| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | = 3844204 | 236 (0.900) | 110 (0.720) +ATTCCGCTTAGCAGCCAAGGCTGATAAGCAAGATCGGGTCCAGCAAACCGGTCTTGAAGGTAA |
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| ? | CP009974 | 3844237 = | 243 (0.920) | intergenic (+34/‑9) | RPPX_17125/RPPX_17130 | tRNA‑Ala/tRNA‑Glu | |||||
Only 100 of 377 total aligned reads displayed.
GCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACGTTTACCCGCGTTTTGCGGGACTTT‑AAAGGCTCATTCGCTTATTGAATGGGCCTTTTGTTTTTTC > CP009974/3844087‑3844387 | gctacattgtggggctatagctcagctgggagagcgcctgcatggcatgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaag < 1:2584789‑M2/1‑1 (MQ=255) cattgtggggctatagctcagctgggagagcgcctgcatggcatgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAgg < 1:500973‑M2/5‑1 (MQ=255) attgtggggctataggtcagctgggagagcgcctgcatggcatgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagctcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGt < 1:2061480‑M2/6‑1 (MQ=255) ttgtggggctatagctcagctgggagagcgcctgcatggcatgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGtt < 2:4382256‑M2/7‑1 (MQ=255) gtggggctatagctcagctgggagagcgcctgcatggcatgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGtt < 2:3025010‑M2/7‑1 (MQ=255) ctatagctcagctgggagagcgcctgcatggcatgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCt < 1:1058253‑M2/15‑1 (MQ=255) ctatagctcagctgggagagcgcctgcatggcatgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCt < 2:4942285‑M2/15‑1 (MQ=255) cagcGATTCAGTTCAAAGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTcccc < 2:515152/151‑1 (MQ=255) atagctcagctgggagagcgcctgcatggcatgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTc < 2:869734‑M2/17‑1 (MQ=255) cagctgggagagcgcctgcatggcatgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAg < 1:5211655‑M2/23‑1 (MQ=255) aaaGCTACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGcc > 1:2232013/1‑151 (MQ=255) gagcgcctgcatggcatgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAgg < 2:2618773‑M2/32‑1 (MQ=255) tttgtttcGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGa > 2:3716739/8‑151 (MQ=21) tttgtttcGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGCGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTCGGa > 1:4180006/8‑151 (MQ=18) gcctgcatggcatgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGacac < 2:477296‑M2/36‑1 (MQ=255) gtttcGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGacac < 1:2022663/147‑1 (MQ=18) gtttcGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGacac > 1:310520/5‑151 (MQ=21) tggggCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGcc > 1:3024789/2‑151 (MQ=255) 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ggcatgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCttt < 1:326237‑M2/44‑1 (MQ=255) ggCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGGATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCCAATTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGAGCGGCACGAAGGTTTCGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCtt < 2:1335638/151‑1 (MQ=255) cTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTc > 2:4180910/1‑151 (MQ=255) cTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGCCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCACGCTTAGCACCACCATTTCTGCCAGGGCTCACGCGAGTGGATCGTAGCGAAGGTTACGTGCCCTTCGTCGAGTGGCAGAGGACACCGCGCTGTc > 2:5016887/1‑151 (MQ=16) tataGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCCTTCa > 2:4279831/1‑151 (MQ=25) tgcaggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCAcg > 2:1000591‑M2/104‑151 (MQ=255) ataGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCAc < 1:1202787/151‑1 (MQ=255) taGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCAcg < 1:469274/151‑1 (MQ=255) caggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccgaggctgataagcaacatcgggtccggctaccctgtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCTTTCGTCTAGTTGCCTGGGACGCCGCCCTTTcacgac > 2:2328490‑M2/102‑149 (MQ=255) aGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCAcgg > 1:457403/1‑151 (MQ=25) aggaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCAaggcg < 2:4316718‑M2/51‑1 (MQ=255) gaggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGt < 2:2694400‑M2/53‑1 (MQ=255) ggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCAcggc > 2:14935‑M2/97‑146 (MQ=255) ggtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCAcggc < 1:14935‑M2/50‑1 (MQ=255) gtcagcggttcgatcccgcttagctccaccaaattccgcttagcagccaaggctgataagcaagatcgggtccagcaaaccggtcttgaaggtaaGAAGGTT‑CGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAAc > 1:566582‑M2/96‑151 (MQ=255) tGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACa > 1:3403688/1‑151 (MQ=25) gggAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAg < 2:1822719/151‑1 (MQ=255) gagCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGt < 2:2377485/151‑1 (MQ=255) gagCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGt < 2:804370/151‑1 (MQ=255) agCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCATTTCTGCCAGGGTTCACGCAAGTGGATCTTCGCGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGtt > 1:856838/1‑151 (MQ=21) 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gcGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCTCCTAGGGGACGCCACGTTTACCCGCGTTTTGCGGGACTTT‑AAAGGCTCATTCGCTAATGGAATGGGCCTTTTGttttt > 2:1724794/2‑151 (MQ=255) | GCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCTACATTGCGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAATTTTGCCGCGGTTCGCGTTAGCGGATCGGCACGAAGGTTACGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACAGGGGTTCGAGTCCCCTAGGGGACGCCACGTTTACCCGCGTTTTGCGGGACTTT‑AAAGGCTCATTCGCTTATTGAATGGGCCTTTTGTTTTTTC > CP009974/3844087‑3844387 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |