| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | 1277582 = | 269 (1.020) | 169 (0.650) +C |
106/298 | 4.5 | 39.9% | intergenic (+51/+187) | RPPX_05635/RPPX_05640 | aldehyde dehydrogenase/mechanosensitive ion channel protein MscS |
| ? | CP009974 | 4286484 = | 243 (0.920) | intergenic (+340/+304) | RPPX_19070/RPPX_19075 | LacI family transcriptional regulator/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 539 total aligned reads displayed.
ATGGGGGGGCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGTGTGTCCACCACCAATC‑TGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTA > CP009974/1277432‑1277732 | acccgctcctacacgacggcctgtgtccaaccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTaa > 1:1307434‑M1/141‑151 (MQ=255)aTGGGGGGGCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTaa > 1:3496841/1‑151 (MQ=255) gggggggCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAAc < 2:2219294/151‑1 (MQ=255) ccgctcctacacgacggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcaaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAAc < 1:4079156‑M1/13‑1 (MQ=255) ggggCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCg < 2:5146592/151‑1 (MQ=255) ggggCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCg > 2:3299247/1‑151 (MQ=255) ggggCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCg < 1:2033092/151‑1 (MQ=255) ctcctacacgacggcccgtgtccaaccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCg > 2:2090453‑M1/136‑151 (MQ=255) tcctacacgacggcctgtgtccaaccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGc > 1:4942147‑M1/135‑151 (MQ=255) tcctacacgacggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcaaatacggtagcggcggcaacagtcaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGc < 1:2666255‑M1/17‑1 (MQ=255) gggCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGc > 2:3908292/1‑151 (MQ=255) cctacacgacggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCt < 1:2488541‑M1/18‑1 (MQ=255) ctacactacggcctgcgtccaaccccggaggtgtgtccaccaccactctgcgtaggagcgggtttacccgcaaatacggtagcggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTc > 2:3073354‑M1/133‑151 (MQ=255) gacacgacggcctgtgtccaaccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTcc > 2:4397917‑M1/132‑151 (MQ=255) acacgacggcctgtgtccaaccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCt > 1:402635‑M1/131‑151 (MQ=255) ccAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCcctcctc > 2:140705/1‑150 (MQ=255) cacgacggcctgtgtccaaccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa < 2:1322983‑M1/22‑1 (MQ=255) cAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGCTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTac > 2:2769102/1‑151 (MQ=255) cgacggcctgtgtccaaccctcgacgtgtgtccaccaccaatctggataggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTaca > 2:3232950‑M1/128‑151 (MQ=255) cgacggcctgtgtccaaccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTaca > 2:3667484‑M1/128‑151 (MQ=255) gacggcctgtgtccacccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaataggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTacac > 1:3947623‑M1/127‑151 (MQ=255) aGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTacac > 1:3362483/1‑151 (MQ=255) ggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcaaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTacacgcg < 2:507587‑M1/28‑3 (MQ=255) gCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacgac < 2:1757774/151‑1 (MQ=255) gCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacgac < 1:3264415/151‑1 (MQ=255) cAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacgacg < 1:5064135/151‑1 (MQ=255) cAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGGAAACCCGCTCCTACacgacg > 2:775833/1‑151 (MQ=255) cctgtgtccaaccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACgg > 2:2569385‑M1/122‑151 (MQ=255) tgtccaaccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCtg > 1:3851694‑M1/118‑151 (MQ=255) gtccaaccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCtgt > 1:3165402‑M1/117‑151 (MQ=255) acccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTcc > 1:3597450‑M1/113‑151 (MQ=255) ggcGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCa < 2:2049452/149‑1 (MQ=255) gCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCa > 1:2250247/1‑151 (MQ=255) cttcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggtgctggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggattttggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAAc > 2:2929798‑M1/110‑151 (MQ=255) cGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAAc < 2:268355/151‑1 (MQ=255) cGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAAc > 2:210832/1‑151 (MQ=255) gTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAAcc > 2:3549396/1‑151 (MQ=255) gAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAAccct < 1:2736846/151‑2 (MQ=255) 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ttATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATC‑TGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTCGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGa > 1:4169737/1‑151 (MQ=255) gccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATC‑TGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTg > 1:4304313‑M1/19‑151 (MQ=255) ccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAAGCCCAGAGGTGTGTCCACGACCAATC‑TGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGCTAGCGGCGGCACCAGTGAACGGCGGGGGGAAATTgg < 1:1452232‑M1/134‑1 (MQ=255) cACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGGGTGCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATC‑TGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAGTGCGGTAGAGGCTCCAACAGGGACCGGCGGGTGGaaggggg > 2:1891269/1‑146 (MQ=14) aCCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATC‑TGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACAGGGACCGGCGGGCGGAAGTTGGc > 1:1938894/1‑151 (MQ=14) 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ggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATC‑TGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGggcc < 1:459076‑M1/145‑1 (MQ=255) gtggTCGCGGGTAAACCCGCTTGTACGCGACGGCCTGTGTCCAACGCTCGACGTGGGTGGACCACCAATC‑TGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGggccggc > 2:4846154‑M1/5‑151 (MQ=255) gggtTCGCGGGTAAGCCCGCTGCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATC‑TGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGggccggc < 1:3052099/149‑1 (MQ=11) ctttCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGTCCAACCTCCGGTGTGTGTCCACAACCCATC‑TGCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGggccggcc > 1:13982/3‑151 (MQ=11) TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGTGTGTCCACCACCAATC‑TGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCt > 2:565312‑M1/1‑151 (MQ=255) tCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCCACGTGTGTCCACCACCAATC‑TGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTt > 2:4023018‑M2/1‑150 (MQ=255) CGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATC‑TGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAATACGGTAGCAGCGGCAACCGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCttt < 1:1031289‑M1/151‑1 (MQ=255) gGGGTAAAGCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATC‑TGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTcg > 2:2478967‑M1/2‑151 (MQ=255) cgGGTGAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGTCCAACCTCCGGTGTGTGTCCACAACCCATC‑TGCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGggccggcctcttcg < 1:1568556/151‑7 (MQ=11) GGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATC‑TGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTcgc > 1:654212‑M1/1‑151 (MQ=255) ggTGAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGCGTCCAACCTCCGGTGTGTGTCCACAACCCATC‑TGCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCTCTTcgcg > 1:80892/1‑151 (MQ=11) | ATGGGGGGGCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGTGTGTCCACCACCAATC‑TGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTA > CP009974/1277432‑1277732 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |