| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP012306 | = 3317647 | 504 (1.690) | 10 (0.030) | 9/290 | 10.8 | 2.0% | intergenic (+242/‑1) | trmE/tnaC | GTPase/tryptophanase leader peptide |
| ? | AP012306 | = 3317678 | 477 (1.640) | coding (31/75 nt) | tnaC | tryptophanase leader peptide | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP012306/3317495‑3317647‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cattTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAATATTAAATGCT < AP012306/3317678‑3317530 TTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGC > 1:1975638/1‑150TTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGC < 2:1805115/150‑1 TAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCA > 1:1173150/1‑150 TAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCA > 1:1247774/1‑150 TAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCA > 2:2043564/1‑150 TAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCA > 2:1687271/1‑150 AAAATTCTTACGTAATTTGTAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCAT > 1:383507/1‑150 AAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCAT < 2:856284/150‑1 AAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCAT > 2:2025009/1‑150 AAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAAGGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATT > 2:3135775/1‑150 AAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATT < 2:957984/150‑1 AAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATT > 2:2240333/1‑150 AAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATT < 2:1544063/150‑1 TTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTT > 2:827439/1‑150 ACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGA‑‑ATATCTCACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTG > 2:2612486/1‑150 AAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATT > 2:3247724/1‑150 AAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAATGCATTATGA‑‑ATATCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAAGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAAT > 2:272085/1‑150 AGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAAGGCATTATGAAAATTTTACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATACTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTA > 2:433104/1‑150 GTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGA‑‑ATATCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAAT > 2:3806240/1‑150 TAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATC > 2:1684896/1‑150 TGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAA > 2:2974456/1‑150 GATAAGTGCATTTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAA < 1:2974456/150‑1 ATAAGTGCATTTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAAT > 2:2509076/1‑150 CATTTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAATATTAAAT < 1:2368690/150‑1 CATTTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAATATTAAAT > 1:1709035/1‑150 CATTTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAATATTAAAT > 1:1672625/1‑150 CATTTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAATATTAAAT < 1:4053771/150‑1 CATTTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAATATTAAAT < 1:388128/150‑1 CATTTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAATATTAAAT > 1:2909060/1‑150 ATTTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAATATTAAATG < 1:1504281/150‑1 ATTTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAATATTAAATG < 2:898958/150‑1 ATTTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAATATTAAATG > 2:943547/1‑150 ATTTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAATATTAAATG < 1:3231939/150‑1 ATTTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAATATTAAATG > 1:1640758/1‑150 ATTTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAATATTAAATG < 1:2329242/150‑1 ATTTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAATATTAAATG < 1:2369506/150‑1 ATTTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAATATTAAATG < 1:946061/150‑1 TTTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAATATTAAATGC < 1:2597514/150‑1 TTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAATATTAAATGCT < 2:436057/150‑1 TTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAATATTAAATGCT < 2:48398/150‑1 TTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAATATTAAATGCT > 1:519973/1‑150 TTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAATATTAAATGCT < 1:1147177/150‑1 TTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP012306/3317495‑3317647‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cattTTG‑‑‑AGGTCACACATATATGTAAGATATTCATAATGCACTTATCCTCGCAAGACACGAGGCTACATTATTACACTCAGAGTTTTTGTCTATTCTGAAATTGTTTAAATGTGAATCGAATCACAATCGTTCGGGGAGCAATATTAAATGCT < AP012306/3317678‑3317530 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |