| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | = 3756977 | 242 (0.920) | 156 (0.780) +GCTCTTGCTCTTGCTCTTGCTCTTGCTTTGGATTT |
92/230 | 2.6 | 47.6% | coding (1128/1347 nt) | RPPX_16780 | phospho‑2‑dehydro‑3‑deoxyheptonate aldolase |
| ? | CP009974 | 4030905 = | 206 (0.780) | intergenic (+47/‑737) | RPPX_17905/RPPX_17915 | 23S rRNA methyltransferase/sulfurtransferase | |||||
Only 100 of 401 total aligned reads displayed.
CCGCGGATCACAATGGGTGTGATACCGGTCAGACAACGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGAGGTTCTGCCCGGTCATCTGGATAAGGATATCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCTGCTGGCCTTGATGGTGTTGCCGTGCATCGGATCGGAACTCCACAGCACCTTGCGCCCCTCGCGCTCGACAGTGCGGATCAGCCCCGGCAAGTGGTCGC > CP009974/3756827‑3757125 | cgcgGATCACAGTGGGTGTGATGCCGGTCAGACAACGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCTGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACt < 2:3827766/151‑1 (MQ=255) cgcgGATCACAATGGGTGTGATACCGGTCAGACAACGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACt > 1:2575570/1‑151 (MQ=255) gcgGATCACAATGGGTGTGATACCGGTCAGACAACGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTg < 2:632760/151‑1 (MQ=255) ggATCACAATGGGTGTGATACCGGTCAGACAACGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGcc > 2:2917182/1‑150 (MQ=255) aTCACAATGGGTGTGATACCGGTCAGACAACGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTc < 1:3398408/151‑1 (MQ=255) tCACAATGGGTGTGATACCGGTCGGACACCGCAGCCTCGGTGATCGGCCGGGCCCCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCa < 2:4343494/151‑1 (MQ=255) cacaATGGGTGTGATACCGGTCAGACAACGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCCGCCTGGTGTACTTCGAAGAACTGCTTCAc > 2:1617760/1‑151 (MQ=255) ggTGTGATACCGGTCAGACAACGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATcc < 1:3324583/151‑1 (MQ=255) ggTGTGATACCGGTCAGACAACGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATcc > 1:2252677/1‑151 (MQ=255) tgtgATACCGGTCAGACAACGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAg < 2:4082825/151‑1 (MQ=255) gtgATACCGGTCAGACAACGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGa > 2:1107808/1‑151 (MQ=255) gATCCCGGTCAGACAACGCATCCTCGGTCATCCGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAAt < 2:3029088/151‑1 (MQ=255) aCCGGTCAGACAACGCGTCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTg < 2:5180995/151‑1 (MQ=255) ggccAGAAAACTCATTCTCTGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTgcgc < 1:3268199/148‑1 (MQ=255) ggTCAGACAACGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTgcgc > 1:4586713/1‑151 (MQ=255) tCAGACAACGCATCCTCGGTGTTCTGCCGGGCACCGCCGCTGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGAGACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGCACTGCTTCACCTCATCCAGAGTCTGCTCaa > 2:3244077/1‑151 (MQ=255) cAGACAACGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCaaa > 2:3964231/1‑151 (MQ=255) aGACAACGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCaaaa > 1:3031217/1‑151 (MQ=255) gACAACGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTCCTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGaaacaa > 2:782352/1‑148 (MQ=255) aCAACGCATCCTAGGTGATCGGCTGGGCACCGACGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCAATATAGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATc < 1:994939/151‑1 (MQ=255) aCGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATcgcg > 1:5193623/1‑151 (MQ=255) cGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCgg < 2:2048594/151‑1 (MQ=255) aTCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTc > 1:1436185/1‑151 (MQ=255) aattcggTGATCGGCC‑GGCACCGCCGATGCATTCGGTGAGGTTCTGCCCGGTCATCTGGATAAGGATATCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACCTGGAAGAACgctcttgctcttgctcttgctcttgctttggattttgcttt > 2:2419267‑M1/4‑110 (MQ=255) ccTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGACGTTCTGCCCAGTCATCTCGATATGGATACCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCtt > 2:4704121/1‑151 (MQ=255) ttcGGTGATCGGCC‑GGCACCGCCGATGCATTCGGTGAGGTTCTGCCCGGTCATCTGGATAAGGATATCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACCTGGAAGAACgctcttgctcttgctcttgctcttgctttggattttgcttttg < 1:2837335‑M1/150‑44 (MQ=255) cGGTGATCGGCC‑GGCACCGCCGATGCATTCGGTGAGGTTCTGCCCGGTCATCTGGATAAGGATATCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACCTGGAAGAACgctcttgctcttgctcttgctcttgctttggattttgcttttgct > 2:3434337‑M1/1‑106 (MQ=255) ggTGATCGGCC‑GGCACCGCCGATGCATTCGGTGAGGTTCTGCCCGGTCATCTGGATAAGGATATCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACCTGGAAGAACgctcttgctcttgctcttgctcttgctttggattttgcttttgctt > 1:3610635‑M1/1‑105 (MQ=255) tGATCGGCC‑GGCACCGCCGATGCATTCGGTGAGGTTCTGCCCGGTCATCTGGATAAGGATATCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACCTGGCAGAACgctcttgctcttcctcttgctcttgctctggattttgctcttgcttct > 2:3898432‑M1/1‑103 (MQ=255) gATCGGCC‑GGCACCGCCGATGCATTCGGTGAGGTTCTGCCCGGTCATCTGGATAAGGATATCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACCTGGAAGAACgctcttgctcttgctcttgctcttgctttggattttgcttttgcttcta < 2:1166402‑M1/151‑50 (MQ=255) aTCGGCC‑GGCACCGCCGATGCATTCGGTGAGGTTCTGCCCGGTCATCTGGATAAGGATATCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACCTGGAAGAACgctcttgctcttgctcttgctcttgctttggattttgcttttgcttctaa < 2:877107‑M1/151‑51 (MQ=255) tCGGCC‑GGCACCGCCGATGCATTCGGTGAGGTTCTGCCCGGTCATCTGGATAAGGATATCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACCTGGAAGAACgctcttgctcttgctcttgctcttgctttggattttgcttttgcttctaag < 1:1919380‑M1/151‑52 (MQ=255) cggcACCGCCGATGCATTCGGTGAGGTTCTGCCCGGTCATCTGGATAAGGATATCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACCTGGAAGAACgctcttgctcttgctcttgctcttgctttggattttgcttttgcttctaagcgcgc < 2:348870‑M1/150‑57 (MQ=255) 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ccGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACCTGGAAGAACgctcttgctcttgctcttgctcttgctttggattttgcttttgcttctaagcgcgcggtagttcaggcgatgcagattgcgacttcaggaggccgagcgcagggcttgcgga > 1:3976285‑M1/1‑39 (MQ=255) cGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCTGCTGGCCTTGATGGTGTTGCCGTGCATCGGATCGGAACTCCACAGCACCTTGCGCCCCTcgcg < 2:3775926/151‑1 (MQ=255) ggCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCTGCTGGCCTTGATGGTGTTGCCGTGCATCGGATCGGAACTCCACAGCACCTTGCGCCCCTCgcgc > 2:447245/1‑151 (MQ=255) ggCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCTGCTGGCCTTGATGGTGTTGCCGTGCATCGGATCGGAACTCCACAGCACCTTGCGCCCCTCgcgc > 1:825556/1‑151 (MQ=255) ggCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCTGCTGGCCTTGATGGTGTTGCCGTGCATCGGATCGGAACTCCACAGCACCTTGCGCCCCTCGCGCTCGAc < 2:1511879/151‑1 (MQ=255) ggCTGCCCTCGGCCTGGTGTACCTGGAAGAACgctcttgctcttgctcttgctcttgctttggattttgcttttgcttctaagcgcgcggtagttcaggcgatgcagattgcgacttcaggaggccgagcgcagggcttgcggagggaggt < 1:2749589‑M1/151‑120 (MQ=255) gCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCTGCTGGCCTTGATGGTGTTGCCGTGCATCGGATCGGAACTCCACAGCACCTTGCGCCCCTCGCGCTCGACa < 2:2292910/151‑1 (MQ=255) gCTGCCCTCGGCCTGGTGTACCTGGAAGAACgctcttgctcttgctcttgctcttgctttggattttgcttttgcttctaagcgcgcggtagttcaggcgatgcagattgcgacttcaggaggccgagcgcagggcttgcggagggaggtg < 2:168641‑M1/151‑121 (MQ=255) cTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCTGCTGGCCTTGATGGTGTTGCCGTGCATCGGATCGGAACTCCACAGCACCTTGCGCCCCTCGCGCTCGACAg < 2:2532669/151‑1 (MQ=255) cTGCCCTCGGCCTGGTGTACCTGGAAGAACgctcttgctcttgctcttgctcttgctttggattttgcttttgcttctaagcgcgcggtagttcaggcgatgcagattgcgacttcaggaggccgagcgcagggcgcgcggaggtaggtga > 1:4523735‑M1/1‑30 (MQ=255) tGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCTGCTGGCCTTGATGGTGTTGCCGTGCATCGGATCGGAACTCCACAGCACCTTGCGCCCCTCGCGCTCGACAGt > 1:3723755/1‑151 (MQ=255) cccTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCTGCTGGCCTTGATGGTGTTGCCGTGCATCGGATCGGAACTCCACAGCACCTTGCGCCCCTCGCGCTCGACAGTGc < 2:200486/151‑1 (MQ=255) cTCGGCCTGGTGTACCTGGAAGAACgctcttgctcttgctcttgctcttgctttggattttgcttttgcttctaagcgcgcggtagttcaggcgatgcagattgcgacttcaggaggccgagcgcagggcttgcggagggaggtgacgggc > 2:2106319‑M1/1‑25 (MQ=255) gCCTGGTGTACCTGGAAGAACgctcttgctcttgctcttgctcttgctttggattttgcttttgcttctaagcgcgcggtagttcaggcgatgcagattgcgacttcaggaggccgagcgcagggcttgcggagggaggtgacgggcatgg > 1:4378511‑M1/1‑21 (MQ=255) ccTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCTGCTGGCCTTGATGGTGTTGCCGTGCATCGGATCGGAACTCCACAGCACCTTGCGCCCCTCGCGCTCGACAGTGCGGATCAg < 2:2224254/151‑1 (MQ=255) ccTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCTGCTGGCCTTGATGGTGTTGCCGTGCATCGGATCGGAACTCCACAGCACCTTGCGCCCCTCGCGCTCGACAGTGCGGATCAg > 1:1861685/1‑151 (MQ=255) tGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCTGCTGGCCTTGATGGTGTTGCCGTGCATCGGATCGGAACTCCACAGCACCTTGCGCCCCTCGCGCTCGACAGTTCGGGTCATcc > 1:483871/1‑151 (MQ=255) gtgtACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCTGCTGGCCTTGATGGTGTTGCCGTGCATCGGATCGGAACTCCACAGCACCTTGCGCCCCTCGCGCTCGACAGTGCGGATCAGcccc > 1:3150587/1‑151 (MQ=255) gtgtACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCTGCTGGCCTTGATGGTGTTGCCGTGCATCGGATCGGAACTCCACAGCACCTTGCGCCCCTCGCGCTCGACAGTGCGGATCAGcccc < 1:5032835/151‑1 (MQ=255) gtACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCTGCTGGCCTTGATGGTGTTGCCGTGCATCGGATCGGAACTCCACAGCACCTTGCGCCCCTCGCGCTCGACAGTGCGGATCAGCCCCgg < 2:1832471/151‑1 (MQ=255) gtACCTGGAAGAACgctcttgctcttgctcttgctcttgctttggattttgcttttgcttctaagcgcgcggtagttcaggcgatgcagattgcgacttcaggaggccgagcgcagggcttgcggagggaggtgacgggcatggatgcccg > 2:1927920‑M1/1‑14 (MQ=255) tACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCTGCTGGCCTTGATGGTGTTGCCGTGCATCGGATCGGAACTCCACAGCACCTTGCGCCCCTCGCGCTCGACAGTGCGGATCAGCCCCGGc > 1:2353938/1‑151 (MQ=255) tACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCTGCTGGCCTTGATGGTGTTGCCGTGCATCGGATCGGAACTCCACAGCACCTTGCGCCCCTCGCGCTCGACAGTGCGGATCAGCCCCGGc > 1:5153058/1‑151 (MQ=255) acctggaAGAACgctcttgctcttgctcttgctcttgctttggattttgcttttgcttctaagcgcgcggtagttcaggcgatgcagattgcgacttcaggaggccgagcgcagggcttgcggagggaggtgacgggcatggatgcccgtc < 1:1008347‑M1/148‑140 (MQ=255) aCTTGGAAGAACAGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCGGCTCGCCTTGATGGTGTTCCCTTGCATCGTATCTGAACTCCACAGCACCTCGCGCCCCTCGCGCCCGACACTGCGTATCAGCCCCGGCa > 2:1282943/1‑151 (MQ=255) aaCTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCTGCTGGCCTTGATGGTGTTGCCGTGCATCGGATCGGAACTCCACAGCACCTTGCGCCCCTCGCGCTCGACAGTGCGGATCAGCCCCGGCAAGTGGTCGc > 1:2510883/1‑151 (MQ=255) aaCTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCTGCTGGCCTTGATGGTGTTGCCGTGCATCGGATCGGAACTCCACAGCACCTTGCGCCCCTCGCGCTCGACAGTGCGGATCAGCCCCGGCAAGTGGTCGc < 1:131172/151‑1 (MQ=255) | CCGCGGATCACAATGGGTGTGATACCGGTCAGACAACGCATCCTCGGTGATCGGCCGGGCACCGCCGATGCATTCGGTGAGGTTCTGCCCGGTCATCTGGATAAGGATATCGCCGGCATGGCTGCCCTCGGCCTGGTGTACTTGGAAGAACTGCTTCACCTCATCCAGAATCTGCGCAAAATCGCGGGTCTTGTAACCGCTGCTGGCCTTGATGGTGTTGCCGTGCATCGGATCGGAACTCCACAGCACCTTGCGCCCCTCGCGCTCGACAGTGCGGATCAGCCCCGGCAAGTGGTCGC > CP009974/3756827‑3757125 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |