Missing coverage evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | CP002094 | 670605 | 672212–671033 | 429–1608 | 46 [45] | [45] 46 | LLNZ_03505–LLNZ_03520 | LLNZ_03505,LLNZ_03510,LLNZ_03515,LLNZ_03520 |
AAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTCAAAAAATTAGAATGATTAAT > CP002094/672164‑672311 | aaGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAtt < 1:764726/99‑1 (MQ=31) aaGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAtt < 2:1061/99‑1 (MQ=31) aaGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAtt < 1:1614284/99‑1 (MQ=31) aaGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATACTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCAtt > 1:1068161/1‑99 (MQ=14) aGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTc > 2:1176185/1‑99 (MQ=32) gggTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTcc < 1:633831/99‑1 (MQ=33) ggTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCt < 1:1565551/99‑1 (MQ=34) ggTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCt < 2:808125/99‑1 (MQ=34) gTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCtt > 1:1295855/1‑99 (MQ=35) tCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGa > 2:263339/1‑99 (MQ=38) tCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGa < 1:762859/99‑1 (MQ=38) aTTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAAtttttt < 2:683178/99‑1 (MQ=255) cTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTg > 1:452035/1‑99 (MQ=255) ttttGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTTACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTgg < 2:1104369/99‑1 (MQ=255) tttGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGa < 2:260604/99‑1 (MQ=255) ttGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGAt < 1:448724/99‑1 (MQ=255) aGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATaaa < 1:147275/99‑1 (MQ=255) aGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATaaa < 2:1163741/99‑1 (MQ=255) aGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATaaa < 2:955047/99‑1 (MQ=255) gCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAAt < 2:839389/99‑1 (MQ=255) gCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAAt < 2:965741/99‑1 (MQ=255) gCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAAt > 1:176387/1‑99 (MQ=255) cGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACGATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAAtt < 1:279554/99‑1 (MQ=255) cGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAAtt < 2:695603/99‑1 (MQ=255) cGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAAtt < 2:1065086/99‑1 (MQ=255) cGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAAtt < 2:1341623/99‑1 (MQ=255) gTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTc > 1:1596305/1‑99 (MQ=255) gTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTc > 1:345043/1‑99 (MQ=255) tttttGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTCa > 1:15957/1‑99 (MQ=255) tttttGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTCa > 1:24840/1‑99 (MQ=255) tttGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTCaaa < 1:1440129/99‑1 (MQ=255) gCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTCaaaaaa > 2:384559/1‑99 (MQ=255) cATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTCAAAAAAt < 1:1176185/99‑1 (MQ=255) tGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTCAAAAAATTa < 2:92892/99‑1 (MQ=255) ttttGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTCAAAAAATTAGaa < 2:463420/99‑1 (MQ=255) ttttGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTCAAAAAATTAGaa < 1:701785/99‑1 (MQ=255) tttaGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTCAAAAAATTAGaa < 2:1460721/99‑1 (MQ=255) ttGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTCAAAAAATTAGAATg > 2:647118/1‑99 (MQ=255) tGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTCAAAAAATTAGAATGa < 1:908929/99‑1 (MQ=255) tGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTCAAAAAATTAGAATGa > 1:422413/1‑99 (MQ=255) tCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTCAAAAAATTAGAATGAtt < 1:37382/99‑1 (MQ=255) tCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTCAAAAAATTACAATGAtt > 1:181181/1‑99 (MQ=255) tCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGAATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTCAAAAAATTAGAATGAtt > 1:606930/1‑99 (MQ=255) ccTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGACTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTCAAAAAATTAGAATGATta < 2:376003/99‑1 (MQ=255) cTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTCAAAAAATTAGAATGATtaa < 1:1414882/99‑1 (MQ=255) tttGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTCAAAAAATTAGAATGATtaat < 2:606915/99‑1 (MQ=255) | AAGGGTTTCTTTAAATTCTTTTGAGTAGCGTTTTTGCATGTTTTTGTCCTTTGTCTAAATTATACAATAGTGACTCTAAGATTTAAGGATAACATCATTCCTTTGAATTTTTTCTGGATAAAGAATTCAAAAAATTAGAATGATTAAT > CP002094/672164‑672311 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |