New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002745 | 866875 = | NA (NA) | 22 (0.080) | 10/464 | 8.9 | NA | intergenic (+2/‑133) | SA_RS04340/SA_RS04345 | DUF1963 domain‑containing protein/tyrosine‑type recombinase/integrase |
? | NC_002745 | = 873586 | NA (NA) | pseudogene (1/291 nt) | SA_RS04375 | DUF1963 domain‑containing protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
AATATAAACTCAAGGCTTGTTTATATAAAAGAGCCAATTACAGATTTATCACTCGAAAATATTCAAGTGCATTTGAAGTCATTAGATGCTGATAATGAGGATATCCCGTTCAGTGGAGCATTTTCTATAGAATTTAGATTGTCGAAACAAACTATTACATGTACTGATTATAAGTACGATGAGGACGTGCTTGCATTGTGGAATAAAGTCAATCCATCCTTCGCGCTAAAATTTAACCATAGTATAATAAATAATAGTAGTTAAAGTAGTTTAAGAGGAGATATTAAAGGGATATTTTACTTTAAATAAAAATTAACAAGGTTTATAATTTGTAGTAGTTAAAGTATTTAAAGAGGTGGGAACATGTGAAGGTTCAAAGGATAGAAGTGGAGAATAAGCCGTATCCATTGTATTTATTACTAGATAAAGAATACCAGCTAATAGAACCAGTAATGAAATTTA > NC_002745/866643‑867104 | aaTATAAACTCAAGGCTTGTTTATATAAAAGAGCCAATTACAGATTTATCACTCGAAAATATTCAAGTGCATTTGAAGTCATTAGATGCTGATAATGAGGATATCCCGTTCAGTGGAGCATTTTCTATAGAATTTAGATTGTCGAAACAAACTATTACATGTACTGATTATAAGTACGATGAGGACGTGCTTGCATTGTGGAATAAAGTCAATCCATCCTTCGCGCTAAAAttt < 2:335545/234‑1 (MQ=255) aaTATAAACTCAAGGCTTGTTTATATAAAAGAGCCAATTACAGATTTATCACTCGAAAATATTCAAGTGCATTTGAAGTCATTAGATGCTGATAATGAGGATATCCCGTTCAGTGGAGCATTTTCTATAGAATTTAGATTGTCGAAACAAACTATTACATGTACTGATTATAAGTACGATGAGGACGTGCTTGCATTGTGGAATAAAGTCAATCCATCCTTCGCGCTAAAAttt > 1:722048/1‑234 (MQ=255) tataAACTCAAGGCTTGTTTATATAAAAGAGCCAATTACAGATTTATCACTCGAAAATATTCAAGTGCATTTGAAGTCATTAGATGCTGATAATGAGGATATCCCGTTCAGTGGAGCATTTTCTATAGAATTTAGATTGTCGAAACAAACTATTACATGTACTGATTATAAGTACGATGAGGACGTGCTTGCATTGTGGAATAAAGTCAATCCATCCTTCGCGCTAAAATTTaa < 2:645683/234‑1 (MQ=255) tCAAGGCTTGTTTATATAAAAGAGCCAATTACAGATTTATCACTCGAAAATATTCAAGTGCATTTGAAGTCATTAGATGCTGATAATGAGGATATCCCGTTCAGTGGAGCATTTTCTATAGAATTTAGATTGTCGAAACAAACTATTACATGTACTGATTATAAGTACGATGAGGACGTGCTTGCATTGTGGAATAAAGTCAATCCATCCTTCGCGCTAAAATTTAACCATAGt < 1:381130/234‑1 (MQ=255) tCAAGGCTTGTTTATATAAAAGAGCCAATTACAGATTTATCACTCGAAAATATTCAAGTGCATTTGAAGTCATTAGATGCTGATAATGAGGATATCCCGTTCAGTGGAGCATTTTCTATAGAATTTAGATTGTCGAAACAAACTATTACATGTACTGATTATAAGTACGATGAGGACGTGCTTGCATTGTGGAATAAAGTCAATCCATCCTTCGCGCTAAAATTTAACCATAGt < 2:1120739/234‑1 (MQ=255) tCAAGGCTTGTTTATATAAAAGAGCCAATTACAGATTTATCACTCGAAAATATTCAAGTGCATTTGAAGTCATTAGATGCTGATAATGAGGATATCCCGTTCAGTGGAGCATTTTCTATAGAATTTAGATTGTCGAAACAAACTATTACATGTACTGATTATAAGTACGATGAGGACGTGCTTGCATTGTGGAATAAAGTCAATCCATCCTTCGCGCTAAAATTTAACCATAGt < 2:55994/234‑1 (MQ=255) aGGCTTGTTTATATAAAAGAGCCAATTACAGATTTATCACTCGAAAATATTCAAGTGCATTTGAAGTCATTAGATGCTGATAATGAGGATATCCCGTTCAGTGGAGCATTTTCTATAGAATTTAGATTGTCGAAACAAACTATTACATGTACTGATTATAAGTACGATGAGGACGTGCTTGCATTGTGGAATAAAGTCAATCCATCCTTCGCGCTAAAATTTAACCATAGtata < 1:1493248/234‑1 (MQ=255) cTTGTTTATATAAAAGAGCCAATTACAGATTTATCACTCGAAAATATTCAAGTGCATTTGAAGTCATTAGATGCTGATAATGAGGATATCCCGTTCAGTGGAGCATTTTCTATAGAATTTAGATTGTCGAAACAAACTATTACATGTACTGATTATAAGTACGATGAGGACGTGCTTGCATTGTGGAATAAAGTCAATCCATCCTTCGCGCTAGAATTTAACCATAGTataata > 1:1597869/1‑234 (MQ=255) cTTGTTTATATAAAAGAGCCAATTACAGATTTATCACTCGAAAATATTCAAGTGCATTTGAAGTCATTAGATGCTGATAATGAGGATATCCCGTTCAGTGGAGCATTTTCTATAGAATTTAGATTGTCGAAACAAACTATTACATGTACTGATTATAAGTACGATGAGGACGTGCTTGCATTGTGGAATAAAGTCAATCCATCCTTCGCGCTAAAATTTAACCATAGTataata > 1:1012353/1‑234 (MQ=255) cTTGTTTATATAAAAGAGCCAATTACAGATTTATCACTCGAAAATATTCAAGTGCATTTGAAGTCATTAGATGCTGATAATGAGGATATCCCGTTCAGTGGAGCATTTTCTATAGAATTTAGATTGTCGAAACAAACTATTACATGTACTGATTATAAGTACGATGAGGACGTGCTTGCATTGTGGAATAAAGTCAATCCATCCTTCGCGCTAAAATTTAACCATAGTataata > 2:1429414/1‑234 (MQ=255) tttATATAAAAGAGCCAATTACAGATTTATCACTCGAAAATATTCAAGTGCATTTGAAGTCATTAGATGCTGATAATGAGGATATCCCGTTCAGTGGAGCATTTTCTATAGAATTTAGATTGTCGAAACAAACTATTACATGTACTGATTATAAGTACGATGAGGACGTGCTTGCATTGTGGAATAAAGTCAATCCATCCTTCGCGCTAAAATTTAACCATAGTATaataaata > 1:1211622/1‑234 (MQ=255) 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NC_002745/866643‑867104 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |