| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | 884033 = | 127 (0.390) | 237 (0.970) +CCCAACCACCGATTTGTGCGCAACCGCCGATTTGTGTC |
138/224 | 0.3 | 70.3% | intergenic (+81/+252) | RPPX_03845/RPPX_03850 | FAD‑binding protein/general secretion pathway protein GspN |
| ? | CP009974 | = 884084 | 142 (0.430) | intergenic (+132/+201) | RPPX_03845/RPPX_03850 | FAD‑binding protein/general secretion pathway protein GspN | |||||
Only 100 of 666 total aligned reads displayed.
GACTGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGG‑GGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGGGCACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCAAGCAACGCGCCGCCTGCTTCGCGGGTATGCACCATTGATACGACCAAGCGCTTCAGCCCCGAGCACCTCAGAA > CP009974/883934‑884234 | tGCCGACGACGAGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGG‑GGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgac < 1:6458725‑M2/151‑4 (MQ=255) ggttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggaggttgggCACAAATCGGTGGTTGCAGACAAATCGGCGGGTGGGCACAAAACGGTGGTTgcg < 2:3916160‑M1/54‑1 (MQ=255) ttggacacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCgca < 2:548622‑M1/56‑1 (MQ=255) cgacgaGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTAATCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGG‑GGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAAGCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGGTGTcaacaaat > 1:4930310/1‑151 (MQ=255) cgaGTGCTCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGG‑GGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcgg > 2:4619108‑M2/1‑139 (MQ=255) gaGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGG‑GGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgatacaaatcggc > 2:769268‑M2/1‑138 (MQ=255) gaGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGG‑GGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggc < 2:4715586‑M2/151‑14 (MQ=255) aatcggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCgcacaaatcggt > 1:3141917‑M1/87‑151 (MQ=255) aGTGATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGG‑GGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcg > 2:2297064‑M2/1‑137 (MQ=255) tcggtggtggaacacagctcggcggttgggcacagatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCgcacaaatcggtgg > 2:5535327‑M1/85‑151 (MQ=255) gATCGTGATTGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGG‑GGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGggcacaaatcggcggtt < 2:2972413‑M2/151‑18 (MQ=255) ggtggttggacacaaatcggcggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCgcacaaatcggtggtt > 1:3663290‑M1/83‑151 (MQ=255) cGTGATTGCCGGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGG‑GGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggttgcg > 2:244166‑M2/1‑131 (MQ=255) tGCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGG‑GGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggttgcgcacaaa < 1:1577044‑M2/151‑27 (MQ=255) gCCTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGG‑GGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggttgcgcacaaat > 2:5870116‑M2/1‑124 (MQ=255) ccTGATCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGG‑GGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggttgcgcacaaatc > 1:869437‑M2/1‑123 (MQ=255) tCTGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGG‑GGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtgg < 1:1759732‑M2/151‑34 (MQ=255) tGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGG‑GGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggtt > 1:3950255‑M2/1‑116 (MQ=255) tGCCGTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACTGATCGG‑GGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaaccggcggttgcgcacaaatcggcgggt < 2:6205864‑M2/151‑36 (MQ=255) ggggggttgggcccagatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCgcagaaatcggtggttgggcacaaatcggtggt > 2:3853842‑M1/66‑151 (MQ=255) ggcCGTATTCGCGGGCAGGCCCGCTCCTACCCTGATCGG‑GGATGGACACAACTCGGCGGTTGGACACAAATCGGGGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGgacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggtt > 2:5707883‑M2/2‑116 (MQ=255) gcggttgggcacaaatcgggggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGGTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCgcacaaatcggtggttgggcacaaatcggtgcttg < 2:176655‑M1/88‑1 (MQ=255) cggttgggcacaaatcggtggttggacacaaatcggcggttgcgcacaaatcggtggttgggCACAAATCGGTGGTTGGACACAAATCGGCGGTTGGGCACAAATCGGTGGTTGCgcacaaatcggtggttgggcacaaatcggtggttgg < 2:251320‑M1/89‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |