| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009974 | 1277582 = | 311 (0.950) | 224 (0.690) +C |
122/298 | 5.6 | 42.9% | intergenic (+51/+187) | RPPX_05635/RPPX_05640 | aldehyde dehydrogenase/mechanosensitive ion channel protein MscS |
| ? | CP009974 | 4286484 = | 290 (0.880) | intergenic (+340/+304) | RPPX_19070/RPPX_19075 | LacI family transcriptional regulator/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 689 total aligned reads displayed.
ATGGGGGGGCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTA > CP009974/1277432‑1277732 | aggggggggCACCAGGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTaa < 1:6282730/149‑1 (MQ=255) gggggggCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAAc > 1:1955945/1‑151 (MQ=255) ctacacgacggcctgtgtccaaccccagaggtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcaaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTc < 2:5073169‑M1/19‑1 (MQ=255) tacacgacggcccgtggcgaaccctcgaggtgtgtcccccaccaatcggcgtaggagcgggtttgcccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTcc > 2:5884463‑M1/132‑151 (MQ=255) ccAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCtc > 2:2062173/1‑150 (MQ=255) cacgagggcgtgtgtccaacccgcgacgtgtgtccaccaccaatctgggtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa > 2:5972613‑M1/130‑151 (MQ=255) acgacggcctgtgtccaaccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTac > 2:5567528‑M1/129‑151 (MQ=255) aGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTacac < 1:155309/151‑1 (MQ=255) gggCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacg < 1:4468039/151‑1 (MQ=255) cAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacgacg > 2:2773860/1‑151 (MQ=255) cAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaccacg > 1:5194420/1‑151 (MQ=255) ctgtgtccaaccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGc < 1:6403553‑M1/31‑1 (MQ=255) cGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACACGACGGcc > 2:1009192/1‑151 (MQ=255) gtgtgcgaccctcgacgtgtggccaccacgaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggcctgcagggccggccctTTCGCGGGTAACCCTGCTCCTACACGACGGCCt > 2:6495834‑M1/119‑151 (MQ=255) gggATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTAGCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCt < 2:80475/151‑1 (MQ=255) gtccaaccctcgacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCtgt > 1:3976922‑M1/117‑151 (MQ=255) gtCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTAGCAGGCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCtgtg < 2:4365743/150‑1 (MQ=255) cGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAAc > 1:1781433/1‑151 (MQ=255) gTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAAcc > 1:105788/1‑151 (MQ=255) gAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAAccct < 1:5954563/151‑2 (MQ=255) gacgtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTc > 2:1238720‑M1/106‑124 (MQ=255) gacgtgtgtccaccaccaatctgcgcaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAacccca < 1:4347815‑M1/46‑2 (MQ=255) gtgtgtccaccaccattctgcgtaggagggggtttacccgtgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCagag > 1:2061268‑M1/103‑151 (MQ=255) gtgtgtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCagag > 1:542248‑M1/103‑151 (MQ=255) ggggCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGCCCTGTGTCCAACCCTCGaca > 2:4891123/1‑149 (MQ=255) gggCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACgt < 2:1117303/151‑1 (MQ=255) gggCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACgt < 2:6177222/151‑1 (MQ=255) gtccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcaaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGgtgt > 1:5073169‑M1/99‑151 (MQ=255) tccaccagcgatctgcgtaggagcggggtgacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGgtgtg > 2:4056976‑M1/98‑151 (MQ=255) tccaccaccaatctgcgtaggagcgggtttacccgcgaatacggtggtggcggcaacggtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGCCGGCCTGTGTCCAACCcccgagctctg < 1:2226964‑M1/54‑6 (MQ=255) cactaccactatgcgtgggagcgggtttacccgcaaatacggtagcggcggcaacagtgaacggcgggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTc > 2:2843207‑M1/96‑151 (MQ=255) ccgcgaagctgggtgggggcgggtttaggcgcgaagacggtggcggcggcaacagtgaacggggggtggaaattggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTcca > 2:3130150‑M1/94‑151 (MQ=255) ggTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAGCCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCGGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTccacca < 2:4599850/151‑1 (MQ=255) 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tATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGCGCCCACCACCAATCTGCGTCGGAGCGCGCTTCCCCGCGAATACGGGGCCGGCGGCACCCGCGAAcgccggccggcc > 2:2435261/1‑145 (MQ=14) tATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGCCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTCTACCCCCGAATACGGTGGGTGCGGCACCGGTGAACGGCGGGTggga > 2:886955/1‑149 (MQ=14) tggccagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAAt < 1:2805049‑M1/131‑1 (MQ=255) cACCGGCCCTGCCGGTGTGCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCGACGGCCTGTGTCCAACCCTCGACGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGTGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTgg < 2:5014508/151‑1 (MQ=14) cagcagggccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGCGGCCTGTGTCCAACCCCAGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACAGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGc < 1:2737377‑M1/135‑1 (MQ=255) 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ATGGGGGGGCACCAAGGGCAGCGGGATCGGCCGTGAGCTGGGGCCTTGGGGGTTGTCAGCCTATCAGTCGGTCAAGCATGTAACCCGCTGCCTGGGCTGATATCGCAAGGAGCCGCGTTATGGCACCGGCCCTGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGACGGCCTGTGTCCAACCCCCGAGGTGTGTCCACCACCAATCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTGGCGGCGGCAACGGTGAACGGCGGGTGGAAATTGGCCAGCAGGGCCGGCCCTTTCGCGGGTA > CP009974/1277432‑1277732 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |