New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AP012306 | 3045989 = | 484 (1.310) | 8 (0.020) | 7/294 | 22.9 | 1.7% | intergenic (‑412/‑12) | livK/yhhK | leucine transporter subunit/conserved protein |
? | AP012306 | 3046004 = | 461 (1.270) | coding (4/384 nt) | yhhK | conserved protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 487 total aligned reads displayed.
CAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAACCACCGTATCTACGCCGCGCGTTTTAACGAG > AP012306/3045840‑3046138 | cAGGGGATTATGCTGGCCATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTac < 2:1755274/150‑1 (MQ=255) cAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTac > 1:4029561/1‑150 (MQ=255) ggATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACgg < 1:307231/150‑1 (MQ=255) gATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACggg > 2:491970/1‑150 (MQ=255) ttATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGtt < 1:3996088/150‑1 (MQ=255) tATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTa > 1:4926210/1‑150 (MQ=255) tGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCAt > 2:3385021/1‑150 (MQ=255) ggACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATg > 1:2758686/1‑150 (MQ=255) ggACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATg > 1:2513878/1‑150 (MQ=255) gACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGa < 2:1304381/150‑1 (MQ=255) gACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGa > 1:1204158/1‑150 (MQ=255) aCATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCGATGaa > 2:4078492/1‑150 (MQ=255) cATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAg > 1:4100662/1‑150 (MQ=255) cATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAg > 1:573280/1‑150 (MQ=255) aTTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGc < 1:3496109/150‑1 (MQ=255) ttttCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTg < 1:4191444/150‑1 (MQ=255) tttCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGa > 1:4068240/1‑150 (MQ=255) ttCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACcatc > 1:473391/1‑150 (MQ=255) 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ctAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTc > 1:730158/1‑150 (MQ=255) ctAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTc < 1:1083050/150‑1 (MQ=255) tAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCg > 2:471698/1‑150 (MQ=255) tAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCg > 1:3767465/1‑150 (MQ=255) tGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGAtt < 1:2637645/150‑1 (MQ=255) 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ttttGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAAt > 1:1810703/1‑150 (MQ=255) ttttGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAAt > 2:2367824/1‑150 (MQ=255) tGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTa < 1:1296450/150‑1 (MQ=255) gTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAg > 2:4473340/1‑150 (MQ=255) tGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGAcc > 2:727088/1‑150 (MQ=255) 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aaaTTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTg < 2:1155907/150‑1 (MQ=255) tattTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGa > 1:3651883/1‑150 (MQ=255) tttCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATa > 1:2129183/1‑150 (MQ=255) tttCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATa < 1:1347246/150‑1 (MQ=255) ttCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATaa > 2:1260241/1‑150 (MQ=255) cGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAacc < 2:2556783/150‑1 (MQ=255) cTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGGATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAaccac > 1:2054344/1‑150 (MQ=255) acacTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAACCACCg > 2:4369268/1‑150 (MQ=255) cacTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAACCACCGt > 2:893637/1‑150 (MQ=255) acTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAACCACCGTa > 1:4645391/1‑150 (MQ=255) gTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAACAACCGTATCTa > 1:428722/1‑150 (MQ=255) cACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAACCACCGTATCTAcgcc < 2:189923/150‑1 (MQ=255) aCTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAACCACCGTATCTAcgccg < 1:1561715/150‑1 (MQ=255) cTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAACCACCGTATCTAcgccgc < 2:3880680/150‑1 (MQ=255) ttttGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAACCACCGTATCTACGCcgcg > 2:3310211/1‑150 (MQ=255) tttGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAACCACCGTATCTACGCcgcgc > 1:3709720/1‑150 (MQ=255) gtgATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAACCACCGTATCTACGCcgcgc > 2:316521/1‑147 (MQ=255) tgATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAACCACCGTATCTACGCCGCGCGttt < 2:2070588/150‑1 (MQ=255) gATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAACCACCGTATCTACGCCGCGCGtttt < 1:4154601/150‑1 (MQ=255) gATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAACCACCGTATCTACGCCGCGCGtttt > 2:3081173/1‑150 (MQ=255) aTTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAACCACCGTATCTACGCCGCGCGTTTTa > 1:4350186/1‑150 (MQ=255) tACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAACCACCGTATCTACGCCGCGCGTTTTAACg < 1:1007226/150‑1 (MQ=255) | CAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGATTAGAAAAATTTAGCGACCAAGACCGGATTGACCTGCAAAAGATCTGGCCGGAGTATTCCCCTTCCTCGTTACAGGTTGACGATAACCACCGTATCTACGCCGCGCGTTTTAACGAG > AP012306/3045840‑3046138 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |