| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2811301 | 153 (0.680) | 8 (0.040) | 5/236 | NT | 5.3% | intergenic (‑82/+117) | argQ/argZ | tRNA‑Arg/tRNA‑Arg |
| ? | CP009273 | 2811851 = | 155 (0.810) | noncoding (58/77 nt) | argV | tRNA‑Arg | |||||
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
TCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTCCCTTAGCAGGGGAGCGCCTTCAGCCTCTCGGCCACC > CP009273/2811705‑2811999 | ccGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGaa > 2:2050596/1‑149 (MQ=255) ccGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGaa > 2:2050756/1‑149 (MQ=255) ccGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGaa < 1:319035/149‑1 (MQ=255) gggAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCATTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAAcc < 2:3207695/149‑1 (MQ=255) gggAGGATTACTCGCCTAGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAAcc < 2:2004380/149‑1 (MQ=255) gaTTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCAGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGa > 1:454590/1‑149 (MQ=255) aTTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGATATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGAc < 1:1458292/149‑1 (MQ=255) aCTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGc > 2:2291627/1‑149 (MQ=255) cGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCg > 2:1451584/1‑149 (MQ=255) gCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCgg < 1:2906669/149‑1 (MQ=255) cGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTa < 2:4341835/149‑1 (MQ=255) tCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCg > 2:4200101/1‑149 (MQ=255) tCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCTCCTCTTCCAGACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTActc < 2:3747474/149‑1 (MQ=255) ggCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTAt < 2:1550611/149‑1 (MQ=255) ggCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTAt > 1:1743834/1‑149 (MQ=255) gCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATc > 1:179237/1‑149 (MQ=255) ccGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATcc < 1:4222075/149‑1 (MQ=255) gTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAg > 2:79549/1‑149 (MQ=255) gCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTg > 1:2152475/1‑149 (MQ=255) gCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTg > 2:3935616/1‑149 (MQ=255) aGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTa > 1:3897502/1‑149 (MQ=255) aGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTa > 2:3479580/1‑149 (MQ=255) aGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTa > 2:831749/1‑149 (MQ=255) 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ctccCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATg > 2:4356855/1‑149 (MQ=255) ctccCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATg > 1:826932/1‑149 (MQ=255) ctccCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATg < 1:2662415/149‑1 (MQ=255) ctccCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATg > 2:4356852/1‑149 (MQ=255) tccCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATgg < 2:3897502/149‑1 (MQ=255) tccCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTAAGTAGTATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATgg < 1:2415735/149‑1 (MQ=255) cccTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATGGc < 1:1283678/149‑1 (MQ=255) cccTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATGGc > 1:364257/1‑149 (MQ=255) cTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATGGCgg > 2:42928/1‑149 (MQ=255) tGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGt < 1:34453/149‑1 (MQ=255) 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ggtgcatccgggaggattCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCa < 2:92364‑M2/42‑1 (MQ=255) ggtgcatccgggaggattCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTAc > 1:2941279‑M2/19‑70 (MQ=255) ggtgcatccgggaggattCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTAc < 2:2941279‑M2/52‑1 (MQ=255) tgcatccgggaggattCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTAc < 1:1809677‑M2/34‑1 (MQ=255) gcatccgggaggattCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCGGCTTTTGACCGCATACTCCCTTAGCAGGGGAGCGCCTTc < 2:652126‑M2/134‑1 (MQ=255) gcatccgggaggattCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCGGCTTTTGACCGCATACTCCCTTAGCAGGGGAGCGCCTTc < 2:652271‑M2/134‑1 (MQ=255) gcatccgggaggattCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTCCCTTAGCAGGGGAGCGCCTTc > 2:1810177‑M2/16‑149 (MQ=255) tccgggaggattCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGc > 1:4031881‑M2/13‑39 (MQ=255) ccgggaggattCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTCCCTTAGCAGGGGAGCGCCTTCAGcc < 2:1669836‑M2/138‑1 (MQ=255) gggaggattCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTCCCTTAGCAGGGGAGCGCCTTCAGCctc < 2:333739‑M2/140‑1 (MQ=255) ggaggattCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTCCCTTAGCAGGGGAGCGCCTTCAGCctct > 2:1149942‑M2/9‑149 (MQ=255) ggaggattCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTCCCTTAGCAGGGGAGCGCCTTCAGCctct < 2:4024359‑M2/141‑1 (MQ=255) ggaggattCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTCCCTTAGCAGGGGAGCGCCTTCAGCctct < 2:1805450‑M2/141‑1 (MQ=255) ggaggattCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTCCCTTAGCAGGGGAGCGCCTTCAGCctct > 2:2508131‑M2/9‑149 (MQ=255) gaggattCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTCCCTTAGCAGGGGAGCGCCTTCAGCCtctc > 1:4371146‑M2/8‑149 (MQ=255) gattCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTa > 1:2557912‑M2/5‑55 (MQ=255) gattCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTa < 2:2557912‑M2/51‑1 (MQ=255) attCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGt < 1:3876590‑M2/68‑1 (MQ=255) ttCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTCCCTTAGCAGGGGAGCGCCTTCAGCCTCTCGGCCa > 2:2828351‑M2/3‑149 (MQ=255) | TCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAA‑AGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTCCCTTAGCAGGGGAGCGCCTTCAGCCTCTCGGCCACC > CP009273/2811705‑2811999 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |