| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | CP009974 | = 1158025 | NA (NA) | intergenic (+1548/‑13735) | RPPX_05120/RPPX_05130 | hypothetical protein/channel protein TolC | |||||
Only 100 of 802 total aligned reads displayed.
GGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCGTTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009974/1157313‑1157207‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaagcgttgccgcttgggtcggtctgcaccaggctcaactgctcgcctggctgagcggccggggcgagATCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCGACCACACCCGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCCGGCTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGCCGTCAGCGCCAACTGTAATATTGGTTACTGCCTCA < CP009974/1158025‑1157878 GCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCATTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAAGGTGCCGTCGGCACCGACCACACCCGTGCCGAT > 2:2308499/1‑151 CGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCGTTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGATCCAGATCGATCAGGAAGGTGCCATTGGCTCCCACAACACCCGTGCCGATC < 1:313467/151‑1 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CAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCGACCACACCCGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCTGGCTCGCCGCGACCGCTCAGGGCtgtg > 2:1284819/1‑147 AGGCTCAATTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCGACCACACCTGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCCGGTTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGC < 2:2983528/151‑1 AGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAGATCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCGACCACACCCGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCTGGCTCGCCGCGACCGCTGAGGGCtacgc > 2:4667243/1‑146 GGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCTCCCACGACGCCCGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCCGGTTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGCC < 2:5460903/151‑1 GCTCAATTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCGACCACACCTGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCCGGTTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGCCG < 1:407819/151‑1 TCAATTGCTCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCGACCACACCTGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCCGGTTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGCCGTC < 2:4166070/151‑1 TGCTCGCCTGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCTCCCACGACGCCCGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCCGGTTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGCCGTCAGCGC > 2:4427899/1‑151 CTCGCCTGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCTCCCACGACGCCCGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCCGGTTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCATGCCGTCAGCGCCA > 2:5990045/1‑151 TCGCCCGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCGACCACACCTGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCCGGTTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGCCGTCAGCGCCAA > 2:1971460/1‑151 gcccGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCGACCACACCTGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCCGGTTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGCCGTCAGCGCCAACT < 1:1282390/147‑1 cccGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCGACCACACCTGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCCGGTTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGCCGTCAGCGCCAACTG < 1:223946/148‑1 CCTGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCTCCCACGACGCCCGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCCGGTTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGCCGTCAGCGCCCACTG > 1:6261132/1‑151 CCTGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCTCCCACGACGCCCGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCCGGTTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGCCGTCAGCGCCAACTG > 1:3643821/1‑151 CCTGGCTGTGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCTCCCACGACGCCCGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCCGGTTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGCCGTCAGCGCCAACTG < 2:5057700/151‑1 ggcggggGGGGCGAGGTGGATCAGGACGGTGCCGTTGGCGCCCACGACGCCCGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCCGGTTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGCCGTCAGCGCCAACTGTAATATTG < 2:4081666/144‑1 GCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCTCCCACGACGCCCGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCCGGTTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGCCGTCAGCGCCAACTGTAATATTGG > 1:2571828/1‑151 CGGCGGGGGCGCGGTCGATGAGGAAGGTGCCGTTGGCTCCCACGACGCCCGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCCGGTTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGCCGTCAGCGCCAACTGTAATATTGGT < 2:3566642/151‑1 gctGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCTCCCACGGCGCCCGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCCGGTTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGCCGTCAGCGCCAACTGTAATATTGGTTA < 1:5458751/148‑1 tGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCGACCACACCTGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCCGGTTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGCCGTCAGCGCCAACTGTAATATTGGTTACT > 2:5735192/2‑151 GGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCTCCCACGACGCCCGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCCGGTTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGCCGTCAGCGCCAACTGTAATATTGGTTACgg > 2:4290850/1‑149 CGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCGACCACACCTGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCCGGTTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGCCGTCAGCGCCAACTGTAATATTGGTTACTGCCTC < 2:1414590/151‑1 GGCGCGGTGGTCAATGGTACGTCGTACTCGGTAGCCACCGAAGCGTTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGCTCAACTGCTCGCCTGGCTGAGCGGCCGGGGCGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009974/1157313‑1157207‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaagcgttgccgcttgggtcggtctgcaccaggctcaactgctcgcctggctgagcggccggggcgagATCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCACCGACCACACCCGTGCCGATCACGGTGCCACTGGCATCGCGCACTTCGACAGTGGCACCCGGCTCGCCGCGACCGCTCAGGGCCAGGCCGTCAGCGCCAACTGTAATATTGGTTACTGCCTCA < CP009974/1158025‑1157878 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |