Missing coverage evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | CP002094 | 673606–675687 | 676703–675714 | 28–3098 | 46 [44] | [45] 48 | LLNZ_03540–LLNZ_03555 | LLNZ_03540,LLNZ_03545,LLNZ_03550,LLNZ_03555 |
TATGACGTGGCCCCTGCAACAATTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCTTATGAGAAAAGACATCCTA > CP002094/673507‑673649 | tatGACGTGGCCCCTGCAACAATTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAAc < 2:1563076/99‑1 (MQ=255) tatGACGTGGCCCCTGCAACAATTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAAc > 2:1591177/1‑99 (MQ=255) tGACGTGGCCCCTGCAACAATTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACtt > 2:892488/1‑99 (MQ=255) tGACGTGGCCCCTGCAACAATTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACtt > 2:914663/1‑99 (MQ=255) cGTGGCCCCTGCAACAATTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTaa > 1:653218/1‑99 (MQ=255) tGGCCCCTGCAACAATTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTaaaa > 1:999117/1‑99 (MQ=255) tGGCCCCTGCAACAATTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTaaaa > 2:791648/1‑99 (MQ=255) ggCCCCTGCAACAATTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAAt > 2:1044119/1‑99 (MQ=255) gCCCCTGCAACAATTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAGCGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAAtt < 2:376132/99‑1 (MQ=255) gCCCCTGCAACAATTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAAtt > 1:773930/1‑99 (MQ=255) gCCCCTGCAACAATTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAAtt > 1:396891/1‑99 (MQ=255) gCCCCTGCAACAATTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAAtt > 1:1020662/1‑99 (MQ=255) ccccTGCAACAATTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATtg < 2:1019797/99‑1 (MQ=255) ccTGCAACAATTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATtgtg > 1:1389550/1‑99 (MQ=255) cTGCAACAATTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGa > 1:1447316/1‑99 (MQ=255) cTGCAACAATTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGa < 2:916404/99‑1 (MQ=255) acaaTTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGc > 2:1033856/1‑99 (MQ=255) acaaTTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGc > 1:736998/1‑99 (MQ=255) aagttATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCtt < 1:761244/96‑1 (MQ=255) aTTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCttt > 2:1104375/1‑99 (MQ=255) aTTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCttt > 2:1565087/1‑99 (MQ=255) aTTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCttt > 1:346741/1‑99 (MQ=255) ttATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTc < 1:1149326/99‑1 (MQ=255) tataAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTcc < 1:513517/99‑1 (MQ=255) ataAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCt < 1:1136101/99‑1 (MQ=255) ataAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCt < 1:979001/99‑1 (MQ=255) taAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCtt < 1:458555/99‑1 (MQ=255) taAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCtt < 2:363326/99‑1 (MQ=255) aaaTGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCTTa < 1:1404852/99‑1 (MQ=255) aaTGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCTTAt < 1:801892/99‑1 (MQ=255) aaTGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCTTAt > 1:551078/1‑99 (MQ=255) aTGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCTTATg > 2:1341525/1‑99 (MQ=255) aTGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCTTATg < 2:1464854/99‑1 (MQ=255) gATAGACCGCTACTGTAAAGGGCCAGGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCTTATgaga < 2:32266/99‑1 (MQ=255) aTAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCTTATGAGaa > 2:945643/1‑99 (MQ=255) tAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCTTATGAGaaa > 1:564005/1‑99 (MQ=255) aGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCTTATGAGaaaa < 2:203222/99‑1 (MQ=40) aGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCTTATGAGaaaa < 1:1180151/99‑1 (MQ=40) gACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCTTATGAGAAAAg > 1:168478/1‑99 (MQ=39) ctctACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCTTATGAGAAAAGACa < 1:448268/99‑1 (MQ=35) tctACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCTTATGAGAAAAGACAt > 2:796680/1‑99 (MQ=34) ctACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCTTATGAGAAAAGACATc < 1:1547689/99‑1 (MQ=33) ctACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCTTATGAGAAAAGACATc < 1:1527067/99‑1 (MQ=33) tACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCTTATGAGAAAAGACATcc < 1:1513346/99‑1 (MQ=33) cTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCTTATGAGAAAAGACATCCTa > 1:957976/1‑99 (MQ=31) cTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCTTATGAGAAAAGACATCCTa > 1:222662/1‑99 (MQ=31) | TATGACGTGGCCCCTGCAACAATTTATAAATGGATAGACCTCTACTGTAAAGGGCCATGCTAAAATGTAGGAAACGGGCCATTGAAAATGTAGGTTAACTTTAAAATTGTGATAGGCTTTTCCTTATGAGAAAAGACATCCTA > CP002094/673507‑673649 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |