| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | = 5273058 | 0 (0.000) | 240 (0.960) | 144/286 | 0.6 | 100% | intergenic (‑275/+106) | RPPX_23445/RPPX_23450 | transporter/ATPase AAA |
| ? | CP009974 | 5275662 = | 0 (0.000) | coding (38/1266 nt) | RPPX_23460 | GntR family transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
AACGGGACGGAACGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGTGCGGATTCCACGCCATTCGGACACTCAGCCCACGCTGATCCGGACACCTGTTCCACGCTCATTCGGACAGGCAGTCGGAGCGCAGCGACGCAGGGGTGGCATTGTTAGTCCGGGTTGGCTGGCGTCGTCAATTTCTGCGTCCGTTTG > CP009974/5272909‑5273206 | aCGGGACGGAACGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaa < 2:4397736‑M1/151‑3 (MQ=255) gggACGGAACGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaag > 1:2219141‑M1/1‑147 (MQ=255) aCGGAACGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTCGAGGCCTATGaaaggtt > 2:2412497‑M1/1‑144 (MQ=255) ggAACGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGTGGCCTATGaaaggttga > 1:1127326‑M1/1‑142 (MQ=255) ggAACGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGCGGCCTATGaaaggttga > 2:4868169‑M1/1‑142 (MQ=255) ggAACGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttga > 2:1532655‑M1/1‑142 (MQ=255) gAACGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgat > 1:2039454‑M1/1‑141 (MQ=255) aaCGCGTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatg > 1:2564428‑M1/1‑140 (MQ=255) cgcgTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggc > 2:157596‑M1/1‑138 (MQ=255) gTATTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgg > 2:3237652‑M1/1‑135 (MQ=255) aTTCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagg > 1:2477758‑M1/1‑133 (MQ=255) tCGAACTGTCATGGGTTAAATCCAGTCGCCGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAAGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggt < 2:2248516‑M1/151‑21 (MQ=255) tCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAGCCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggt < 2:427239‑M1/151‑21 (MQ=255) tCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGCATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCCGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggt < 2:3015203‑M1/151‑21 (MQ=255) tCGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGTAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggt < 2:4909505‑M1/151‑21 (MQ=255) cGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATGGCCGCTCGGACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCGCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtg < 2:4595346‑M1/151‑22 (MQ=255) cGAACTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtg > 1:4939924‑M1/1‑130 (MQ=255) aCTGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtac > 1:2050504‑M1/1‑127 (MQ=255) tGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactc < 2:2039454‑M1/151‑27 (MQ=255) tGTCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactc < 2:1449723‑M1/151‑27 (MQ=255) tCATGGGTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaa > 1:829503‑M1/1‑123 (MQ=255) ggTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctc > 1:729083‑M1/1‑118 (MQ=255) gTGAAATCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcg > 1:504683‑M1/1‑117 (MQ=255) aaaTCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcc < 1:4335732‑M1/151‑38 (MQ=255) aTCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctg > 1:1443517‑M1/1‑112 (MQ=255) aTCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctg < 1:1061519‑M1/151‑40 (MQ=255) aTCCAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctg > 1:1625848‑M1/1‑112 (MQ=255) ccAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggc > 1:5117333‑M1/1‑110 (MQ=255) cAGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggct < 2:4181109‑M1/151‑43 (MQ=255) aGTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctc > 2:1877887‑M1/1‑108 (MQ=255) gTCGCGGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctcc < 2:1339064‑M1/151‑45 (MQ=255) cgcgGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccgg < 1:3395645‑M1/151‑47 (MQ=255) cgGATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggct > 2:848752‑M1/1‑103 (MQ=255) ggATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggctt > 2:80760‑M1/1‑102 (MQ=255) gATAGCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttt > 1:3118778‑M1/1‑101 (MQ=255) gCCTCTCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacg < 1:4904381‑M1/151‑55 (MQ=255) ctctCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgta > 1:2792383‑M1/1‑95 (MQ=255) ctctCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgta > 2:3895853‑M1/1‑95 (MQ=255) ctctCGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgta > 1:362049‑M1/1‑95 (MQ=255) tctcGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtag > 1:1952495‑M1/1‑94 (MQ=255) cGAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccg < 1:3358826‑M1/151‑61 (MQ=255) gAACCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgg > 2:4833567‑M1/1‑90 (MQ=255) aCCTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggc < 1:1360832‑M1/151‑64 (MQ=255) cTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggcca < 1:2311322‑M1/151‑66 (MQ=255) cTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggcca < 1:2156636‑M1/151‑66 (MQ=255) cTACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggcca < 1:196038‑M1/151‑66 (MQ=255) tACACACCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccag > 2:578499‑M1/1‑85 (MQ=255) acCAGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcg < 1:5199354‑M1/151‑72 (MQ=255) aGGCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttgtacgtagccgggcccgtggcgccc > 2:347905‑M1/1‑77 (MQ=255) ggCGCAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcgccct > 1:3660286‑M1/1‑76 (MQ=255) cgcAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcgcccttg < 1:875811‑M1/151‑78 (MQ=255) gcAAGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcgcccttgg < 1:626158‑M1/151‑79 (MQ=255) aaGAATTCCCTCGGTGCGTGCGATGGCTCAGACCATGCAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttatgtagccgggccagtggcgcccttggta > 1:422513‑M1/1‑71 (MQ=255) 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cAGGTGTCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcgcccttggtactcaccgaactcggcccaaggcttgatcgtgaagtgg < 2:1840467‑M1/151‑118 (MQ=255) gtggCGGTTTCTACGTTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtgctcagctctcgtcgtggcgccggcttgcgcgtagccgggccagtggcgccctgggtacccaccgaactcggcccaaggcttgatcgtgaagtggacc < 2:5096459‑M1/151‑121 (MQ=255) gtCGGTTTCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcgcccttggtactcaccgaactcggcccaaggcttgatcgtgaagtggacccg < 1:3488843‑M1/151‑123 (MQ=255) tttCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcgcccttggtactcaccgaactcggcccaaggcttgatcgtgaagtggacccgttgtg > 1:2907694‑M1/1‑24 (MQ=255) tttCTACGGTGCTTGAGGCCTATGaaaggttgatggctgagggtgtactcaactctcgtcctggctccggcttttacgtagccgggccagtggcgcccttggtactcaccgaactcggcccaaggcttgatcgtgaagtggacccgttgtg > 2:10905‑M1/1‑24 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |