New junction evidence | |||||||||||
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? | CP009273 | = 1463497 | NA (NA) | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
CTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGAACATTTACAGCAGAGGAAAAAG > CP009273/1463353‑1463645 | cTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAAcc > 1:2665561/1‑149 (MQ=11) ttttCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAAccc > 2:196963/1‑149 (MQ=31) ttCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCa < 1:3513532/149‑1 (MQ=32) ttCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCa 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tACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAActtactta < 2:3459957/149‑1 (MQ=255) tACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTATAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAActtactta < 2:1017250/149‑1 (MQ=255) gCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGc < 2:4841634/149‑1 (MQ=255) gTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGa < 2:400808/149‑1 (MQ=255) gTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGa < 1:3961966/149‑1 (MQ=255) 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aGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTtaa > 1:4551382/1‑149 (MQ=255) gACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTtaat > 1:3332429/1‑149 (MQ=255) gACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTtaat < 2:641144/149‑1 (MQ=255) cATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTtaataa < 1:4692301/149‑1 (MQ=255) atcaatcaTCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTtaataat > 1:2879355/1‑148 (MQ=255) 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gggggCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGAACATTTAcag > 1:135047/1‑149 (MQ=255) gggggCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGAACATTTAcag > 1:1214165/1‑149 (MQ=255) ggggCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGAACATTTAcagc > 2:286545/1‑149 (MQ=255) ggCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGAACATTTAcagcag < 1:1862176/149‑1 (MQ=255) ggCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGAACATTTAcagcag < 2:896459/149‑1 (MQ=255) 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tAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGAACATTTACAGCAGAGGaaaaa > 2:23815/1‑149 (MQ=255) | CTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGAACATTTACAGCAGAGGAAAAAG > CP009273/1463353‑1463645 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |