Missing coverage evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | CP002094 | 673606–675687 | 676703–675714 | 28–3098 | 46 [44] | [45] 48 | LLNZ_03540–LLNZ_03555 | LLNZ_03540,LLNZ_03545,LLNZ_03550,LLNZ_03555 |
GGTATCTTACACCTAATCAATTTGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGAAAAAAAAGAACGCTTT > CP002094/676659‑676802 | ggTATCTTACACCTAATCAATTTGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTAc > 1:1161453/1‑99 (MQ=32) gTATCTTACACCTAATCAATTTGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTAcc < 2:1425678/99‑1 (MQ=33) aTCTTACACCTAATCAATTTGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTTCTCTAAAAAGTTGACTTAACGTCAGTACCct < 2:927757/99‑1 (MQ=255) tCTTACACCTAATCAATTTGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCctc > 1:1078065/1‑99 (MQ=37) tCTTACACCTAATCAATTTGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCctc < 1:765652/99‑1 (MQ=37) cTTACACCTAATCAATTTGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCctct < 1:980150/99‑1 (MQ=38) ccTAATCAATTTGAAACGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTaa < 1:511229/99‑1 (MQ=255) ccTAATCAATTTGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTaa > 1:624768/1‑99 (MQ=255) cTAATCAATTTGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAg < 1:515611/99‑1 (MQ=255) cTAATCAATTTGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAg < 2:598203/99‑1 (MQ=255) aaTCAATTTGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAggg < 2:375831/99‑1 (MQ=255) aaTCAATTTGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAggg < 2:96286/99‑1 (MQ=255) aaTCAATTTGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAggg < 2:481574/99‑1 (MQ=255) aaTCAATTTGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAggg < 1:902723/99‑1 (MQ=255) aaTCAATTTGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAAATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAAGTTGACTTAACGTAAGTACCCTCTTACTAAggg > 2:1445703/1‑99 (MQ=255) aTCAATTTGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGc < 1:424272/99‑1 (MQ=255) tCAATTTGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCa < 1:738763/99‑1 (MQ=255) aTTTGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATaa > 2:27236/1‑99 (MQ=255) aTTTGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATaa > 2:1291144/1‑99 (MQ=255) aTTTGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATaa < 1:1592059/99‑1 (MQ=255) tttGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATaaa < 2:626594/99‑1 (MQ=255) ttGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATaaaa < 2:1008037/99‑1 (MQ=255) ttGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATaaaa < 2:1159467/99‑1 (MQ=255) gAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAAtt < 2:1012519/99‑1 (MQ=255) aaaaGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTa > 2:819122/1‑99 (MQ=255) aaaGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTaa > 2:313091/1‑99 (MQ=255) aaGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTaaa > 2:283200/1‑99 (MQ=255) tAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGaa < 2:510800/99‑1 (MQ=255) gTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGaaaaa > 2:982077/1‑99 (MQ=255) gTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGaaaaa > 1:677140/1‑99 (MQ=255) tGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGaaaaaa > 2:1492008/1‑99 (MQ=255) tGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGaaaaaa > 2:1232226/1‑99 (MQ=255) cTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTGAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGaaaaaaaa > 1:705317/1‑99 (MQ=255) ttAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGAAAAAAAAg < 2:1034063/99‑1 (MQ=255) ttAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGAAAAAAAAg > 2:367017/1‑99 (MQ=255) tAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGAAAAAAAAGa < 2:269933/99‑1 (MQ=255) aaaaTAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGAAAAAAAAGaa > 2:503022/1‑99 (MQ=255) aaataaatAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGAAAAAAAAGAAc > 1:157741/1‑99 (MQ=255) aataaataGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGAAAAAAAAGAACg < 2:965658/99‑1 (MQ=255) aataaataGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGAAAAAAAAGAACg < 1:931072/99‑1 (MQ=255) ataaataGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGAAAAAAAAGAACGc > 2:1040562/1‑99 (MQ=255) taaataGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGAAAAAAAAGAACGCt < 1:812271/99‑1 (MQ=255) taaataGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGAAAAAAAAGAACGCt < 1:1320269/99‑1 (MQ=255) taaataGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGAAAAAAAAGAACGCt < 1:362321/99‑1 (MQ=255) aaataGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGAAAAAAAAGAACGCtt < 1:1629919/99‑1 (MQ=255) aataGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGAAAAAAAAGAACGCttt < 2:283173/99‑1 (MQ=255) aataGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGAAAAAAAAGAACGCttt > 2:1135342/1‑99 (MQ=255) aataGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGAAAAAAAAGAACGCttt > 1:1045651/1‑99 (MQ=255) | GGTATCTTACACCTAATCAATTTGAAAAGGTAAGTGCTTAAAATAAATAGATTAAAATTCTACGTTTGTTACTCTAAAAACTTGACTTAACGTCAGTACCCTCTTACTAAGGGCATAAAATTAAAAGAAAAAAAAGAACGCTTT > CP002094/676659‑676802 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |