| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | 884033 = | 127 (0.390) | 237 (0.970) +CCCAACCACCGATTTGTGCGCAACCGCCGATTTGTGTC |
138/224 | 0.3 | 70.3% | intergenic (+81/+252) | RPPX_03845/RPPX_03850 | FAD‑binding protein/general secretion pathway protein GspN |
| ? | CP009974 | = 884084 | 142 (0.430) | intergenic (+132/+201) | RPPX_03845/RPPX_03850 | FAD‑binding protein/general secretion pathway protein GspN | |||||
Only 100 of 659 total aligned reads displayed.
AGGGGTGCCGGAAGACGCGCTAAAGGCTGCAGCCTACTGGCGGGCCAACGGGACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCAAGCAACGCGCCGCCTGCTTCGC > CP009974/883883‑884183 | tattcgcgggcaagcccgctcctacactgatcggggatggacacaactcggcggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggca < 1:2024211‑M1/2‑1 (MQ=255) attcgcgggcaagcccgctaatacactgatcggggatggacacaactcggcggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggcac > 1:517048‑M1/149‑151 (MQ=255) gcgggcaagcccgctcctacactgatcggggatggacacaactcggcggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggcacaaat < 1:4178396‑M1/7‑1 (MQ=255) aaGACGCGCTAAAGGCTGCAGCCTACTGGCGGGCCAACGGGACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCggtg > 2:4701285/1‑151 (MQ=255) gagcccgctcctacactgatcggggatggacacagctcggcggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggcacaaatcggtgg > 2:2762438‑M1/139‑151 (MQ=255) aGACGCGCTAAAGGCTGCAGCCTACTGGCGGGCCAACGGGACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCggtgg > 1:5995211/1‑151 (MQ=255) agcccgctcctacactgatcggggatggacacaactcggcggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggcacaaatcggtggt > 2:1617754‑M1/138‑151 (MQ=255) gcccgctcctacactgttcggggatggacacaactcggcggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggcacaaatcggtggtt > 2:1203570‑M1/137‑151 (MQ=255) cccgctcctacactgatcggggatggacacaactcggcggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggcacaaatcggtggttg < 1:1476927‑M1/16‑1 (MQ=255) cgcTAAAGGCTGCAGCCTACTGGCGGGCCAACGGGACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGa > 1:1309021/1‑151 (MQ=255) gctcctacactgatcggggatggacacaactcggcggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGac < 1:4778130‑M1/19‑1 (MQ=255) ggCTGCAGCCTACTGGCGGGCCAACGGGACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAAt < 1:1785785/151‑1 (MQ=255) cAGCCTACTGGCGGGCCAACGGGACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATcggcg > 2:6477681/1‑151 (MQ=255) 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cTGGCGGGCCAACGGGACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGc < 1:553024/151‑1 (MQ=255) cTGGCGGGCCAACGGGACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGc > 1:769268/1‑151 (MQ=255) cTGGCGGGCCAACGGGACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGc > 1:1175206/1‑151 (MQ=255) ggacacaactcggcggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGcaca < 2:4727692‑M1/40‑1 (MQ=255) gcacagcgcggcggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACaaa > 2:5391991‑M1/110‑151 (MQ=255) cacaactcggcggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAAt < 1:2653963‑M1/43‑1 (MQ=255) acaactcggcggttggacacaaatcggtggttggaaacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATc > 2:3217006‑M1/108‑151 (MQ=255) aaCGGGACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACACATCggt > 2:5752240/1‑151 (MQ=255) gACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTg > 1:2608839/1‑151 (MQ=255) ggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggaggttgggCACAAATCGGTGGTTGCAGACAAATCGGCGGGTGGGCACAAAACGGTGGTTgcg < 2:3916160‑M1/54‑1 (MQ=255) 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tGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggtt > 1:3950255‑M2/1‑116 (MQ=255) ggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCgcacaaatcggtggttgggcacaaatcggtggtt < 1:1606196‑M1/87‑1 (MQ=255) ccGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgg < 2:5823923‑M2/151‑38 (MQ=255) ccGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGGGGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgg < 2:2445329‑M2/151‑38 (MQ=255) ggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCGcacaaatcggtggttgggcacaaatcggtggttggg < 1:4310493‑M1/90‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |