New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | AP012306 | = 3317647 | 504 (1.690) | 10 (0.030) | 9/290 | 10.8 | 2.0% | intergenic (+242/‑1) | trmE/tnaC | GTPase/tryptophanase leader peptide |
? | AP012306 | = 3317678 | 477 (1.640) | coding (31/75 nt) | tnaC | tryptophanase leader peptide | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 509 total aligned reads displayed.
AAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAA > AP012306/3317498‑3317796 | aaaTTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAAGGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCAtt > 2:3135775/1‑150 (MQ=255) aaTTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTa > 2:2720803/1‑150 (MQ=255) aaTTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTa < 2:266277/150‑1 (MQ=255) aTTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTAt > 2:3745090/1‑150 (MQ=255) cTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGaa < 2:2579984/150‑1 (MQ=255) ttACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGAat < 1:418674/150‑1 (MQ=255) ttACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGAat > 1:1843447/1‑150 (MQ=255) aCGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCATATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGAatat < 1:3421962/150‑1 (MQ=255) gTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCt < 1:446611/150‑1 (MQ=255) tAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCtt > 1:4003197/1‑150 (MQ=255) aTTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTAc > 2:1682685/1‑150 (MQ=255) aTTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTAc > 1:3160264/1‑150 (MQ=255) aTTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTAc > 1:89712/1‑150 (MQ=255) 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tGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGAt > 1:1761690/1‑150 (MQ=255) aGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCa > 1:3385803/1‑150 (MQ=255) aGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCa < 1:752534/150‑1 (MQ=255) cGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAAtgtg < 1:2672100/150‑1 (MQ=255) ttGCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTAt < 2:3304294/150‑1 (MQ=255) cGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTAtttg < 2:3499732/150‑1 (MQ=255) ggATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTAtttgttt < 2:1942568/150‑1 (MQ=255) gTGCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCtata > 2:2292570/1‑150 (MQ=255) gTGCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCtata > 1:1327355/1‑150 (MQ=255) tGCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTatat < 2:1173150/150‑1 (MQ=255) gCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATc > 1:2711555/1‑150 (MQ=255) gCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATc > 2:1390010/1‑150 (MQ=255) cATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCt < 1:1266991/150‑1 (MQ=255) aTTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCtt < 1:987615/150‑1 (MQ=255) ttATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTa > 2:719502/1‑150 (MQ=255) tATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTaa < 2:3941897/150‑1 (MQ=255) tATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTaa > 2:3240781/1‑150 (MQ=255) | AAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAA > AP012306/3317498‑3317796 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |