New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 777247 = | 153 (0.610) | 6 (0.040) | 6/180 | NT | 4.8% | intergenic (+139/‑294) | lysQ/nadA | tRNA‑Lys/quinolinate synthase, subunit A |
? | CP009273 | = 2514669 | 137 (0.840) | noncoding (397/1345 nt) | IS186 | repeat region | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
TCGAATGGTGGGGAAAAGTCACTCGAATTACGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/777444‑777247 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaaagcgcctttagggcgcttttttacattggtgggtcgtgcaggatTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCGGTAC < CP009273/2514669‑2514522 TCGAATGGTGGGGAAAAGTCACTCGAATTACGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACCAAGTGACATTGAGGATGCCTGAATAGCA > 1:4113322/1‑150 TCGAATGGTGGGGAAAAGTCACTCGAATTACGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCA < 1:961743/150‑1 CGAATGGTGGGGAAAAGTCACTCGAATTACGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAA > 2:1217194/1‑150 GAATGGTGGGGAAAAGTCACTCGAATTACGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAA > 1:2734575/1‑150 AATGGTGGGGAAAAGTCACTCGAATTACGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATATCAAAA > 2:3411239/1‑150 AATGGTGGGGAAAAGTCACTCGAATTACGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAA > 2:2284875/1‑150 GGTGGGGAAAAGTCACTCGAATTACGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAG < 1:858300/150‑1 GGGAAAAGTCACTCGAATTACGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCC < 2:2133923/150‑1 AAAAGTCACTCGAATTACGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTT < 2:193592/150‑1 AAAAGTCACTCGAATTACGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTT > 1:2436632/1‑150 AAAGTCACTCGAATTACGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTTA > 2:1478690/1‑150 AAAGTCACTCGAATTACGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTTA > 2:1478681/1‑150 GTCACTCGAATTACGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGG > 2:3479532/1‑150 GTCACTCGAATTACGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGG > 2:147474/1‑150 CACTCTAATTACGCCTAATGTGCAGGATGCGTAATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTATGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGGCG < 1:403852/150‑1 CGAATTACGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTT < 1:158758/150‑1 CGAATTACGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTT < 1:3978040/150‑1 AATTACGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTT < 2:793969/150‑1 TACGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTAC > 2:4160368/1‑150 ACGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACA > 1:2938866/1‑150 CGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACAT > 1:1299010/1‑150 CGCATAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACAT < 1:1915969/150‑1 GCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATT < 2:1070665/150‑1 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1:3268780/150‑1 TGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGG < 2:4112839/150‑1 TGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGG > 2:1453505/1‑150 CAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGT > 2:703371/1‑150 AGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTG < 2:3337696/150‑1 ATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAG > 1:3953471/1‑150 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AAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAA > 1:1213497/1‑74 AAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTA < 2:3874817/150‑1 AAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTA > 1:3110083/1‑150 AGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAA < 2:3657724/150‑1 GCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGG < 1:994902/150‑1 GCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTAAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGG > 1:1590303/1‑150 tgAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGT < 2:2854198/148‑1 TTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGT < 2:2854216/150‑1 TAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTG > 2:1935480/1‑150 TAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTG > 1:295001/1‑150 AGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTTCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCGTGTAAGGGAGGTGC > 1:2666594/1‑150 AGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGC > 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CGTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCAC > 2:3574247/1‑150 GTGCAGGATTCGAACCTGCTCCCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACT < 1:1173732/150‑1 GTGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAAC > 2:4353117/1‑62 TGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTT > 1:120670/1‑150 TGCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTA < 1:3697824/59‑1 GCAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTCACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTC < 1:1250364/150‑1 CAGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCG < 2:3873040/150‑1 AGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCT > 1:84920/1‑41 AGGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCT < 2:85716/41‑1 GGATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGAC < 1:1650158/60‑1 GATTCGAACCTGCGACCAATTGATAAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCGGTA < 1:2044213/150‑1 ATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCGGTAC > 2:1639923/1‑150 ATTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAAC > 1:3454343/1‑55 TTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAG > 1:1073619/1‑49 TCGAATGGTGGGGAAAAGTCACTCGAATTACGCCTAATGTGCAGGATGCGTCATTTTACGCCTAATTCCACCGACATAGAGTTGCTTGCACAGTAAGCTCTGACGATGTCATCAGGTTTACAAAGTGAAATTGAGGATGCCTGAATAGCAAAAAAGCGCCTTTAGGGCGCTTTTTTACATTGGTGGGTCGTGCAGGAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/777444‑777247 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaaagcgcctttagggcgcttttttacattggtgggtcgtgcaggatTCGAACCTGCGACCAATTGATTAAAAGTCAACTGCTCTACCAACTGAGCTAACGACCCGAAGTGGTGGGTGATGACGGGATCGAACCGCCGACCCCCTCCTTGTAAGGGAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCACCCACTTCGGTAC < CP009273/2514669‑2514522 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |