New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009974 | 1157207 = | 0 (0.000) | 269 (1.880) | 73/164 | 1.3 | 100% | intergenic (+730/‑14553) | RPPX_05120/RPPX_05130 | hypothetical protein/channel protein TolC |
? | CP009974 | = 1158025 | NA (NA) | intergenic (+1548/‑13735) | RPPX_05120/RPPX_05130 | hypothetical protein/channel protein TolC |
Only 100 of 628 total aligned reads displayed.
CCTCGACGCCCTGCTGCGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGCCGGCGGTACTGTCATCGGTACTGGTGTCGTAGGGGCCGACGGCCTGTTCAGCCTCACCGTCACCCTCGCCGATCCCGCCGGCAGCTTCACCGTCCCCCTCGCCCCGGCCGCTCAGCCAGGCGAGCAGTTGAGCCTGGTGCAGACCGACCCAAGCGGCAACGCTTCGGTGGCTACCGAGTACGACGTACCATTGACCACCGCGCC > CP009974/1157059‑1157313 | tgaggccgtaaccaatgttacagttggcgctgacggcctggccctgagcggtcgcggcgaaccgggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacgggcgtcgtgggagccaacggcaccttcctgatcgacctc > 2:253992‑M1/149‑151 (MQ=255) cgtaaccaatattacagttggcgctgacggcctggccctgagcggtcgcggcgaaccgggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacgggcgtcgtgggagccaacggcaccttcctgatcgacCTCgcccca > 2:1757023‑M1/143‑150 (MQ=255) agtaaccaatattacagttggcgctgacggtctggccctgagcggtcgcggcgaaccgggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacaggtgtggtcggtgccaacggcaccttcctgatcgacCTCgcccca < 2:4292025‑M1/9‑2 (MQ=255) agtaaccaatattacagttggcgctgacggcctggccctgagcggtcgcggcgaaccgggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgagcggcacaggtgtggtcggtgccaacggcaccttcctgatcgacCTCgcccca < 2:3272821‑M1/9‑2 (MQ=255) aaccaatattacagttggcgctgacggcctggccctgagcggtcgcggcgaaccgggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacgggcgtcgtgggagccaacggcaccttcctgatcgacCTCGCCCCAGcc > 2:802972‑M1/140‑151 (MQ=255) caatattacagttggcgctgacggcctggccctgagcggtcgcggcgaaccgggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacgggcgtcgtgggagccaacggcaccttcctgatcgacCTCGCCCCAGCCgca < 1:35069‑M1/15‑2 (MQ=255) aatattacagttggcgctgacggcctggccctgagcggtcgcggcgaaccgggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacgggcgtcgtgggagccaacggcaccttcctgatcgacCTCGCCCCAGCcgcac > 2:395851‑M1/136‑149 (MQ=255) aatattacagttggcgctgacggcctggccctgagcggtcgcggcgaaccgggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacaggtgtggtcggtgccaacggcaccttcctgatcgacCTCGCCCCAGCcgcac < 2:700283‑M1/16‑3 (MQ=255) atattacagttggcgctgacggcctggccctgagcggtcgcggcgaaccgggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacaggtgtggtcggtgccaacggcaccttcctgatcgacCTCGCCCCAGccgcaca < 2:3348366‑M1/17‑4 (MQ=255) tattacagttggcgctgacggcctggccctgagcggtcgcggcgaaccgggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacaggtgtggtcggtgccaacggcaccttcctgatcgacCTCGCCCCAgccgcacag < 2:2942327‑M1/18‑5 (MQ=255) ttaccgttggcgctgacggcctggccctgagcggtcgcggcgaaccgggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccggtggcaccgtgatcggcacgggcgtcgtgggagccaacggcaccttcctgatcgacCTCGCCCCAGCCGCACAGcc > 2:1179573‑M1/132‑151 (MQ=255) ttacagttggcgctgacggcctggccctgagcggtcgcggcgaaccgggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacaggtgtggtcggtgccaacggcaccttcctgatcgacCTCGCCCCAGCCGCACAGcc > 2:5183691‑M1/132‑151 (MQ=255) tacagttggcgctgacggcctggccctgagcggtcgcggcgaaccgggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacgggcgtcgtgggagccaacggcaccttcctgatcgacCTCGCCCCAGCCGCACAGCCa < 1:4090654‑M1/21‑1 (MQ=255) acagttggcgctgacggcctggccctgagcggtcgcggcgaaccgggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacgggcgtcgtgggagccaacggcaccttcctgatcgacCTCGCCCCAGCCGCACAGCCAg > 2:4498711‑M1/130‑151 (MQ=255) acagttggcgctgacggcctggccctgagcggtcgcggcgaaccgggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacgggcgtcgtgggagccaacggcaccttcctgatcgacCTCGCCCCAGCCGCACAGCCAg < 1:4399070‑M1/22‑1 (MQ=255) agttggcgctgacggcctggccctgagcggtcgcggcgaacccggggccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacgggcgtcgtgggagccaacggcaccttcctgatcgacCTCGCCGCAGCCGCACAACcagcc < 2:2226607‑M1/24‑3 (MQ=255) tggcgctgacggcctggccctgagcggtcgcggcgaaccgggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacgggcgtcgtgggagccaacggcaccttcctgatcgacCTCGCCCCAGCCGCACAGCCAGGCGAg > 2:1076480‑M1/125‑151 (MQ=255) ggcgctgacggcctggccctgagcggtcgcggcgaaccgggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacgggcgtcgtgggagccaacggcaccttcctgatcgacCTCGCCCCAGCCGCACAGCCAGGCGAGc > 2:4730552‑M1/124‑151 (MQ=255) tgacggcctggccctgagcggtcgcggcgaaccgggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacaggtgtggtcggtgccaacggcaccttcctgatcgacCTCGCCCCAGCCGCACAGCCGGGCGAGCAATTg > 1:812731‑M1/119‑151 (MQ=255) 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cagccctgagcggtcgcggcgagccaggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacgggtgtggtcggtgccaacggcaccttcctgatcgatCTCGCCCCGGCCGCTCAGCCAGGCGAGCAGTTGAGCCTGGt < 2:1908451‑M1/41‑1 (MQ=255) agccctgaccgagcgcggcgagacaggtgcccctgtcgaggtgcgcgatggcagtggcaccgtgatcggcacgggtgtggtcggtgccaacggcaccttcctgatcgatCTCGCCCCGGCCGCTCAGCCAGGCGAGCAGTTGAGCCTGGTg > 1:1220425‑M1/110‑151 (MQ=255) cccctcagcggtcgcggcgagcccggcgccaccgtcgaagttcgcgatgccaatggcaccgtgatcggcacgggtgttgtgggagccaatggcaccttcctgatcgatCTGGATCCGGCCGCTCAGCCAGGCGAGCAGTTGAGCCTGGTGc > 2:3705547‑M1/109‑151 (MQ=255) ccctgagcggtcgcggcgagccaggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacgggtgtggtcggtgccaacggcaccttcctgatcgatCTCGCCCCGGCCGCTCAGCCAGGCGAGCAGTTGAGCCTGGTGCa > 1:4264722‑M1/108‑151 (MQ=255) tctgagcggtcgcggcgagcccggcgccaccgtcgaagttcgcgatgccaatggcaccgtgatcggcacgggtgttgtgggagccaatggccccttcctgatagatCTGGATCCGGCCGCTCAGCCAGGCGAGCAGTTGAGCCTGGTGCAg > 2:1313304‑M1/107‑151 (MQ=255) tctgagcggtcgcggcgagcccggcgccaccgtcgaagttcgcgatgccaatggcaccgtgatcggcacgggtgttgtgggagccaatggcaccttcctgatcgatCTGGATCCGGCCGCTCAGCCAGGCGAGCAGTTGAGCCTGGTGCAg > 1:2246152‑M1/107‑151 (MQ=255) cctgagcggtcgcggcgagccaggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacgggtgtggtcggtgccaacggcaccttcctgatcgatCTCGCCCCGGCCGCTCAGCCAGGCGAGCAGTTGAGCCTGGTGCAg < 2:3551473‑M1/45‑1 (MQ=255) cctgagcggtcgcggcgaaccgggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacgggcgtcgtgggagccaacggcaccttcctgatcgacCTCGCCCCAGCCGCACAGCCAGGCGAGCAGTTGAGCCTGGTGCAg < 2:4534307‑M1/45‑1 (MQ=255) cctgagcggtcgcggcgaaccgggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacgggcgtcgtgggagccaacggcaccttcctgatcgacCTCGCCCCAGCCGCACAGCCAGGCGAGCAGTTGAGCCTGGTGCAg < 1:4298632‑M1/45‑1 (MQ=255) cctgagcggtcgcggcgaaccgggtgccactgtcgaagtgcgcgatgccagtggcaccgtgatcggcacaggtgtggtcggtgccaacggcaccttcctgatcgacCTCGCCCCAGCCGCACAGCCGGGCGAGCAATTGAGCCTGGTACAg > 2:2445116‑M1/107‑151 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |