCGGTGAGGGTGACTTGCAAGGTGCTGCCGTCGTTCACGGCAGGGTCCAGGGTGATGGTGAAGGTG > 1:2232970/1‑151 caaGGCCAGGTCCGTCGGTTGCTCGGGCGGCAGCAGGTCAGCCGAGGTGACCGAGCCCGGTTGCGATACGTTGCCAGCGGCGTCGGTGAGGGTGACTTGCAAGGTGCTGCCGTCGTTCACGGCAGGGTCCAGGGTGATGGTGAAGGTGCCA < 1:4645009/148‑1 caaGGCCAGGTCCGTCGGTTGCTCGGGCGGCAGCAGGTCAGCCGAGGTGACCGAGCCCGGTTGCGATACGTTGCCAGCGGCGTCGGTGAGGGTGACTTGCAAGGTGCTGCCGTCGTTCACGGCAGGGTCCAGGGTGATGGTGAAGGTGCCA < 2:709784/148‑1 CAGGGCCAAGTCAGTCGGTTGCGTTGGCGGCAGCAAGTCGGCCGAGGTGACCGAGCCCGGTTGCGATACGTTGCCGGCGGCGTCGGTGAGGGTGACTTGCAAGGTGCTGCCGTCGTTCACGGCAGGGTCCAGGGTGATGGTGAAGGTGCCn < 1:3622519/151‑2 aaGGCCAGGTCCGTCGGTTGCTCGGGCGGCAGCAGGTCAGCCGAGGTGACCGAGCCCGGTTGCGATACGTTGCCAGCGGCGTCGGTGAGGGTGACTTGCAAGGTGCTGCCGTCGTTCACGGCAGGGTCCAGGGTGATGGTGAAGGTGCCAT < 1:1076480/149‑1 aGGCCAGGTCCGTCGGTTGCTCGGGCGGCAGCAGGTCAGCCGAGGTGACCGAGCCCGGTTGCGATACGTTGCCAGCGGCGTCGGTGAGGGTGACTTGCAAGGTGCTGCCGTCGTTCACGGCAGGGTCCAGGGTGATGGTGAAGGTGCCATC 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TGCGATACGTTGCCAGCGGCGTCGGTGAGGGTGACTTGCAAGGTGCTGCCGTCGTTCACGGCAGGGTCCAGGGTGATGGTGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCTGCCACGTCACGCACCTGCACGGTag < 1:5019710/151‑3 ggGATACGTTGCCGGCGGCATCGGCGAGGGTGACCTGCAAGGTGCTGCCGTCATTCACGGCAGGGTCCAGGGCGATGACGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTGGT < 2:3592594/149‑1 GCGATACGTTGCCGGCGGCGTCGGTGAGGGTGACTTGCAAGGTGCTGCCGTCGTTCACGGCAGGGTCCAGGGTGATGGTGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCTGCCACGTCACGCACCTGCACGGTaga < 2:4471020/151‑4 gGATACGTTGCCGGCGGCATCGGCGAGGGTGACCTGCAAGGTGCTGCCGTCATTCACGGCAGGGTCCAGGGCGATGACGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTGGTG < 1:312019/150‑1 CGATACGTTGCCAGCGGCGTCGGTGAGGGTGACTTGCAAGGTGCTGCCGTCGTTCACGGCAGGGTCCAGGGTGATGGTGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCTGCCACGTCACGCACCTGCACGGTagag > 2:2258541/1‑147 GATACGTTGCCAGCGGCGTCGGTGAGGGTGACTTGCAAGGTGCTGCCGTCGTTCACGGCAGGGTCCAGGGTGATGGTGAAGGTGCCATCTGCCGCGACGGTGCCGGTCGCGACGATGTTGCCTGACACGTCACGCACCTGCACGGTagcgc > 2:4689999/1‑146 GATACGTTGCCAGCGGCGTCGGTGAGGGTGACTTGCAAGGTGCTGCCGTCGTTCACGGCAGGGTCCAGGGTGATGGTGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCTGCCACGTCACGCACCTGCACGGTagagc < 1:1851578/151‑6 GATACGTGGCCAGCGGCGTCGGTGAGGGTGACTTGCAAGGTGCTGCCGTCGTTCACGGCAGGGTCCAGGGTGATGGTGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCTGCCACGTCACGCACCTGCACGGTagagc < 2:4170590/151‑6 ATACGTTGCCGGCGGCGTCGGTGAGGGTGACTTGCAAGGTGCTGCCGTCGTTCACGGCAGGGTCCAGGGTGATGGTGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTagagcc < 2:2019764/151‑7 ATACGTTGCCGGCGGCGTCGGTGAGGGTGACTTGCAAGGTGCTGCCGTCGTTCACGGCAGGGTCCAGGGTGATGGTGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTagagcc < 1:3903871/151‑7 TACGTTGCCGGCGGCGTCGGTGAGGGTGACTTGCAAGGTGCTGCCGTCGTTCACGGCAGGGTCCAGGGTGATGGTGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCTGCCACGTCACGCACCTGCACGGTagagccg < 2:328525/151‑8 gCGTTGCCGGCGGCATCGGCGAGGGTGACGTGCAGGGTGCTGCCGTCATTCAGGGCGGGGTCCAGGGCGATGACGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTGGTGCCCA < 2:2859350/150‑1 TGCAAGGTGCTGCCGTCAGTCACGGCAGGGTCCAGGGCGATGACGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTGGTGCCCACTTCGCCACGACCACTGAGTTGGCTGCCGG < 2:4845953/151‑1 cgtcacTGACGGCAGGGTCCAGGGCGAGGACGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGGCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTGGTGCCCACTTCGCCACGACCACTGAGTTGGCTGCCGGCAAGGCCGATCAC < 2:4889675/145‑1 ttcacGGCAGGGTCCAGGGCGATGACGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTGGTGCCCACTTCGCCACGACCACTGAGTTGGCTGCCGGCAAGGCCGATCACCAGAT > 2:42798/6‑151 ttcacGGCAGGGTCCAGGGCGATGACGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTGGTGCCCACTTCGCCACGACCACTGAGTTGGCTGCCGGCAAGGCCGATCACCAGAT < 2:3827870/146‑1 tcacGGCAGGGTCCAGGGCGATGACGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTGGTGCCCACTTCGCCACGACCACTGAGTTGGCTGCCGGCAAGGCCGATCACCAGATT > 2:2792601/5‑151 tcacGGCAGGGTCCAGGGCGATGACGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTGGTGCCCACTTCGCCACGACCACTGAGTTGGCTGCCGGCAAGGCCGATCACCAGATT > 2:1288226/5‑151 tcacGGCAGGGTCCAGGGCGATGACGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTGGTGCCCACTTCGCCACGACCACTGAGTTGGCTGCCGGCAAGGCCGATCACCAGATT > 1:1400224/5‑151 cacGGCAGGGTCCAGGGCGATGACGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTGGTGCCCACTTCGCCACGACCACTGAGTTGGCTGCCGGCAAGGCCGATCACCAGATTG < 2:894182/148‑1 GGGTCCAGGGCGATGACGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTGGTGCCCACTTCGCCACGACCACTGAGTTGGCTGCCGGCAAGGCCGATCACCAGATTGGTCGGTG < 2:182665/151‑1 ggCCAGGGCGATGACGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTGGTGCCCACTTCGCCACGACCACTGAGTTGGCTGCCGGCAAGGCCGATCACCAGATTGGTCGGTGCt < 2:4650852/149‑2 GTCCAGGGCGATGACGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTGGTGCCCACTTCGCCACGACCACTGAGTTGGCTGCCGGCAAGGCCGATCACCAGATTGGTCGGTGCt < 2:2616917/151‑2 GTCCAGGGCGATGACGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTGGTGCCCACTTCGCCACGACCACTGAGTTGGCTGCCGGCAAGGCCGATCACCAGATTGGTCGGTGCt < 2:2501984/151‑2 ||||||||||||||||| GTGAAGGTGACGCCATCGGCCAGGGCCAAGTCAGTCGGTTGCGCGGGCGGCAGCAGGTCAGCCGAGGTGACCGAGCCCGGTTGCGATACGTTGCCGGCGGCGTCGGTGAGGGTGACTTGCAAGGTGCTGCCATCGGTGATGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009974/1155630‑1155488‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGAAGGTGCCATCTGCAGCGACGGTGCCGGTCGCGAGGATGTTGCCGGCCGCGTCACGCACCTGCACGGTGGTGCCCACTTCGCCACGACCACTGAGTTGGCTGCCGGCAAGGCCGATCACCAGATTGGTCGGTGCC < CP009974/1156052‑1155916 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |