| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP009974 | = 3844204 | 236 (0.900) | 110 (0.720) +ATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAA |
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| ? | CP009974 | 3844237 = | 243 (0.920) | intergenic (+34/‑9) | RPPX_17125/RPPX_17130 | tRNA‑Ala/tRNA‑Glu | |||||
Only 100 of 402 total aligned reads displayed.
CGCCCCGTCCACAGCGATGAACGAAAACGAAGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACGTTTACC‑CGCGTTTTGCGGGACTTTAAAGGC > CP009974/3844054‑3844353 | cgcCCCGTCCACAGCGATGAACGAAAACGAAGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGGCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCaa > 1:4481414/1‑151 (MQ=255) ccACAGCGATGAACGAAAACGAAGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcc > 1:4679088‑M1/1‑143 (MQ=255) caGCGATGAACGAAAACGAAGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttag < 2:2198450‑M1/151‑12 (MQ=255) gCGATGAACGAAAACGAAGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagca < 1:1288946‑M1/151‑14 (MQ=255) gAACGAAAACGAAGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaa > 1:1080446‑M1/1‑133 (MQ=255) aacgaaaacgaaGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaag < 2:1594368‑M1/151‑20 (MQ=255) acgaaaacgaaGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaagg < 2:3985220‑M1/151‑21 (MQ=255) gaaaacgaaGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGCGGTCAGCGGTACGATCCCGCTTGGCTCCCCCAAattccgcatagccgccaaggct > 2:5137475‑M1/1‑129 (MQ=255) gaaaacgaaGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggct > 1:3828596‑M1/1‑129 (MQ=255) ggaaGCGGCGGGGGCCGAGCGAGGGATGGAGGTCAGAGCGACAGTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATc < 2:4385939/150‑1 (MQ=21) cgaaGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataa < 1:1421203‑M1/151‑28 (MQ=255) gaaGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccacttagcagccaatgctgataag > 1:5099308‑M1/1‑123 (MQ=255) aGCGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagca < 2:1141779‑M1/151‑31 (MQ=255) ggCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgg < 1:3687563‑M1/151‑38 (MQ=255) cccAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAATTTGCCGCGGTTCCCGTGACCGGATCGGCACGAAGGttcc > 1:4575282/1‑149 (MQ=37) agcGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaatgctgataagcaagatcgggtccagcacac > 1:2297583‑M1/1‑103 (MQ=255) aTTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggt < 2:2267648‑M1/151‑53 (MQ=255) cAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtctt > 1:4942285‑M1/1‑96 (MQ=255) ttCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaa < 2:2366631‑M1/151‑59 (MQ=255) aaGCTACAGTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggta < 1:3329082‑M1/151‑63 (MQ=255) tttgtttcGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGa > 2:3716739/8‑151 (MQ=21) tACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgctcagcagccaaggctgatacgcaagatcgggtccagcaacccggtcttgaaggtaagaa > 1:235515‑M1/1‑85 (MQ=255) gtttcGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGacac > 1:310520/5‑151 (MQ=21) aTTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggt < 1:2061383‑M1/151‑70 (MQ=255) atccGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACAcc < 2:599419/148‑1 (MQ=255) gtggggctATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggtt < 2:3025010‑M1/147‑71 (MQ=255) tggggcTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggttcgt < 2:2064822‑M1/150‑74 (MQ=255) tggggCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGcc > 1:3024789/2‑151 (MQ=255) gggggcTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggttcgt < 2:4513235‑M1/150‑74 (MQ=255) ggggCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggttcgtc < 2:1523582‑M1/151‑75 (MQ=255) ggggCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTcg < 1:147034/92‑1 (MQ=255) ggggCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGccc > 1:1769177/1‑151 (MQ=255) gggCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTc < 1:410786/90‑1 (MQ=255) ggCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCtt > 1:2194019/1‑151 (MQ=21) cTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTc > 1:4750259/1‑151 (MQ=25) cTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggttcgtcccct < 2:4942285‑M1/151‑79 (MQ=255) tataGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCCTTCa > 2:4279831/1‑151 (MQ=25) tataGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggttcgtcccctt < 2:1030057‑M1/151‑80 (MQ=255) tataGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggttcgtcccctt < 1:5202350‑M1/151‑80 (MQ=255) ataGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCAc < 1:1202787/151‑1 (MQ=255) gCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCAcggc > 2:3924629/1‑151 (MQ=25) tCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCAcggcgg > 2:3594211/1‑151 (MQ=25) tCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCAcggcgg < 2:3501501/151‑1 (MQ=255) cTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAAc < 2:1221484/151‑1 (MQ=25) 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(MQ=25) cGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACGTTTAc > 2:519123/1‑151 (MQ=17) ggTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACGTTTAcc > 2:1366888/1‑151 (MQ=255) gTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGac > 1:190602/1‑92 (MQ=21) gTTCGATCCCGCTTAGATCCCGGAAGTGCGCCGCGGTGCGCGAGAGCGTATAGGCCGGAGGGTTACGTACCCTTCGTATAGAGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACttttcctg > 2:4341972/1‑147 (MQ=9) ttCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggttcgtccccttcgtctagtggcctaggacaccgccctttcacggcggtaacaggggttc < 2:833171‑M1/151‑128 (MQ=255) gATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACGTTTACC‑CGCGt > 1:3458723/1‑151 (MQ=17) gATCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggttcgtccccttcgtctagtggcctaggacaccgccctttcacggcggtaacaggggttcgag > 1:1058137‑M1/1‑21 (MQ=255) aTCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACGTTTACC‑CGCGtt > 1:1135620/1‑151 (MQ=255) tCCCGCTTAGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggttcgtccccttcgtctagtggcctaggacaccgccctttcacggcggtaacaggggttcgagtc > 2:2459967‑M1/1‑19 (MQ=255) ccGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCAC‑TTTTCC‑TGCGTTTTGc < 1:3613338/151‑1 (MQ=255) gCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGAAACAGGGGTTCGGTACCCCTAGGGGACGCCACGTTT‑CC‑TCCGTTTTGcag > 2:2878014/1‑149 (MQ=25) 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1:2636618/1‑85 (MQ=255) aGCTCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggttggtccccttcgtctagtggcctaggacaccgccctttcacggcggtaacaggggttcgagtcccctaggg > 2:3123786‑M1/1‑11 (MQ=255) gCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACGTTTACC‑CGCGTTTTGCGGGACt > 1:238565/1‑151 (MQ=18) tCCACCAAattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggttcgtccccttcgtctagtggcctaggacaccgccctttcacggcggtaacaggggttcgagtcgcctaggggac > 2:469274‑M1/1‑8 (MQ=255) accaATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACGTTTACC‑CGCGTTTTGCGGGACTTTaaa > 2:1435440/1‑151 (MQ=255) aaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaagaaggttcgtccccttcgtctagtggcctaggacaccgccctttcacggcggtaacaggggttcgagtcccctaggggacgccagt < 2:1451822‑M1/151‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |