| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP009974 | 1155488 = | 372 (1.130) | 372 (1.280) +AGGGTCCAGGGTGATGG |
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| ? | CP009974 | = 1156052 | 1 (0.000) | coding (139/564 nt) | RPPX_05120 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 753 total aligned reads displayed.
CCGACCAACCTGGTGATCAGCGCTGCCGGCAGCCAGCTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGCGCAACCGACTGACTTGGCCCTGGCCGATGGCGTCACCTTCACCGGTCGCG > CP009974/1155338‑1155638 | ccGACCAACCTGGTGATCAGCGCTGCCGGCGGCCAGCTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCgg < 2:5889049/151‑1 (MQ=255) accaatctggtgatcggccttgccggcagccaactcagtggtcgtggcgaagtgggcaccaccgtgcaggtgcgtgacgcggccggcaacatcctcgcgaccggcaccgtcgctgcagatggcaccttcgtcatcgccctggaccctgccg > 2:1974317‑M1/148‑150 (MQ=255) aatctggtgatcggccttgccggcagccaactcagtggtcgtagcgaagtgggcaccaccgtgcaggtgcgtgacgcggccggcaacatcctcgcgaccggcaccgtcgctgcagatggcaccttcgtcatcgccctggaccctgccgtga > 1:4425455‑M1/145‑147 (MQ=255) ccTGGTGATCAGCGCTGCCGGCAGCCAGCTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCAcc < 1:2390669/151‑1 (MQ=255) ccTGGTGATCAGCGCGGCCGGCAGCCAGCTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCAcc < 1:193375/151‑1 (MQ=255) tGGTGATCAGCGCTGCCGGCAGCCAGCTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGCACCCGGCCATCACCGa > 2:6030779/1‑151 (MQ=255) ggTGATCAGCGCTGCCGGCAGCCAGCTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGAt < 2:3773068/151‑1 (MQ=255) cgcTGCCGGCAGCCAGCTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTAcc > 1:4204165/1‑151 (MQ=255) cgcTGCCGGCAGCCAGCTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGGTCAGGTGCTCGATGACGCAGGCACCGTCATTGCCACGCGCCCGGTCAATCCGGATGGTACCTTCACCATCACCTTGAACCCCGCCATCACCGATCGCAGTAcc > 2:6305438/1‑151 (MQ=11) gcTGCCGGCAGCCAGCTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCCCGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTAcgc > 2:3641859/1‑149 (MQ=255) agccagcTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCa > 1:2491817/1‑151 (MQ=255) cagcTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCAccc > 2:901036/1‑151 (MQ=255) gcTCGGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTc < 2:5769092/151‑1 (MQ=255) cTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCa < 1:3872922/151‑1 (MQ=255) cTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCa < 2:4164712/151‑1 (MQ=255) ggTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGAcg > 2:2573185/1‑151 (MQ=255) ggctctaccgtgcaggtgcgtgacgcggccggcaacatcctcgcgaccggcaccgtcgctgcagatggcaccttcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTAt < 2:2444483‑M1/58‑1 (MQ=255) gctctaccgtgcaggtgcgtgacgtggcaggcaacatcctcgcgaccggcaccgtcgctgcagatggcaccttcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCTGGCAACGTATc > 1:4147337‑M1/93‑151 (MQ=255) 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tggcaccctcaccagcaccctgggccccGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCTGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGAGCAACCGACGGACCtggccttg > 2:4424388‑M1/29‑148 (MQ=255) gcaccttcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCCGACTTGCTGCCGCCAACGCAACCGACTGACTTGGCCCTGGc > 1:2249268‑M1/27‑151 (MQ=255) caccttcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCTGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGAGCAACCGACGGACCTGGCCTTGGcc > 1:5489431‑M1/26‑151 (MQ=255) caccttcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCTGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGAGCAACCGACGGACCTGGCCTTGGcc > 2:6432164‑M1/26‑151 (MQ=255) caccttcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCTGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGAGCAACCGACGGACCTGGCCTTGGcc > 1:5406416‑M1/26‑151 (MQ=255) caccttcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCCGACCTGCCGCCGCCCACGCACCCGACTGACTTCGCCCTGGcc < 2:6188618‑M1/126‑1 (MQ=255) caCCTTCACCGTCACCCTGGACCCTGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCCGACTTGCTGCCGCCAACGCAACCGACTGACTTGGCCCTGGcc < 1:5825443/150‑1 (MQ=25) cttcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCCGACTTGCTGCCGACAACGCAACCGACTGACTTGGCCCTGGCCGAt > 1:312917‑M1/23‑151 (MQ=255) cTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGCGCAACCGACTGACCTGGCCTTGGCCGAt > 1:797082/1‑151 (MQ=255) cTTCACCGTCACCCTGGACCCTGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGCGCGCGGTCACCGCCGCCGACGTGCCGCCGCCAACGCAACCCACGGACTTCGCCCTGGCCGAt > 2:5424129/1‑151 (MQ=16) ttcaccatcaccctggaccctGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCTGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGAGCAACCGACGGACCTGGCCTTGGCCGATg > 2:1163264‑M1/22‑151 (MQ=255) ttCACCGTCACCCTGGACCCTGCCGTGAACGACGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCCGACTTGCTGCCGCCAACGCAACCGACTGACTTGGCCCTGGCCGATg < 1:5275557/151‑1 (MQ=25) tGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGCGCAACCGACTGACCTGGCCTTGGCCGATGGCGTCACCTTCAc > 2:1208780/1‑151 (MQ=255) ggCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTCTCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGCGCAACCGACTGACCTGGCCTTGGCCGATGGCGTCACCTTCACCGGTcgc > 2:4763983/1‑151 (MQ=25) ggCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGCGCAACCGACTGACCTGGCCTTGGCCGATGGCGTCACCTTCACCGGTcgc > 1:5053692/1‑151 (MQ=37) ggCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGCGCAACCGACTGACCTGGCCTTGGCCGATGGCGTCACCTTCACCGGTcgc > 1:6534342/1‑151 (MQ=255) gCCATCACCGATGGCAGTACCCTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGCGCAACCGACTGACCTGGCCTTGGCCGATGGCGTCACCTTCACCGGTcgcg > 1:3626017/1‑151 (MQ=37) | CCGACCAACCTGGTGATCAGCGCTGCCGGCAGCCAGCTCAGCGGTCGTGGCGAAGCCGGTACCAGCGTTCAGGTGCGCGATGACGCAGGCACCGTAATTGCCACGGGCACGGTCAATCCGGATGGTACCTTCGCCATCACCTTGAACCCGGCCATCACCGATGGCAGCACCTTGCAAGTCACCCTCACCGACGCCGCCGGCAACGTATCGCAACCGGGCTCGGTCACCTCGGCTGACCTGCTGCCGCCCGCGCAACCGACTGACTTGGCCCTGGCCGATGGCGTCACCTTCACCGGTCGCG > CP009974/1155338‑1155638 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |