| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC JC | CP009273 | 2,709,656 | IS2 (–) +5 bp | 100% | coding (149‑153/384 nt) | grcA ← | autonomous glycyl radical cofactor |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | CP009273 | = 2709660 | 2 (0.010) | 310 (1.020) | 157/278 | NT | 99.3% | coding (149/384 nt) | grcA | autonomous glycyl radical cofactor |
| ? | CP009273 | 2989720 = | NA (NA) | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
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ACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTCCGGATGCTTAACTGCATCTTCCAGAGTTTCGCGACGCAGAACGTTAACGTTCAGGTGTTGACCACCTTCAACGCGAACTTCTGGTTTCACTTCTACTGGAACTTCACGGTATTCAATGTCACCCAGTTTGCTTACTGCAACCACTTCATCTTCTGCATAACCTGCTTTTGCAACGATGCAACGCGCTTCGCCTTTTTCGCTGTCCAGCAGCCAGAAAGAGTTCAGCAGATCGTCGTTAGCGGCTTTAGTAATCTGGATACCTGTAATCATG > CP009273/2709512‑2709809 | cGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTCCGGATGCTTAACTGCATCTTCCAGAGTTTCGCGACGCAGAACGTTAACGTTCAGGTGTTGACCACCTTCAACGCGAACTTCTGGTTTCACTTCTACTGGAACTTCACGGTATTCAATGTCACtg < 1:4555087‑M1/150‑3 (MQ=255) ttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGTCACCCa > 1:2097828‑M1/143‑150 (MQ=255) tGGTCAGCTGCGGATATTTTTCCGGATGCTTAACTGCATCTTCCAGAGTTTCGCGACGCAGAACGTTAACGTTCAGGTGTTGACCACCTTCAACGCGAACTTCTGGTTTCACTTCTACTGGAACTTCACGGTATTCAATGTCACtggatt < 1:2200207‑M1/150‑7 (MQ=255) 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aCCCAGTTTGCTTACTGCAACCACTTCATCTTCTGCATAACCTGCTTTTGCAACGATGCAACGCGCTTCGCCTTTTTCGCTGTCCAGCAGCCAGAAAGAGTTCAGCAGATCGTCGTTAGCGGCTTTAGTAACCTGGATACCTGTAATCAt > 1:5007927/1‑150 (MQ=255) cccAGTTTGCTTACTGCAACCACTTCATCTTCTGCATAACCTGCTTTTGCAACGATGCAACGCGCTTCGCCTTTTTCGCTGTCCAGCAGCCAGAAAGAGTTCAGCAGATCGTCGTTAGCGGCTTTAGTAATCTGGATACCTGTAATCAtg > 1:2893129/1‑150 (MQ=255) | ACGGATGGTCAGCTGCGGATATTTTTCCGGATGCTTAACTGCATCTTCCAGAGTTTCGCGACGCAGAACGTTAACGTTCAGGTGTTGACCACCTTCAACGCGAACTTCTGGTTTCACTTCTACTGGAACTTCACGGTATTCAATGTCACCCAGTTTGCTTACTGCAACCACTTCATCTTCTGCATAACCTGCTTTTGCAACGATGCAACGCGCTTCGCCTTTTTCGCTGTCCAGCAGCCAGAAAGAGTTCAGCAGATCGTCGTTAGCGGCTTTAGTAATCTGGATACCTGTAATCATG > CP009273/2709512‑2709809 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |