| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002745 | 866875 = | NA (NA) | 22 (0.080) | 10/464 | 8.9 | NA | intergenic (+2/‑133) | SA_RS04340/SA_RS04345 | DUF1963 domain‑containing protein/tyrosine‑type recombinase/integrase |
| ? | NC_002745 | = 873586 | NA (NA) | pseudogene (1/291 nt) | SA_RS04375 | DUF1963 domain‑containing protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
AATAAATTTCATTACTGGTTCTATTAGCTGGTATTCTTTATCTAGTAATAAATACAATGGATACGGCTTATTCTCCACTTCTATCCTTTGAACCTTCACATGTTCCCACCTCTTTAAATACTTTAACTACTACAAATTATAAACCTTGTTAATTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002745/867106‑866875‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TACATCTTATCAAGAGTAAATTACAAAAGAATCATTTAAATCAATACTTTCACTTTGAATACATGTATTTGAAGTGGAAGGTACTTATTTCAAAAATAGTAAAACCTGTATCTTAAATTACTTAATAGTAACATAAGATACAGGCTGATTTTTTATTCATTGTTATTTATACTAAAGCACCCGATAGCTCTGAAAACAATCACAAATTCAACTTTTCAAAGCCACAGCTTTA < NC_002745/873586‑873355 AATAAATTTCATTACTGGTTCTATTAGCTGGTATTCTTTATCTAGTAATAAATGCAATGGATACGGCTTATTCTCCACTTCTATCCTTTGAACCTTCACATGTTCCCACCTCTTTAAATACTTTAACTACTACAAATTATAAACCTTGTTAATTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAGACTACTTTAACTACTATTATTTATTATGCTATGGTTAATA < 1:953687/234‑1AATAAATTTCATTACTGGTTCTATTAGCTGGTATTCTTTATCTAGTAATAAATACAATGGATACGGCTTATTCTCCACTTCTATCCTTTGAACCTTCACATGTTCCCACCTCTTTAAATACTTTAACTACTACAAATTATAAACCTTGTTAATTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAATA < 1:1430204/234‑1AATAAATTTCATTACTGGTTCTATTAGCTGGTATTCTTTATCTAGTAATAAATACAATGGATACGGCTTATTCTCCACTTCTATCCTTTGAACCTTCACATGTTCCCACCTCTTTAAATACTTTAACTACTACAAATTATAAACCTTGTTAATTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAATA < 2:79896/234‑1AATAAATTTCATTACTGGTTCTATTAGCTGGTATTCTTTATCTAGTAATAAATACAATGGATACGGCTTATTCTCCACTTCTATCCTTTGAACCTTCACATGTTCCCACCTCTTTAAATACTTTAACTACTACAAATTATAAACCTTGTTAATTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAATA < 1:1601807/234‑1AATAAATTTCATTACTGGTTCTATTAGCTGGTATTCTTTATCTAGTAATAAATACAATGGATACGGCTTATTCTCCACTTCTATCCTTTGAACCTTCACATGTTCCCACCTCTTTAAATACTTTAACTACTACAAATTATAAACCTTGTTAATTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAATA < 2:784722/234‑1AATAAATTTCATTACTGGTTCTATTAGCTGGTATTCTTTATCTAGTAATAAATACAATGGATACGGCTTATTCTCCACTTCTATCCTTTGAACCTTCACATGTTCCCACCTCTTTAAATACTTTAACTACTACAAATTATAAACCTTGTTAATTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAATA < 2:1029006/234‑1AATAAATTTCATTACTGGTTCTATTAGCTGGTATTCTTTATCTAGTAATAAATACAATGGATACGGCTTATTCTCCACTTCTATCCTTTGAACCTTCACATGTTCCCACCTCTTTAAATACTTTAACTACTACAAATTATAAACCTTGTTAATTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAATA < 2:1216982/234‑1AATAAATTTCATTACTGGTTCTATTAGCTGGTAGTCTTTATCTAGTAATAAATACAATGGATACGGCTTATTCTCCACTTCTATCCTTTGAACCTTCACATGTTCCCACCTCTTTAAATACTTTAACTACTACAAATTATAAACCTTGTTAATTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAATA < 2:185584/234‑1 ATAAATTTCATTACTGGTTCTATTAGCTGGTATTCTTTATCTAGTAATAAATACAATGGATACGGCTTATTCTCCACTTCTATCCTTTGAACCTTCACATGTTCCCACCTCTTTAACTACTTTAACTACTACAAATTATAAACCTTGTTAATTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAATAC > 2:1317499/1‑234 TAAATTTCATTACTGGTTCTATTAGCTGGTATTCTTTATCTAGTAATAAATACAATGGATACGGCTTATTCTCCACTTCTATCCTTTGAACCTTCACATGTTCCCACCTCTTTAAATACTTTAACTACTACAAATTATAAACCTTGTTAATTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAATACA < 1:1443402/234‑1 TAAATTTCATTACTGGTTCTATTAGCTGGTATTCTTTATCTAGTAATAAATACAATGGATACGGCTTATTCTCCACTTCTATCCTTTGAACCTTCACATGTTCCCACCTCTTTAAATACTTTAACTACTACAAATTATAAACCTTGTTAATTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAATACA < 2:661633/234‑1 TACTGGTTCTATTAGCTGGTATTCTTTATCTAGTAATAAATACAATGGATACGGCTTATTCTCCACTTCTATCCTTTGAACCTTCACATGTTCCCACCTCTTTAAATACTTTAACTACTACAAATTATAAACCTTGTTAATTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAATACATCTTATCAAG < 1:385939/234‑1 CTATTAGCTGGTATTCTTTATCTAGTAATAAATACAATGGATACGGCTTATTCTCCACTTCTATCCTTTGAACCTTCACATGTTCCCACCTCTTTAAATACTTTAACTACTACAAATTATAAACCTTGTTAATTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAATACATCTTATCAAGAGTAAATT > 1:247824/1‑234 TTCTCCACTTCTATCCTTTGAACCTTCACATGTTCCCACCTCTTTAAATACTTTAACTACTACAAATTATAAACCTTGTTAATTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAATACATCTTATCAAGAGTAAATTACAAAAGAATCATTTAAATCAATACTTTCACTTTGAATACATGTATTTGA < 2:247824/234‑1 ACCTTCACATGTTCCCACCTCTTTAAATACTTTAACTACTACAAATTATAAACCTTGTTAATTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAATACATCTTATCAAGAGTAAATTACAAAAGAATCATTTAAATCAATACTTTCACTTTGAATACATGTATTTGAAGTGGAAGGTACTTATTTCAA > 2:1530840/1‑234 TTTAAATACTTTAACTACTACAAATTATAAACCTTGTTAATTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAATACATCTTATCAAGAGTAAATTACAAAAGAATCATTTAAATCAATACTTTCACTTTGAATACATGTATTTGAAGTGGAAGGTACTTATTTCAAAAATAGTAAAACCTGTATCTT > 2:595390/1‑234 AAATACTTTAACTACTACAAATTATAAACCTTGTTAATTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAATACATCTTATCAAGAGTAAATTACAAAAGAATCATTTAAATCAATACTTTCACTTTGAATACATGTATTTGAAGTGGAAGGTACTTATTTCAAAAATAGTAAAACCTGTATCTTAAA > 2:1651596/1‑234 ACTACTACAAATTATAAACCTTGTTAATTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAATACATCTTATCAAGAGTAAATTACAAAAGAATCATTTAAATCAATACTTTCACTTTGAATACATGTATTTGAAGTGGAAGGTACTTATTTCAAAAATAGTAAAACCTGTATCTTAAATT > 1:820895/1‑226 ACTACTACAAATTATAAACCTTGTTAATTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAATACATCTTATCAAGAGTAAATTACAAAAGAATCATTTAAATCAATACTTTCACTTTGAATACATGTATTTGAAGTGGAAGGTACTTATTTCAAAAATAGTAAAACCTGTATCTTAAATT < 2:820895/226‑1 TTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAATACATCTTATCAAGAGTAAATTACAAAAGAATCATTTAAATCAATACTTTCACTTTGAATACATGTATTTGAAGTGGAAGGTACTTATTTCAAAAATAGTAAAACCTGTATCTTAAATTACTTAATAGTAACATAAGATACAGGCTGATTTTTT < 1:595390/234‑1 TATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAATACATCTTATCAAGAGTAAATTACAAAAGAATCATTTAAATCAATACTTTCACTTTGAATACATGTATTTGAAGTGGAAGGTACTTATTTCAAAAATAGTAAAACCTGTATCTTAAATTACTTAATAGTAACATAAGATACAGGCTGATTTTTTATTC < 1:1530840/234‑1 AATACATCTTATCAAGAGTAAATTACAAAAGAATCATTTAAATCAATACTTTCACTTTGAATACATGTATTTGAAGTGGAAGGTACTTATTTCAAAAATAGTAAAACCTGTATCTTAAATTACTTAATAGTAACATAAGATACAGGCTGATTTTTTATTCATTGTTATTTATACTAAAGCACCCGATAGCTCTGAAAACAATCACAAATTCAACTTTTCAAAGCCACAGCTTTA > 2:1438801/1‑234 AATAAATTTCATTACTGGTTCTATTAGCTGGTATTCTTTATCTAGTAATAAATACAATGGATACGGCTTATTCTCCACTTCTATCCTTTGAACCTTCACATGTTCCCACCTCTTTAAATACTTTAACTACTACAAATTATAAACCTTGTTAATTTTTATTTAAAGTAAAATATCCCTTTAATATCTCCTCTTAAACTACTTTAACTACTATTATTTATTATACTATGGTTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002745/867106‑866875‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TACATCTTATCAAGAGTAAATTACAAAAGAATCATTTAAATCAATACTTTCACTTTGAATACATGTATTTGAAGTGGAAGGTACTTATTTCAAAAATAGTAAAACCTGTATCTTAAATTACTTAATAGTAACATAAGATACAGGCTGATTTTTTATTCATTGTTATTTATACTAAAGCACCCGATAGCTCTGAAAACAATCACAAATTCAACTTTTCAAAGCCACAGCTTTA < NC_002745/873586‑873355 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |