Predicted mutation | |||||||
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JC JC | CP009273 | 1,427,903 | IS3 (–) +3 bp | 13.8% | coding (27‑29/591 nt) | pinR ← | Rac prophage; putative site‑specific recombinase |
New junction evidence | |||||||||||
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? | CP009273 | = 1427905 | NA (NA) | coding (27/591 nt) | pinR | Rac prophage; putative site‑specific recombinase | |||||
* | ? | CP009273 | = 1090958 | NA (NA) | 32 (0.110) | 22/276 | NT | 13.5% | noncoding (1/1258 nt) | IS3 | repeat region |
? | CP009273 | 1427903 = | 200 (0.700) | coding (29/591 nt) | pinR | Rac prophage; putative site‑specific recombinase |
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
CTGTTGTGACTCAGGAAAATGCGTTAAACCCAAATGAGATCTATCGACTGGCTGATAACGCACTTTACGAGGCGAAAGAGACCGGGCGTAATAAGGTGGTTGTGAGGGATGTGGTGAATTTTTGTGAGTCACCATAAAGCGGCATTTTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGTTGCCCGCATTATTTC > CP009273/1089554‑1089847 | tgttgtGACTCAGGAAAATGCGTTAAACCCAAATGAGATCTATCGACTGGCTGATAACGCACTTTACGAGGCGAAAGAGACCGGGCGTAATAAGGTGGTTGTGAGGGATGTGGTGAATTTTTGTGAGTCACCATAAAGCGGCATTTTGa < 1:4268857/149‑1 (MQ=255) gttgtGACTCAGGAAAATGCGTTAAACCCAAATGAGATCTATCGACTGGCTGATAACGCACTTTACGAGGCGAAAGAGACCGGGCGTAATAAGGTGGTTGTGAGGGATGTGGTGAATTTTTGTGAGTCACCATAAAGCGGCATTTTGAt > 2:415956/1‑149 (MQ=255) tgtgACTCAGGAAAATGCGTTAAACCCAAATGAGATCTATCGACTGGCTGATAACGCACTTTACGAGGCGAAAGAGACCGGGCGTAATAAGGTGGTTGTGAGGGATGTGGTGAATTTTTGTGAGTCACCATAAAGCGGCATTTTGATcc < 2:3835549/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |