| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC JC | CP009273 | 1,428,894 | IS2 (–) +5 bp | 100% | intergenic (‑413/+317) | ynaE ← / ← ttcC | cold shock protein, Rac prophage/pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP009273 | 1428894 = | 1 (0.010) | 249 (1.230) | 129/274 | NT | 99.6% | intergenic (‑413/+321) | ynaE/ttcC | cold shock protein, Rac prophage/pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related |
| ? | CP009273 | = 1463497 | NA (NA) | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
| * | ? | CP009273 | = 1428898 | 1 (0.010) | 217 (1.070) | 125/274 | NT | 99.5% | intergenic (‑417/+317) | ynaE/ttcC | cold shock protein, Rac prophage/pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related |
| ? | CP009273 | 1462167 = | NA (NA) | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
ATGGAGATACGACAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTT > CP009273/1462020‑1462312 | tGGAGATACGACAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTg > 2:2167085/1‑148 (MQ=255) tGGAGATACGACAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTg < 1:2260082/148‑1 (MQ=255) gagaTACGACAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGa < 2:1628255/148‑1 (MQ=255) gaTACGAAAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAAAAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGAtt > 2:538539/1‑148 (MQ=255) tACGACAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTg > 1:3237561/1‑148 (MQ=255) tACGACAATCAGCGGAGAAGTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTg < 2:2081703/148‑1 (MQ=255) cGACAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGcc < 2:3381229/148‑1 (MQ=255) gACAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGccc < 1:2909976/148‑1 (MQ=255) gACAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGccc < 1:2130296/148‑1 (MQ=255) aCAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGcccc < 2:1913156/148‑1 (MQ=255) aCAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGcccc < 2:109988/148‑1 (MQ=255) aCAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGcccc < 1:422790/148‑1 (MQ=255) aCAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGcccc > 1:269447/1‑148 (MQ=255) cAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCt < 2:924770/148‑1 (MQ=255) cAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCt > 2:3314948/1‑148 (MQ=255) cAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCt > 1:2562518/1‑148 (MQ=255) aaTCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCta > 2:1541466/1‑148 (MQ=255) tCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCtata > 1:628103/1‑148 (MQ=255) cAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTatat > 1:378529/1‑148 (MQ=255) ggAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTcc < 1:892236/148‑1 (MQ=255) aTTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACa < 1:1448884/148‑1 (MQ=255) ttCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACAt < 1:1180745/148‑1 (MQ=255) tCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATc > 1:1726038/1‑148 (MQ=255) cccTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCt < 1:2395480/148‑1 (MQ=255) cccTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGAGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCt > 2:3212463/1‑148 (MQ=255) ctctGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGt > 2:608380/1‑148 (MQ=255) ggggTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATc > 2:186788/1‑148 (MQ=255) gggTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCa < 1:2416972/148‑1 (MQ=255) gTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACt > 2:644849/1‑148 (MQ=255) ttGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTa > 2:2684535/1‑148 (MQ=255) tGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTaa < 1:2954724/148‑1 (MQ=255) gCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAAc < 2:2587526/148‑1 (MQ=255) tATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACa > 2:3271519/1‑148 (MQ=255) tATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACa < 1:1988741/148‑1 (MQ=255) tATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACa < 1:186788/148‑1 (MQ=255) tATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACa < 1:2158748/148‑1 (MQ=255) tCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGc > 1:245956/1‑148 (MQ=255) tCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGc > 1:1728834/1‑148 (MQ=255) cGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGcc < 1:100628/148‑1 (MQ=255) 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tGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGtt > 1:2214442/1‑148 (MQ=255) gACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTta > 1:169244/1‑148 (MQ=255) cAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTtata < 1:3314948/148‑1 (MQ=255) tttGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGc > 2:289328/1‑148 (MQ=255) tttGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGc > 2:2020559/1‑148 (MQ=255) aCATCATGGGACAAGAACCCTGGATATGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGATATAATGCTCGaa > 2:463896/1‑148 (MQ=255) atcatGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACg > 2:1707769/1‑148 (MQ=255) catGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGcc > 2:522727/1‑148 (MQ=255) catGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGcc > 2:831842/1‑148 (MQ=255) atGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCct < 1:2684535/148‑1 (MQ=40) gACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGc > 1:473001/1‑148 (MQ=38) gACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGc > 1:472625/1‑148 (MQ=38) gACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGc > 1:3532844/1‑148 (MQ=38) aaGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAg < 2:1511745/148‑1 (MQ=35) aGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAgg > 2:3083604/1‑148 (MQ=34) aGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAgg > 2:507293/1‑148 (MQ=34) aCCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTc < 2:269447/148‑1 (MQ=32) cccTGTATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCAATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTTTGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCt < 1:1541466/148‑1 (MQ=9) ccTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCtt < 2:1725232/148‑1 (MQ=11) ccTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCtt < 2:378436/148‑1 (MQ=11) ccTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCtt < 1:1570862/148‑1 (MQ=11) | ATGGAGATACGACAATCAGCGGAGAATTCCCTCTGGGGTTTGCCGGGGTTATTCGGGTACAGGATAAAGCTTTGCTGGAAATTGGCAGTGGCGCTACGCTAACAATGCAGGATATTGACAGTTTTGAACATCATGGGACAAGAACCCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTT > CP009273/1462020‑1462312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |