Predicted mutation | |||||||
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New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | CP009273 | = 2709660 | 0 (0.000) | 241 (1.190) | 131/274 | NT | 100% | coding (149/384 nt) | grcA | autonomous glycyl radical cofactor |
? | CP009273 | 2989720 = | NA (NA) | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region |
Only 100 of 489 total aligned reads displayed.
TACACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTCCGGATGCTTAACTGCATCTTCCAGAGTTTCGCGACGCAGAACGTTAACGTTCAGGTGTTGACCACCTTCAACGCGAACTTCTGGTTTCACTTCTACTGGAACTTCACGGTATTCAATGTCACCCAGTTTGCTTACTGCAACCACTTCATCTTCTGCATAACCTGCTTTTGCAACGATGCAACGCGCTTCGCCTTTTTCGCTGTCCAGCAGCCAGAAAGAGTTCAGCAGATCGTCGTTAGCGGCTTTAGTAATCTGGATACCTGTA > CP009273/2709509‑2709803 | cttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGTc < 1:1045438‑M1/3‑1 (MQ=255) gATGGTCAGCTGCGGATATTTTTCCGGATGCTTAACTGCATCTTCCAGAGTTTCGCGACGCAGAACGTTAACGTTCAGGTGTTGACCACCTTCAACGCGAACTTCTGGTTTCACTTCTACTGGAACTTCACGGTATTCAATGTCACtg < 1:66373‑M1/148‑3 (MQ=255) gATGGTCAGCTGCGGATATTTTTCCGGATGCTTAACTGCATCTTCCAGAGTTTCGCGACGCAGAACGTTAACGTTCAGGTGTTGACCACCTTCAACGCGAACTTCTGGTTTCACTTCTACTGGAACTTCACGGTATTCAATGTCACtg < 1:2201805‑M1/148‑3 (MQ=255) 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ttggttgtctggagattcagggggccagtctaGTCACCCAGTTTGCTTACTGCAACCACTTCATCTTCTGCATAACCTGCTTTTGCAACGATGCAACGCGCTTCGCCTTTTTCGCTGTCCAGCAGCCAGAAAGAGTTCAGCAGAtcgt > 1:2772115‑M1/33‑148 (MQ=255) ttCACTTCTACTGGAACTTCACGGTATTCAATGTCACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccat > 1:2495011‑M1/1‑37 (MQ=255) tggttgtctggagattcagggggccagtctaGTCACCCAGTTTGCTTACTGCAACCACTTCATCTTCTGCATAACCTGCTTTTGCAACGATGCAACGCGCTTCGCCTTTTTCGCTGTCCAGCAGCCAGAAAGAGTTCAGCAGAtcgtc < 1:3139208‑M1/117‑1 (MQ=255) ttCTACTGGAACTTCACGGTATTCAATGTCACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgtt > 1:1295678‑M1/1‑32 (MQ=255) tggagattcagggggccagtctaGTCACCCAGTTTGCTTACTGCAACCACTTCATCTTCTGCATAACCTGCTTTTGCAACGATGCAACGCGCTTCGCCTTTTTCGCTGTCCAGCAGCCAGAAAGAGTTCAGCAGATCGTCGTTAGCgg > 2:1045438‑M1/24‑148 (MQ=255) aCTGGAACTTCACGGTATTCAATGTCACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataa > 1:2259728‑M1/1‑28 (MQ=255) tGGAACTTCACGGTATTCAATGTCACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatg > 1:3167569‑M1/1‑26 (MQ=255) gagattcagggggccagtctaGTCACCCAGTTTGCTTACTGCAACCACTTCATCTTCTGCATAACCTGCTTTTGCAACGATGCAACGCGCTTCGCCTTTTTCGCTGTCCAGCAGCCAGAAAGAGTTCAGCAGATCGTCGTTAGCGGCt < 2:2976220‑M1/127‑1 (MQ=255) ggAACTTCACGGTATTCAATGTCACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgc < 2:1414304‑M1/148‑124 (MQ=255) cTTCACGGTATTCAATGTCACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcga < 2:2586670‑M1/148‑128 (MQ=255) cagggggccagtctaGTCACCCAGTTTGCTTACTGCAACCACTTCATCTTCTGCATAACCTGCTTTTGCAACGATGCAACGCGCTTCGCCTATTTCGCTGTCCAGCAGCCAGAAAGATTTCAGCAGATCGTCGTTATCGGCTTTAGTa > 2:2094120‑M1/16‑148 (MQ=255) ggggccagtctaGTCACCCAGTTTGCTTACTGCAACCACTTCATCTTCTGCATAACCTGCTTTTGCAACGATGCAACGCGCTTCGCCTTTTTCGCTGTCCAGCAGCCAGAAAGAGTTCAGCAGATCGTCGTTAGCGGCTTTAGTAATc < 2:1696266‑M1/136‑1 (MQ=255) cGGTATTCAATGTCACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcc < 1:100695‑M1/148‑133 (MQ=255) ggccagtctaGTCACCCAGTTTGCTTACTGCAACCACTTCATCTTCTGCATAACCTGCTTTTGCAACGATGCAACGCGCTTCGCCTTTTTCGCTGTCCAGCAGCCAGAAAGAGTTCAGCAGATCGTCGTTAGCGGCTTTAGTAATCTg < 1:1109438‑M1/138‑1 (MQ=255) cagtctaGTCACCCAGTTTGCTTACTGCAACCACTTCATCTTCTGCATAACCTGCTTTTGCAACGATGCAACGCGCTTCGCCTTTTTCGCTGTCCAGCAGCCAGAAAGAGTTCAGCAGATCGTCGTTAGCGGCTTTAGTAATCTGGAt > 2:281317‑M1/8‑148 (MQ=255) 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cAATGTCACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaa > 2:3063921‑M1/1‑9 (MQ=255) gTCACCCAGTTTGCTTACTGCAACCACTTCATCTTCTGCATAACCTGCTTTTGCAACGATGCAACGCGCTTCGCCTTTTTCGCTGTCCAGCAGCCAGAAAGAGTTCAGCAGATCGTCGTTAGCGGCTTTAGTAATCTGGATACCTGTa > 2:3195143/1‑148 (MQ=255) | TACACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTCCGGATGCTTAACTGCATCTTCCAGAGTTTCGCGACGCAGAACGTTAACGTTCAGGTGTTGACCACCTTCAACGCGAACTTCTGGTTTCACTTCTACTGGAACTTCACGGTATTCAATGTCACCCAGTTTGCTTACTGCAACCACTTCATCTTCTGCATAACCTGCTTTTGCAACGATGCAACGCGCTTCGCCTTTTTCGCTGTCCAGCAGCCAGAAAGAGTTCAGCAGATCGTCGTTAGCGGCTTTAGTAATCTGGATACCTGTA > CP009273/2709509‑2709803 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |