| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | 1155488 = | 293 (1.110) | 314 (1.350) +AGGGTCCAGGGTGATGG |
122/266 | 1.3 | 70.8% | coding (2188/2580 nt) | RPPX_05115 | hypothetical protein |
| ? | CP009974 | = 1156052 | 0 (0.000) | coding (139/564 nt) | RPPX_05120 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 615 total aligned reads displayed.
CCGACCAACCTGGTGATCAGCGCTGCCGGCAGCCAGCTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGCGCAACCGACTGACTTGGCCCTGGCCGATGGCGTCACCTTCACCGGTCGC > CP009974/1155338‑1155637 | ccAACCTGGTGATCAGCGCTGCCGGCAGCCAGCTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGccct > 2:3929998/1‑149 (MQ=255) aatctggtgatcggccttgccggcagccaactcagtggtcgtggcgaagtgggcaccaccgtgcaggtgcgtgacgcggccggcaacatcctcgcgaccggcaccgtcgctgcagatggcaccttcgtcatcgccctggaccctgccgtga > 1:1400224‑M1/145‑147 (MQ=255) aaCCTGTTGATCAGCGCTGCCGGCAGCCAGCTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCa < 2:4147509/151‑1 (MQ=255) cccTGGTGATCAGCGCTGCCGGCAGCCAGCTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCAc < 2:2258258/150‑1 (MQ=255) atctggtgatcggccttgccggcagccaactcagtggtcgtggcgaagtgggcaccaccgtgcaggtgcgtgacgcggccggcaacatcctcgcgaccggcaccgtcgctgcagatggcaccttcgtcatcgccctggaccctgccgtgaa < 2:3827870‑M1/8‑6 (MQ=255) tctggtgatcggccttgccggcagccaactcagtggtcgtggcgaagtgggcaccaccgtgcaggtgcgtgacgcggccggcaacatcctcgcgaccggcaccgtcgctgcagatggcaccttcgtcatcgccctggaccctgccgtgaat > 1:1321278‑M1/143‑145 (MQ=255) gTGATCAGCGCTGCCGGCAGCCAGCTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATg < 2:4912721/151‑1 (MQ=255) ggtGCCGGCAGCCAGCTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTAccc < 2:837250/149‑2 (MQ=25) gCCGGCAGCCAGCTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCCATGGCAGTACCCTGc > 1:4180533/1‑151 (MQ=255) ccggcagccaactcagtggtcgtggcgaagtgggcaccaccgtgcaggtgcgtgacgcggccggcaacatcctcgcgaccggcaccgtcgctgcagatggcaccttcgtcatcgccctggaccctGCCGTGACTGACGGCAGCACCTTGCa < 2:4845953‑M1/26‑1 (MQ=255) cGGCAGCCAGCTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGATACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCaa < 1:2415105/151‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCCATGGCAGTACCCTGCacgc > 2:4763027/1‑148 (MQ=255) agccagcTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCa > 2:1184831/1‑151 (MQ=255) cTCAGCGGTCGGGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATGCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCa < 2:3422727/151‑1 (MQ=255) cAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCAcc > 2:4182325/1‑151 (MQ=255) aGCGTTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGTCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGTCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCg > 2:622399/1‑151 (MQ=255) ggTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCCGGCACCGTAATTGCCACTGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGACCCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGAcg < 1:4254188/151‑1 (MQ=255) ggTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGAcg > 1:1991871/1‑151 (MQ=255) ggTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGAcg > 2:3571179/1‑151 (MQ=255) gTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGAcgc > 1:922826/1‑151 (MQ=255) gTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGAcgc > 2:1431614/1‑151 (MQ=255) aaGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCaa > 1:2568292/1‑151 (MQ=255) aGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAAc > 1:1260802/1‑151 (MQ=255) 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tctaccgtgcaggtgcgtgacgtggcaggcaacatcctcgcgaccggcaccgtcgctgcagatggcaccttcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCTGGCAACGTATCGc < 1:3143069‑M1/61‑1 (MQ=255) tctaccgtgcaggtgcgtgacgtggcaggcaacatcctcgcgaccggcaccgtcgctgcagatggcaccttcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGc < 2:4471020‑M1/61‑1 (MQ=255) ctaccgtgcaggtgcgtgacgcggccggcaacatcctcgcgaccggcaccgtcgctgcagatggcaccttcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCa > 1:4428867‑M1/90‑151 (MQ=255) ccaccgtgcaggtgcgtgacgcggccggcaacatcctcgcgaccggcaccgtcgctgcagatggcaccttcgtcatcgccctggaccctGCCGTGAATGACGGCAGCACCTTGCAGGTCACCCTCGCCGATGCCGCCGGCAACGtatccca > 2:2137702‑M1/90‑148 (MQ=255) caccgtgcaggtgcgtgacgcggccggcaacatcctcgcgaccggcaccgtcgctgcagatggcaccttcgtcatcgccctggaccctGCCGTGAATGACGGCAGCACCTTGCAGGTCACCCTCGCCGATGCCGCCGGCAACgtatcccag > 1:4494908‑M1/89‑147 (MQ=255) cAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTCTCGCaa > 2:2507762/1‑151 (MQ=255) accgtgcaggtgcgtgacgcggccggcaacatcctcgcgaccggcaccgtcgctgcagatggcaccttcaccatcacactggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAAc > 1:3927011‑M1/88‑151 (MQ=255) ccgtgcaggtgcgtgacgcggccggcaacatcctcgcgaccggcaccgtcgctgcagatggcaccttcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAAcc < 1:1007704‑M1/65‑1 (MQ=255) gtgcaggtgcgtgacgcggccggcaacatcctcgcgaccggcaccgtcgctgcagatggcaccttcgtcatcgccctggaccctGCCGTGAATGACGGCAGCACCTTGCATGTCACCCTCGCCGATGCCGCCGGCAACGTATCCCAGCCgg < 1:4763703‑M1/67‑1 (MQ=255) ttCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCggg < 1:680139/151‑1 (MQ=255) 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ggATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGCGCAACCGACTGACCTGGcc < 1:5101770/151‑1 (MQ=255) agatggcaccttcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCTGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGAGCAACCGACGGACCTGGcc < 1:3330726‑M1/120‑1 (MQ=255) agatggcaccttcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCCGACTTGCTGCCGCCAACGCAACCGACTGACTTGGcc > 1:385493‑M1/32‑151 (MQ=255) atggcaccttcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCTGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGAGCAACCGACGGACCTggcctt < 1:4196274‑M1/122‑3 (MQ=255) aTGGCACCTTCGTCATCGCCCTGGACCCTGCCGTGAATGACGGCAGCACCTTGCAGGTCACCCTCGCCGATGCCGCCGGCAACGTATCCCAGCCGGGCTCGGTCACTTCGGCCGACTTGCTGCCGCCCGCACAACCGACTGACTTGGCCCt < 1:2616677/151‑1 (MQ=255) tggcaccttcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCTGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGAGCAACCGACGGACCtggccttg < 2:709784‑M1/123‑4 (MQ=255) tggcaccttcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCCGACTTGCTGCCGCCAACGCAACCGACTGACTTGGCCCTg > 2:4633239‑M1/29‑151 (MQ=255) nggcaccttcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCCGACTTGCTGCCGCCAACGCAACCGACTGACTTGGCCCTg < 1:3622519‑M1/123‑1 (MQ=255) ggcaccttcaccgtcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCCGACTTGCTGCCGCCAACGCAACCGACTGACTTGGCCCTgg < 1:622688‑M1/124‑1 (MQ=255) ggcaccttcaccgtcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCCGACTTGCTGCCGCCAACGCAACCGACTGACTTGGCCCTgg > 1:209265‑M1/28‑151 (MQ=255) caccttcaccgtcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCCGACTTGCTGCCGCCAACGCAACCGACTGACTTGGCactgtcc < 1:2348368‑M1/126‑4 (MQ=255) caCCTTCGTCATCGCCCTGGACCCTGCCGTGAATGACGGCAGCACCTTGCAGGTCACCCTCGCCGATGCCGCCGGCAACGTATCCCAGCCGGGCTCGGTCACTTCGGCCGACTTGCTGCCGCCCGCACAACCGACTGACTTGGCCCTGGcc < 1:4720649/150‑1 (MQ=255) cTTCACCGTCACCCTGGACCCTGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACATATCGCAACCGGGCTCGTTCACCTCGCCGGACTTTCTTCCGCCAACGCAACCGACTGACTTGGCCCTCGCCGAt > 1:294967/1‑151 (MQ=19) tcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCCGACTTGCTGCCGCCAACGCAACCGACTGACTTGGCCCTGGCCGATgg > 1:1662892‑M1/21‑151 (MQ=255) cGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCGGACCTGCTGCCGCCCGCGCAACCGACTGACCTGGCCTTGGCCGCTGGc > 1:312013/1‑151 (MQ=25) gCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGCGCAACCGACTGACCGGGCCTTGGCCGATGGCg > 2:1906246/1‑151 (MQ=21) accatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCTGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGCGCAACCGACGGACCTGGCCTTGGCCGATGGCg < 2:504414‑M1/133‑1 (MQ=255) ccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCTGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGCGCAACCGACGGCCCTGGCCTTGGCCGATggcct < 2:3254460‑M1/134‑3 (MQ=255) ccATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGCGCAACCGACTGACCTGGCCTTGGCCGATGGCgc > 2:1043611/1‑150 (MQ=255) catcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCTGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGAGCAACCGCCGGACCTGGCCTTGGCCGATGGCGTc < 2:3603381‑M1/135‑1 (MQ=255) cACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGCGCAACCGACTGACCTGGCCTTGGCCGATGGCGTCAcc > 2:3703164/1‑151 (MQ=255) aCCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGCGCAACCGACTGACCTGGCCTTGGCCGATGGCGTCACCt < 2:2831611/151‑1 (MQ=255) | CCGACCAACCTGGTGATCAGCGCTGCCGGCAGCCAGCTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGCGCAACCGACTGACTTGGCCCTGGCCGATGGCGTCACCTTCACCGGTCGC > CP009974/1155338‑1155637 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |