| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012967 | 2066637 = | 158 (0.720) | 33 (0.180) +GTTGGCGCACAAT |
12/116 | 10.1 | 17.9% | intergenic (‑34/+59) | wcaA/wzc | colanic acid biosynthesis glycosyltransferase WcaA/tyrosine‑protein kinase Wzc |
| ? | NC_012967 | 2783338 = | 213 (0.970) | intergenic (+67/+81) | ygcP/ygcQ | glycerol‑3‑phosphate responsive antiterminator/electron transfer flavoprotein subunit alpha/FixB family protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
GTCGGCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGTTATTTCGCATCC > NC_012967/2066566‑2066708 | gTCGGCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGgctt‑gctt < 2:5056356/72‑1 (MQ=255)gTCGGCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTtt‑gctt > 2:1379129/1‑72 (MQ=255) tCGGCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTtt‑gcttg > 2:3525162/1‑72 (MQ=255) tCGGCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTtt‑gcttg < 2:7086825/72‑1 (MQ=255) tCGGCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGGtt‑gcttg < 1:6294058/72‑1 (MQ=255) cGGCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTtt‑gcttgc > 1:5660877/1‑72 (MQ=255) cGGCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTtt‑gcttgc < 2:3708606/72‑1 (MQ=255) ggCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGcc > 2:3788967/1‑72 (MQ=255) gCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCg < 2:1165484/72‑1 (MQ=255) gCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCg < 1:4750409/72‑1 (MQ=255) cATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGGCgg > 1:6706462/1‑72 (MQ=255) cATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCgg < 1:3008607/72‑1 (MQ=255) atatAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCggg > 2:4192233/1‑71 (MQ=255) atatAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGa < 2:1201918/72‑1 (MQ=255) atatAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGa < 1:7040848/72‑1 (MQ=255) tataGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTTCCgggg > 1:3827888/1‑70 (MQ=255) taGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATgc > 1:5894780/1‑72 (MQ=255) taGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATgc < 1:1657917/72‑1 (MQ=255) agagTGAGAGCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATgcg < 2:2629031/72‑1 (MQ=255) aGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATgcg < 2:5432503/72‑1 (MQ=255) gATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATgcgg < 2:3550140/72‑1 (MQ=255) gATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATgcgg > 1:6650065/1‑72 (MQ=255) gATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATgcgg < 1:88285/72‑1 (MQ=255) aTTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGANCTGGTTT‑GCTTGCCGGATgcggc < 1:4948042/72‑1 (MQ=255) ttNAGATCAGCGGATTGTCTTTCATCGGTTGTTCTCCCGGCTTATGATCTGNTTT‑GCTTGCCGGATgtgggg > 2:715438/1‑70 (MQ=255) tGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGt < 1:272921/72‑1 (MQ=255) gagaTCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTg > 1:7568452/1‑72 (MQ=255) gagaTCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTg > 2:4065869/1‑72 (MQ=255) aTCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑c < 2:2462846/72‑1 (MQ=255) aTCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑c < 1:4458922/72‑1 (MQ=255) aTCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑c < 1:291994/72‑1 (MQ=255) tCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑g < 1:5433058/72‑1 (MQ=255) tCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑g < 2:2123856/72‑1 (MQ=255) cAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑Gc < 1:5302943/72‑1 (MQ=255) cAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑Gc < 2:577493/72‑1 (MQ=255) cAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑Gc < 1:4440955/72‑1 (MQ=255) cAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑Gc > 2:5242812/1‑72 (MQ=255) cAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGCGGA‑C‑Gc > 2:2351533/1‑72 (MQ=255) aGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑Gcc > 1:2055700/1‑72 (MQ=255) cGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCtt < 1:5449415/72‑1 (MQ=255) cGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCAtt < 2:2975255/72‑1 (MQ=255) cGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GACtt < 1:77863/72‑1 (MQ=255) ggATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGGGGCGTGAA‑C‑GCCTTa > 2:5170854/1‑72 (MQ=255) ggATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTa < 1:1466755/72‑1 (MQ=255) ggATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTa > 1:6093999/1‑72 (MQ=255) gATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCAGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTAt > 2:2361191/1‑72 (MQ=255) gATTGTCTTTCATAGGTTGTTCGCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTAt < 2:6269617/72‑1 (MQ=255) aTTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATc < 2:4497833/72‑1 (MQ=255) ttGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGGGTGAA‑A‑GCCTTATca > 1:3490827/1‑71 (MQ=255) ttGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGGGTCAA‑C‑CCCGTATcc > 1:4635738/1‑72 (MQ=255) ttGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATcc < 2:3040377/72‑1 (MQ=255) ttGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATcc < 2:5932576/72‑1 (MQ=255) ttGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATcc < 1:3120699/72‑1 (MQ=255) ttGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATcc < 1:6140318/72‑1 (MQ=255) gTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCgg < 1:6738140/72‑1 (MQ=255) tCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGc > 1:5899719/1‑72 (MQ=255) cTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGcc > 1:3627327/1‑72 (MQ=255) cTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCGTATTCGGcc > 2:1701104/1‑72 (MQ=255) cTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCCGGTGCGGGGGGGA‑CGGCCTTTTCCGGc > 1:3069025/1‑72 (MQ=255) tttCGTAGTGTGTTCGCCCGGCTTGGGGGCTGGTTT‑GCTGGCCGGATGGGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCt < 2:4941823/72‑1 (MQ=16) tttCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCt < 1:7202750/72‑1 (MQ=255) tttCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCt < 1:335831/72‑1 (MQ=255) tttCATAGGTGGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCt < 1:1993024/72‑1 (MQ=255) ttCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTa > 1:3970428/1‑72 (MQ=255) tAGGTGGTTCTCCCGGCTTATGGGCTGGTTT‑GCTTGCCGGAGGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTACggg < 2:4175299/72‑1 (MQ=25) aGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTCCgggg > 1:1509545/1‑72 (MQ=255) aGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTACgggg > 2:3244269/1‑72 (MQ=255) aGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCAGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTACgggg > 2:6412677/1‑72 (MQ=255) gttgttCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCTGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCATATCCGGCCTACGGGGCg > 1:2552173/1‑72 (MQ=255) gttgttCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCCGGAGCGGGGTGAA‑C‑CCCCTTACCCGCCCCCGGGGCg > 2:2219492/1‑72 (MQ=255) gttgttCTCCCGGCTTAGGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTACGGGGCg < 2:5451493/72‑1 (MQ=255) tgttCTCCGGGTTTAGGGGCTGTTTT‑GTTTCCGGGGTGCGGCGTAAC‑C‑CCTTTCCCCGGCCTACGGGGCGGt < 1:2355105/72‑1 (MQ=255) gttCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCCGATGCGGCGTGAA‑C‑GGCTTATCCCGCCTACGGGGCgggg > 2:2742523/1‑70 (MQ=37) ttCCCCGGGCTTAGGAGTTGGTTT‑GTTGGCGGGATG‑GGGGTGAACC‑GCTTTACCCGGCCTACGGGGCGGTGc < 2:6387405/72‑1 (MQ=255) tctcCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCg > 1:5808637/1‑72 (MQ=255) ctcCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGa < 2:6515079/72‑1 (MQ=255) ctcCCGGCTTATCAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGGTGGCGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCCGCCCTCGGGGGGGTgggg > 2:1872132/1‑69 (MQ=19) cccccGGTTTTTGGGGTGGTTTGGCTGCCCGGGTGGGGCGTAAA‑C‑CCCTTTCCCGGCCTACGGGGCGGTGCg < 2:2259302/70‑1 (MQ=255) cccGTCTTATGAGCTGTTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAC‑C‑GCTTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAAt < 1:5317898/72‑1 (MQ=25) cccGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAAt > 1:7152532/1‑72 (MQ=255) cccGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAAt > 1:5500220/1‑72 (MQ=255) ggCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCa > 2:6068571/1‑72 (MQ=255) ggCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCACACGGGGCGGTGCGAATGCa > 2:7528391/1‑72 (MQ=255) ggCTTAGGAGCTGGTTT‑GCTGGCCGGATCCGGCGTGAC‑C‑GCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCa < 2:5521068/72‑1 (MQ=25) gCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAg < 2:7173599/72‑1 (MQ=255) ttATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCCGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCCTTTCCGGCCTACCGGGCGGGGCGGATGCAGGc > 1:6992814/1‑72 (MQ=21) tATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCCGGTGCGGCGTGGA‑A‑GCCCTTTCCCGCCCTCGGGGCGGGGCGGATGGAgggg > 1:1523679/1‑70 (MQ=255) tGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGcgtc < 1:7607691/72‑1 (MQ=255) gAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCCGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGcgtcg > 2:6465207/1‑72 (MQ=255) cTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCCTTTCCGGCCCACGGGGCGGGGCGGAAGCCGgcggcggtt > 2:5079665/1‑69 (MQ=12) gggTGT‑GCTTGCGGGAGGGGGCGTGCA‑C‑GCTTTCTCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGTTAt < 2:4801457/71‑1 (MQ=255) ggTTT‑GCTTGCCGGAAGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCNAATGCAGGCGTCGTTAtt > 2:618612/1‑72 (MQ=255) gTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGGGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGTTAttt < 2:7110625/72‑1 (MQ=255) ttt‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGTTATTTc < 1:7346750/72‑1 (MQ=255) ttt‑GCTGGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGTTATTTc < 1:3212237/72‑1 (MQ=255) t‑gcttgcCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCCGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGTTATTTCGc > 2:4484862/1‑72 (MQ=255) t‑gcttgcAGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCGGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGTTATTTCGc < 1:1207469/72‑1 (MQ=255) cgtgcCGGTGGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGTTATTTCGCAt < 2:5884528/70‑1 (MQ=37) ttgcCGGGTGCGCGCTGAC‑C‑GCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGTTATTTCGCATc < 2:6214751/72‑1 (MQ=37) tgcCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGTTATTTCGCATcc < 2:5556518/72‑1 (MQ=255) | GTCGGCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTCTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTT‑GCTTGCCGGATGCGGCGTGAA‑C‑GCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAATGCAGGCGTCGTTATTTCGCATCC > NC_012967/2066566‑2066708 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |